évolution in vitro

Un des domaines auxquels les réductionnistes fondamentalistes ont donné accès rapide et commode, in vitro et plus ou moins automatisé, est probablement celui de l’évolution.

Il s’agit bien entendu d’évolution moléculaire (qu’est-ce que vous attendiez ?) mais aussi d’évolution de génomes entiers (heh, on peut s’attendre à tout).

Regulatory constraints in the evolution of the tetrapod limb anterior–posterior polarity

Regulatory constraints in the evolution of the tetrapod limb anterior–posterior polarity

Basile Tarchini, Denis Duboule and Marie Kmita

Nature 443, 985-988 (26 October 2006) | doi:10.1038/nature05247

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Environmental Genome Shotgun Sequencing of the Sargasso Sea

Le premier papier de la série des BMRF a été choisi pour deux raisons :

D’abord il est contemporain de celui de Woese (April 2004 vs June 2004 respectivement) et il fait partie des actions qui ont changé la façon de voir la biologie. C’est le fait d’une des personnes les plus contestées du domaine, Creg Venter, qui apparaît ici en premier auteur; vous trouverez sa photo sur le post de Tom.

Puis, quand j’ai appris au sujet du projet de Venter, j’ai sauté au plafond de joie et je me suis précipité pour en parler aux collègues. Tout ce que j’ai récolté en retour furent des regards qui semblaient dire que je serais mieux en vacances pour récupérer de ce qu’il leur semblait être un crash dû au surmenage, plutôt qu’une saine joie devant l’annonce d’un projet scientifique d’envergure.

réductionniste fondamentaliste hein ?

Le papier de Carl Woese, qui a été apparemment l’étincelle qui a allumé une polémique qui ne semble pas prendre, est excellent de plusieurs points de vue mais incomplet du point de vue du biologiste moléculaire, qui est un peu moins réductionniste que ce que Woese et autres semblent penser. Je ne sais pas à quoi attribuer cette appréciation foireuse de la biologie moléculaire, qui finit par donner une image de techniciens bornés à vision réduite, mais je compte bien défendre la biologie moléculaire, si elle a besoin d’une défense quelconque. Au moins argumenter pour montrer que la vision que Woese propage est partielle et donc erronée.

Je n’ai pas de plan précis en tête pour l’instant, je pense qu’il va émerger au fur et à mesure du développement de l’argument, mais il sera construit au moins autour de deux points principaux. Le besoin de ces réductionnistes fondamentalistes d’avoir des visions globales et de disposer d’outils qui leur permettent d’explorer la variance du vivant, non pas seulement celle disponible mais aussi (et surtout) celle potentielle. Un troisième aspect étant celui de l’apport de la technologie nécessaire à d’autres domaines de la biologie, en forçant peut-être un peu on pourrait dire à tous les autres domaines de la biologie.

Le tout sera saucé des bénéfices tirés du travail des réductionnistes fondamentalistes permettant de tenir des discours comme celui de Woese, ou des plus complets, qui dans certains cas ne se limitent pas à exposer les problèmes auxquels on fait face mais aboutissent à des actions, qui en dehors de leur applications pratiques se proposent de fondamentalement modifier notre façon de faire de la biologie.

Avant de commencer la série, je vais ajouter la référence de quelques papiers qui me semblent être indicatifs d’une vision globale de ces réductionnistes fondamentalistes de biologistes moléculaires. Je noterai la série avec le tag BMRF, pour biologistes moléculaires réductionnistes fondamentalistes, le terme ayant été suffisamment fort pour que Tom le reprenne dans son post.

Mars

Heh ! de la part des chocolatiers un exemple de sponsoring qui me plaît particulièrement.

Il semble que Mars dans ses efforts de s’assurer du bon cacao pour ses barres chocolatées il est intéressé par s’assurer de la disponibilité de bons cultivars, avec des caractéristiques qui les rendront plus intéressants pour les agriculteurs, et son industrie par la suite. Jusque là rien qui pourrait m’intéresser au point de le noter ici. Là où ça a commencé à devenir important (pas seulement intéressant) c’est quand j’ai lu :

Unlocking the secrets of the genome and eliminating the guesswork in traditional breeding could bring economic stability to the 6.5 million small family cocoa farmers around the world and help fend off the environmental assaults that inflict $700 million to $800 million in damages to farmers each year, Shapiro said.

Mars plans to make the research results free and accessible through the Public Intellectual Property Resource for Agriculture, a group that supports agricultural innovation, as they become available. The intent is to prevent opportunists from patenting the plant’s key genes.

Comment dire, yeah!

J’aime ce genre d’initiatives, j’adore ce genre d’initiatives. Je ne suis pas dupe, c’est une opération marketing destinée à donner un halo de sainteté à un produit qui est considéré comme diabolique par beaucoup de gens. Mais si les mecs s’arrangent pour faire en sorte qu’il soit un peu moins diabolique en choisissant des meilleurs cacaos, c’est du tout bénéf, pour eux et pour leurs clients. OK, il est probable que les opposants aux OGM risquent de bouder leur barres si on en vient au cacao transgénique, mais avant ça, les techniques de sélection classiques disposeront d’un outil puissant pour produire des meilleurs cultivars.

polémique inside #2

Tom avait laissé un commentaire et j’ai failli commencé à répondre avant que je ne vois pas le deuxième, qui demandait de l’éliminer. J’ai fait comme il demandait. Dommage.

Tbx6 Regulates Left/Right Patterning in Mouse Embryos through Effects on Nodal Cilia and Perinodal Signaling

Hadjantonakis A-K, Pisano E, Papaioannou VE (2008) Tbx6 Regulates Left/Right Patterning in Mouse Embryos through Effects on Nodal Cilia and Perinodal Signaling. PLoS ONE 3(6): e2511. doi:10.1371/journal.pone.0002511

Figure 1. Laterality defects in E9.5 Tbx6 mutant embryos.
(A) Ventral view of a wild type (wt) embryo with normal heart looping and (B) a Tbx6 homozygous mutant embryo (−/−) with reversed heart looping. The arrow indicates the direction of looping from the inflow to the outflow tract. ( C, D) SEM of the heart of a wild type embryo and mutant embryo with reversed looping, respectively. (E) Embryos still enclosed in the yolk sac with the placenta attached or (F) with the placenta removed and the yolk sac everted. The wild type embryo shows the normal arrangement of placenta, tail, and vitelline vessels, whereas the mutant has reversed orientation.

Une mutation avec des effets morphogéniques, encore une. Mais où vont-ils s’arrêter ? 😀

A Unique Carrier for Delivery of Therapeutic Compounds beyond the Blood-Brain Barrier

Karkan D, Pfeifer C, Vitalis TZ, Arthur G, Ujiie M, et al. (2008) A Unique Carrier for Delivery of Therapeutic Compounds beyond the Blood-Brain Barrier. PLoS ONE 3(6): e2469. doi:10.1371/journal.pone.0002469

Blocking VEGFR-3 suppresses angiogenic sprouting and vascular network formation

Blocking VEGFR-3 suppresses angiogenic sprouting and vascular network formation

Tuomas Tammela, Georgia Zarkada, Elisabet Wallgard, Aino Murtomäki, Steven Suchting, Maria Wirzenius, Marika Waltari, Mats Hellström, Tibor Schomber, Reetta Peltonen, Catarina Freitas, Antonio Duarte, Helena Isoniemi, Pirjo Laakkonen, Gerhard Christofori, Seppo Ylä-Herttuala, Masabumi Shibuya, Bronislaw Pytowski, Anne Eichmann, Christer Betsholtz & Kari Alitalo

Nature, doi:10.1038/nature07083

An Fgf/Gremlin inhibitory feedback loop triggers termination of limb bud outgrowth

An Fgf/Gremlin inhibitory feedback loop triggers termination of limb bud outgrowth

Jamie M. Verheyden & Xin Sun

Nature, doi:10.1038/nature07085

Encore une de ces études de mutants pour produire un modèle rendant compte d’un mécanisme, qui en plus ose ne pas être mécanique 😉