attention, polémique inside

Tom a publié un nouveau post avec la mention « attention, polémique potentielle inside ». Il a parfaitement raison; j’ai ôté l’adjectif superflu et je m’y lance donc.

D’abord je ne partage pas la vision de Woese, citée par Tom :

A society that permits biology to become an engineering discipline, that allows that science to slip into the role of changing the living world without trying to understand it, is a danger to itself.

L’amélioration du vivant pour arranger nos besoins est une vieille histoire. On n’appelait pas ça une branche d’ingénierie, plutôt de l’amélioration des plantes ou des variétés des animaux domestiqués, ça n’avait rien à voir avec la biologie, et même ma tante Anna l’a pratiquée pour améliorer ses cultivars de basilic, avec des résultats étonnants. Il est vrai que l’on dispose aujourd’hui d’outils beaucoup plus performants pour ce même type de travaux, mais là les objectifs restent les mêmes que ceux des premiers qui ont domestiqué les animaux ou commencé les cultures. Woese a dû oublier que ses ancêtres ont bossé dur pour changer le monde vivant sans toujours avoir envie de le comprendre, trop habitué à trouver son steack sans être obligé de le chasser. Tom aussi. Et ils sont loin d’être les seuls à ne pas penser aux changements profonds d’une partie de la biosphère dus à l’activité humaine, qui n’a rien à voir avec la biologie. Pourtant on en parle en permanence dans les journaux et je ne vois nul part mentionné la Chimie ou la Pétrochimie ou la Physique, il y en a que pour la Biologie quand il s’agit de geindre. C’est gonflant à la fin.

Ce qui a profondément changé en biologie, c’est la disponibilité d’outils qui permettent d’aborder les problèmes de façon plus massive. L’essentiel de ces outils ne sont même pas issus de la biologie elle même, mais de la chimie et de la physique et de l’informatique. Qui permettent d’avoir une vision du vivant qui n’est plus limitée à la vision de la serrure que permettaient les approches d’étude d’un mutant particulier, mais qui permettent aujourd’hui les approches globales justement que Woese semble déplorer que l’on ne recherche plus. Il y a un peu moins d’un an je notais l’effort de compréhension systématique, par des Knockdown, du développement de Ciona intestinalis. Quelques mois après on voyait la publication du système de vecteurs permettant les comparaisons croisées des fonctions des protéines inter-espèces, et un peu plus tard l’acquisition de données concernant les profils d’expression spatio-temporels du génome chez la souris, lors de l’embryogenèse.

Il y a une tendance à récolter le maximum de données avant de commencer à proposer des modèles. Chaque élément de connaissance ainsi accumulé fait partie de ce que les modèles doivent intégrer, expliquer, avant qu’ils commencent à être sérieusement examinés.

A regarder les choses de loin, et croire comprendre ce qui se passe, on risque de produire des modèles qui contiennent des descriptions franchement irréalistes, ou au moins pas compatibles avec ce qui est connu et bien connu. Et quand on propose un modèle on prend souvent la peine de donner le nécessaire pour qu’il y ait peu ou pas de doutes quand à la réalité de ce que l’on décrit.

Personnellement je pense que le morphing à la Thompson nous a apporté beaucoup de choses, mais qu’en rester à la vision de l’extérieur que Tom exprime plutôt clairement en disant « A la limite on s’en fiche des détails des gènes à l’intérieur; on s’en fiche même qu’il s’agisse de gènes. » est exactement le genre d’attitudes qui méritent à mon avis d’être le signal pour écarter un projet. Je ne sais pas d’où peut venir cette envie de ne pas considérer l’objet de l’étude attentivement, en détail, pour comprendre le mécanisme qui régit un comportement. L’analogie avec « presque une transition de phase » pour la compartimentalisation de Period (PER) et Timeless (TIM) est exactement le genre de dérives que je trouve inintéressantes au possible. Je préfère, et de loin, de décortiquer le problème, même s’il ne s’agit pas de pondre des modèles phénoménologiques tranquillement assis devant son ordinateur en faisant des simulations. Nawathean et al. semblent penser de même et étudient les raisons qui produisent le comportement de répartition de PER dans les cellules, notamment les modifications post-traductionnelles de la protéine et bien sûr il se servent de mutants pour y arriver, de mutants de la protéine elle même ou de celles impliquées à sa modification, modification nécessaire pour l’importation dans le noyau et au delà, pour lui permettre d’agir.

On voit ici une franche différence de culture, que Tom signale et qu’Enro a discuté déjà dans un autre cadre.

You know what? Ma préférence va à celle du bidouilleur de gènes et d’analyseur des mutants et des fonctions de PER, non pas parce qu’il est biologiste, mais parce que sa démarche est informative, elle permet d’ajouter au corpus des connaissances. D’autant plus que ça n’empêche en rien la modélisation de la chose, le rythme circadien de la Droso à l’occurrence. Sans passer par une analogie nébuleuse.

Si on s’en ficherait des gènes, pourquoi ne pas s’en foutre du microscope et du télescope, soyons plus radicaux, de la balance et du mètre. Couchons nous sur une plage paradisiaque et cherchons les réponses en étudiant les quelques rares (on espère) nuages qui naviguent au lointain (pas la peine d’en prendre plein la gueule non plus). Sans blague !

Revenons au tournant auquel la biologie se trouverait. Ce n’est pas le premier et certainement pas le dernier. On peut la jouer alarmiste, mais c’est souvent parce que on a mélangé deux genres :

society will come to see that biology is here to understand the world, not primarily to change it. Biology’s primary job is to teach us. In that realization lies our hope of learning to live in harmony with our planet.

OK, l’objectif de la biologie, comme de toute discipline scientifique, est l’accumulation du savoir pour comprendre le monde. Je pense que nous serons tous d’accord sur ce point (sauf Jean Staune & cie, qui cherchent à comprendre le surnaturel). C’est une question de définition de la Science.
Ca ne nous renseigne en rien au sujet du comment sont utilisées les connaissances, on rentre là dans le domaine de la technologie. Les plantes OGM sont le produit des biotechnologistes, pas des la biologistes. Cette nuance semble échapper à beaucoup de monde.
Prétendre que faire des plantes GM est de la biologie c’est comme si on disait que l’utilisation du nucléaire pour produire de l’électricité c’est de la physique. Dans les deux cas on se sert de connaissance issues des disciplines scientifiques pour des applications qui ne sont certes pas scientifiques.

Je trouve dommage de faire le mélange des genres, que ce soit involontaire ou non. Ca brouille la discussion.

Le tournant auquel se trouve la biologie je pense qu’il est partagé par toutes les disciplines scientifiques. La société entend/attend qu’elles soient rentables au plus tôt; il y a eu un fieffé connard qui a osé parler de ROI au sujet du financement de sujets de recherche fondamentale et de traiter de danseuses les chercheurs qui ne produisent pas des brevets. Le fait que je le traite de trou du cul lui a profondément déplu. Ca m’a fait un bien fou, mais je me pose régulièrement la question si ça valait le coût occasionné pour ma carrière. A ce jour, je pense toujours que « oui ».

Revenons sur les modes d’approche des problèmes en oubliant ce problème de rentabilité et donc les applications technologiques.

Il est intéressant de noter pour la biologie qu’elle a l’évolution de plus en plus rapide. Les 34 dernières années (depuis le clonage du gène de l’insuline) nous sommes passés de l’étude obligée du gène unique (par manque de moyens techniques) à la biologie des systèmes. Il y a 14 ans, nous peinions à séquencer quelques dizaines de clones (n=20, limitation due au coût et aux moyens d’analyse), aujourd’hui on envisage d’en séquencer 400000 (quatre cent mille) pour strictement le même problème technique, le matériel est prêt, les logiciels d’analyse aussi et on attend l’argent pour commander (!) le séquençage. Je suis en train de parler de petite équipe universitaire provinciale française et non pas d’un labo du genre de celui de Venter. Il y a 14 ans c’était de l’in vitro, aujourd’hui c’est de l’in vivo. Il y a deux ans c’était au niveau de l’organe, aujourd’hui c’est au niveau de la partie du tissus d’intérêt excisée par laser.
Ca change le paysage dans le quel on évolue.

Et il faut pour la maîtrise de cette masse d’information et sa transformation en modèles utiles pour progresser en termes de compréhension des mécanismes en jeu dans le sujet traité, des compétences externes. Par exemple de celles que l’on trouve dans un département de physique. Il est certain que je n’irais jamais chercher le genre de physicien que Tom propose. Par exemple, si je m’intéressais à la gastrulation du poulet T. Newman et C. Weijer me semblent des choix plus pertinents. Eux, ou des gens qui ont la même approche. Qui est loin d’être réductionniste à mon sens. Et qui a l’avantage d’être efficace.

Il y a une différence par rapport à l’approche que Tom présente :

Mais ma propre expérience personnelle, c’est que quand tu vas voir les biologistes et tu leur dis que tu veux faire de la théorie, tous ces beaux mots disparaissent et ils voudraient bien que tu les aides à dire quelque chose sur le gène qu’ils étudient.

suivi de

Sinon, il y a un exemple magnifique de compréhension théorique de système très simple : le modèle horloge et front d’onde pour la somitogenèse. C’est un modèle purement phénoménologique, sans gènes. Je pense qu’il a été très utile …

Il s’agit de deux éléments différents, mais je pense que l’on peut en faire une synthèse.

Je comprends très bien les difficultés qu’il rencontre quand il va voir les biologistes pour leur dire qu’il veut faire de la théorie. Ce qu’il ne semble pas prendre en compte est que les biologistes n’ont pas ses préoccupations à lui en tête, mais plutôt celles de leur sujet. Que ce soit un gène, une voie de signalisation ou métabolique, les équilibres d’un écosystème, la somitogenèse, la gastrulation, une maladie, une approche thérapeutique, ou autre, ils n’ont absolument rien à branler de ce que Machin veut faire. Même si Machin veut faire de la théorie. Je dis Machin en général, je ne parle pas de Tom ou des physiciens, ou des mathématiciens en particulier, parce que j’en vu aussi des biologistes qui voulaient faire de la théorie. Si ça ne colle pas avec le sujet du labo la réponse est au mieux d’offrir un café et ses voeux de bonne chance, au pire, l’expulsion du corps indésirable (qui peut même affecter des maîtres de conf au point qu’ils se retrouvent à l’ANPE).
Je pense que la meilleure démarche est d’arriver en proposant une approche étroitement liée avec les préoccupations des gens, ou de vraiment s’en préoccuper par la suite. Sinon ça ne marchera jamais.

Venons en à la modélisation de la somitogenèse. Le modèle horloge/front d’onde coller très bien avec ce que l’on connaît sur les gradients morphogènes et l’expression cyclique des gènes impliqués. Ca colle et c’est le modèle gagnant. S’arrêter là pour faire l’éloge de l’apport-de-l’approche-phénoménologique-de-la-part-des-théoriciens-au-domaine serait malhonnête. Ca serait oublier tous les modèles qui sont partis à la poubelle au fur et à mesure que le gagnant prenait de la consistance en se confrontant aux observations issues de l’expérimentation, que ses composants étaient/sont précisés gène par gène, que les morphogènes impliqués étaient/sont validés par l’expérimentation. Du boulot fourni de la part de ces réductionnistes fondamentalistes de biologistes moléculaires, sans qui les théoriciens auraient pu se carrer leur modèle là ou je pense, avec les autres, les modèles qui ont échoué, à commencer par le plus ancien de tous, God did it.
Un modèle qui n’est pas connecté avec la réalité, et dont l’inventeur ne souhaite même pas, parfois, le connecter à la réalité, discourant sur les formes platoniciennes par exemple, est un modèle inutile, pire peut-être, nuisible.
Qu’on le propose à un biologiste ou un physicien ça ne change rien : il sera expulsé, plus ou moins gentiment (avec ou sans café et voeux pour l’avenir), mais expulsé quand même.

Les gens, y compris les scientifiques, ont besoin d’outils pour répondre à leurs questionnements et ne sont pas à la disposition de ceux qui souhaiteraient donner des réponses concernant d’autres sujets. Ils peuvent même être gênés par le bruits qu’ils font. Les blâmer parce qu’ils n’ont pas les mêmes intérêts que soi est pour le moins contre-productif. S’en plaindre est inutile. Si l’un ou l’autre des théoriciens souhaite proposer un modèle rien ne l’empêche de le faire. Et rien n’oblige les autres de le trouver intéressant non plus. Ils le trouveront intéressant s’il rend compte de la réalité mieux que ce qui existe déjà.
Mais mieux vaut éviter de faire le coup de la « transition de phase » ou alors le faire sous couvert d’anonymat. Au moins là je crois qu’il a juste.

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  1. #1 par Oldcola le juin 27, 2008 - 9:38

    exhaussé

  1. polémique inside #2 « Coffee and Sci(ence)
  2. réductionniste fondamentaliste hein ? « Coffee and Sci(ence)

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