Biohackers ? Je préfère Biopunks

J’aime bien dire que je suis cyberpunk. J’aime bien le cyberpunk en général, Gibson en particulier, même que j’ai eu l’occasion de tailler une bavette avec le mec aux dernières Utopiales et que j’étais ravi.

C’est sorti du bouquin de la SF et ça fait son chemin IRL.

Je ne suis pas Biopunk. Pour le Bio je joue dans la catégorie pro, même si par moments je m’essaie aux hacks qui font lever les sourcils des collègues. Mais qui souvent finissent par marcher. Et alors là, je ne vous dit pas la jubilation ! Mais dans les cercles vertueux quand ça marche ce n’est plus un hack, c’est un procédé :-)

J’aurais pu être Biopunk et informaticien. Il a fallu que je fasse un choix entre informatique et biologie moléculaire, à une époque où la bioinformatique n’était même pas de la SF. Deux disciplines qui s’intéressent au traitement de l’information, dans deux systèmes différents. Si quelqu’un vous dit qu’elles sont différentes c’est qu’il ne comprend pas l’une, ou l’autre, peut-être même les deux.

La francophonie semble découvrir les biopunk (beaucoup disent biohackers) et les réactions me font marrer, parfois jaune, mais marrer quand même. D’habitude je passe volontiers sur ce genre de sujets, sachant que le risque de m’énerver n’est pas négligeable et je n’aime pas beaucoup m’énerver.

Là je suis tombé sur le titre du billet de Samuel Desgasne sur Rue89 : "ADN : les biohackers créent des monstres dans leur garage. Quel titre à la con ! Le contenu pas mieux. Si le mec peut me trouver où avoir la séquence complète de mon génome pour 3700€ (je dis bien la séquence complète) je suis prêt à me la payer. Sans blagues. Just for the fun et je la posterai même sur le Net et je la comparerai à celles de Venter et de Watson.

Puis j’ai fait le tour du Net pour voir, même Zenith en parle ! Pour dire. Le sujet est hot.

On raconte tout et n’importe quoi, on parsème de ce qui pourrait être sensationnel pour le lectorat, de monstres directement issus de son complexe de Frankenstein (une pensée tendre pour le bon Docteur), aux considérations de crime contre la nature ou la volonté divine, où divine est le mot clé. Laisser pisser est probablement la meilleure façon de faire.

Dans les blogs scientifiques c’est différent, quand c’est un scientifique qui se prononce, sans l’excuse d’être un journaliste sans bagage biologique apparent, ou un bigot qui se préoccupe du statut bafoué de sa mouture du créateur. Et troisième résultat sur Google, le billet de Tom repris au C@fé des sciences.

Les hackers sont des bricoleur. Le terme a été utilisé pour désigner essentiellement les bricoleurs en informatique, et il y en a eu grâce à Microsoft !

Les biohackers sont des bricoleurs d’organismes biologiques. Et ils ne doivent pas être très loin de l’informatique, d’une façon ou d’une autre.

Un hacker n’est pas obligatoirement quelqu’un de sympathique, demandez aux responsables sécurité des gros systèmes pour savoir combien ils trouvent sympathiques les hackers qui rentrent dans leurs systèmes ne serais-ce que pour détourner leurs ressources, sans rien casser ou pirater. Ils les abhorrent. Presque autant qu’ils les admirent. Moi je les aime bien tant qu’ils ne foutent pas le bordel. Je suis du genre à laisser ma WiFi sans mot de passe en utilisant un proxy d’anonymat. Faut lubrifier les accès. Mais que je vois une MAC qui déconne et je suis prêt à lui balancer ma collection de virus (si je trouve où j’ai pu planquer ce foutu CD).

Tom semble effrayé par les montres qui risquent de s’échapper, des OGM résistants aux antibiotiques, pensez donc ! Ca doit être grave ça. Ca peut l’être en fait, ça dépend de la modification génétique. Si le biopunk de votre quartier s’est mis en tête de faire des tomates à la GFP vous pouvez dormir tranquille. Même s’il a décidé de faire des E. coli rouge fluo. Et il peut mettre au tout à l’égout ses saloperies résistantes aux antibiotiques sans grand risque.

Maintenant, s’il est en train de s’employer à produire une bactérie pathogène multi-resistante c’est autre chose. Non, oubliez ça. Pas besoin de bidouiller le génome de la bête, suffit de la cultiver en sélectionnant les naturellement résistantes. Plus simple et ça demande moins de connaissances.

Passons à la métaphore filée "biologie=informatique".

Une bactérie a quelque chose d’équivalent à un programme informatique, son génome. Ca ne justifie certainement pas une égalité entre biologie et informatique. Mais l’indignation de Tom est tirée par les cheveux.

Une bactérie est certes le produit de plusieurs milliards d’années d’évolution, il en est de même des bestioles qui on inventé l’informatique, qui n’a pas été conçue from scratch, mais par une espèce de mammifère sur le substrat des mèmes qu’il véhicule.

Comment ça il n’y a pas de séparation claire, nette et sans bavures entre hardware et software bactérien ? Parle à mon transfert de gènes horizontal inter-espèces (qui pose autant de problèmes de multi-résistance aux antibio), parle à la colonisation nucléaire par les gènes mitochondriaux, tape une causette avec Agrobacterium tumefaciens et après on verra si le soft est si lié au hard que ça en biolo. Tout est une question de compatibilité et il suffit de hacker le hard pour pouvoir transférer tranquillement du soft. Lis donc les travaux de l’équipe de Venter pour apprendre comment ça marche.

Puis, pour rapprocher un peu biologie et informatique on pourrait faire un petit tour du côté de la puissance des algorithmes génétiques pour résoudre des problèmes en industrie. Je ne ferai pas l’insulte à Tom de lui donner des liens comme je l’aurais fait pour Jean Staune. Je suis certain qu’il en connaît plein, peut-être plus que moi.

Et pour faire le pas dans l’autre sens on pourrait regarder vers les calculs utilisant l’ADN, qui vont se populariser (dans les labos au moins, pas dans les garages pour l’instant) avec la baisse des coûts des appareils de séquençage.

Question sécurité tout est relatif. Quand on hacke un gros système tout ce que l’on risque est de foutre le bordel dans le dit système, pas que griller sa machine ! D’ailleurs je ne vois pas comment on pourrait griller sa machine (je plaisante, j’en ai grillé un certain nombre quand j’étais jeunot). Ca dépend où l’on a foutu les connections.

Le génie biologique n’est plus prometteur. Il a déjà commencé à livrer ce qu’il promettait il y a trente-cinq ans et une partie est déjà autours de nous. Plein de produits issus de l’utilisation d’OGM, plein d’OGM directement sur le marché en tant que produits. Et fuck pour ceux qui pensent que la biologie puisse être vue comme sous-discipline de l’ingénierie, ils ont qu’à ouvrir les yeux. Le génie biologique a 35 ans, ils étaient où tout ce temps, cachés sous une pierre ?

L’une des dernières facettes, pas la première et probablement pas la dernière, du génie biologique c’est la biologie synthétique. Elle a des beaux jours devant elle. Personne ne dit que ça va être simple, mais ça avance. Booter un génome synthétique, c’est ça le graal du moment et il est peu probable que ça sorte d’un garage.

En attendant le génie biologique avance tranquillement son chemin, si tranquillement que certains l’ont presque oublié. C’est certes amusant de faire compter jusqu’à trois à une cellule (moi ça m’amuse), mais c’est plus jouissif de faire produire un anti-malarien au dixième du prix actuel.

Revenons aux biopunk/biohackers. Ils vont foutre un peu le bordel, ils vont provoquer des nouvelles réglementations, ils vont inquiéter les citoyens qui ne veulent pas d’OGM dans leur assiette, ils vont faire dresser les cheveux de ceux qui voient leurs envies comme un blasphème. Tant mieux. Tant mieux.

DIYbio, faut les aider, pas leur casser les pieds.

  1. #1 par Tom Roud le septembre 8, 2009 - 11:20  

    Salut,
    bon, il faut que tu apprennes à mieux me lire. Où as-tu lu que je suis effrayé par une bactérie OGM ? Je pense simplement, comme beaucoup, qu’il faut faire attention avec l’utilisation des antibiotiques, et a fortiori de faire juste attention à ne pas relâcher des bactéries résistantes dans la nature, c’est tout. Encore une fois, ce n’est pas parce qu’il n’y a pas d’accidents majeurs frappants que ce n’est pas dangereux sur le long terme. Le problème est sur le long terme, si tout le monde se met à manipuler des antibios dans son garage.

    Pour le reste :
    – je ne comprends pas ce que tu dis sur l’informatique. A la limite, l’informatique est une sous-branche des mathématiques, or un des efforts est justement de dériver toute cette science "from scratch", i.e. justement d’axiomes. Plus généralement, quasiment tous les programmes informatiques dont j’ai conscience ont été écrits par des hommes qui ont commencé un moment ou un autre par une page blanche sur laquelle ils ont écrits leurs programmes. Ensuite, ils écrivent des fonctions, etc… pour faire faire quelque chose à leur programme. C’est largement "bottom-up", alors que la sélection naturelle est largement "top-down" puisqu’ elle se fait essentiellement de l’organisme,
    – sur la séparation entre hardware et software, je ne vois pas très bien quelle est l’objection non plus. Evidemment qu’il y a un code génétique, mais je ne vais pas te faire l’insulte non plus de te parler de tout les "-omics" qui montrent que tout ne peut pas se réduire à la seule séquence d’ADN. Enfin, je ne sais pas, pense au RNA world, n’est-ce pas la meilleure illustration du flou entre information et support de celle-ci ?
    – ce n’est pas parce qu’on met dans la même expression "algorithme" et "génétique" que cela a un rapport évident sur le fait qu’on peut faire l’analogie entre fonctionnement d’une bactérie et informatique. Encore un piège du nom.

    Après, sur le fond, tu me mets clairement dans la file de ceux qui ont un train de retard scientifique. Je pense que tu te trompes : je suis dans le train de ceux qui pensent qu’on va probablement plus apprendre de la biologie pour faire de l’informatique (ou des tas d’autres choses) que de l’informatique pour faire de la biologie. C’est en cela que le nom de BioHackers m’agace un peu : c’est presque insultant pour la grandeur de la Création :P . Franchement, tu n’as pas trouvé le passage du type qui dit que 3 milliards de base c’est comme 3 milliards d’octets complètement réducteur ?

  2. #2 par Tom Roud le septembre 9, 2009 - 4:41  

    PS : sinon c’est quoi la photo du post précédent ?

  3. #3 par Oldcola le septembre 9, 2009 - 6:35  

    No comments :-) pour l’instant.

  4. #4 par Oldcola le septembre 9, 2009 - 7:27  

    Salut,
    bon, il faut que tu apprennes à mieux me lire. Où as-tu lu que je suis effrayé par une bactérie OGM ?

    Peut-être bien, peut-être bien

    C’est bien connu, il n’y a jamais de catastrophes naturelles en Californie. De l’utilité des normes pour empêcher la propagation des résistances bactériennes …

    - je ne comprends pas ce que tu dis sur l’informatique.

    C’est probablement dû au fait que j’ai (a) une vision de l’évolution, et de la biologie en général, qui est gene-centered, tous les -omics étant spécifiés, déterminés, contraints, par les gènes et leurs produits et que (b) je ne fait pas la distinction naturel/artificiel de la même façon que toi, ce qui ne laisse pas de place pour considérer les maths et l’informatique from scratch, mais comme le produit de milliards d’années d’évolution, dont l’évolution des mèmes dans les derniers temps; ajoutons les tèmes de Blackmore tant q’on y est.

    - sur la séparation entre hardware et software,

    On fait clairement la distinction hard- soft-wae en biologie. Une bactérie a quelque chose d’équivalent à un programme informatique, son génome (pas le code génétique !). Et l’information peut être exportée et utilisée dans un autre environnement/espèce. Les -omics en dérivent en interaction avec l’environnement.
    J’ai bien fait attention de ne pas parler d’ADN non ? Pour e pas laisser les génomes ARN de côté justement. Ce n’est pas un flou entre information et support, au contraire, ça permet de mieux faire la distinction, façon stockage d’un programme sur papier (algorithme ou listing), ou sur support magnétique ou sur CD par exemple (binaire).

    - ce n’est pas parce qu’on met dans la même expression “algorithme” et “génétique” que cela a un rapport évident sur le fait qu’on peut faire l’analogie entre fonctionnement d’une bactérie et informatique. Encore un piège du nom.

    Bien sûr que non, ce n’est pas parce que c’est dans la même expression qu’on peut faire le parallèle, c’est parce que les algorithmes génétiques sont une imitation (très mémétique comme exemple) volontaire de la façon dont évoluent les systèmes biologiques et que l’expression a été forgée pour signifier ceci. Va pas prendre les choses à l’envers, tu finirais par penser que les algorithmes génétiques ont été inventés from scratch ;-)

    Après, sur le fond, tu me mets clairement dans la file de ceux qui ont un train de retard scientifique.

    J’adore avoir un train de retard, remember? OldCola :-)

    Je pense que tu te trompes : je suis dans le train de ceux qui pensent qu’on va probablement plus apprendre de la biologie pour faire de l’informatique (ou des tas d’autres choses) que de l’informatique pour faire de la biologie.

    Bien sûr, les algorithmes génétiques sont un exemple, et la production de modèles de régulation en sont un autre. Moi je trouve très utiles les modèles in silico pour tester des hypothèses avant de passer au wet lab. Y compris au niveau génétique, même si j’ai une nette tendance à passer à la paillasse, probablement à cause de mes faiblesses en informatique.

    C’est en cela que le nom de BioHackers m’agace un peu : c’est presque insultant pour la grandeur de la Création :-P.

    C’est vrai que je préfère BioPunk, c’est encore plus insultant pour la grandeur de la Création, plus blasphématoire, ça donne un autre ton, où l’on prend en main les choses.

    Franchement, tu n’as pas trouvé le passage du type qui dit que 3 milliards de base c’est comme 3 milliards d’octets complètement réducteur ?

    Non, le mec(?) a pigé l’essentiel IMO. Ca ne permet pas de résoudre les problèmes certes, mais ça permet de les aborder du bon côté. C’est le premier pas d’un long parcours, et je ne trouve pas réducteur, juste réaliste. On peut souhaiter se simplifier la tache en prenant provisoirement des modèles plus phénoménologiques, mais on sait d’avance qu’ils sont partiels et qu’à un moment où l’autre il faudra bien qu’on descende aux gene-tics, parce que c’est là que ça commence le distingo entre un caillou et un organisme biologique, aussi simple ou complexe qu’il soit, au contenu informatique.

  5. #5 par Enro le septembre 9, 2009 - 9:39  

    Tu emploies le terme de "bricolage", que j’aime beaucoup (et c’est le sens du DIYBio). Il y a d’autres termes qui s’accolent bien au (bio)hacking, comme "subversif", "sauvage" ou "créatif".

    Du coup, je suis un peu tiède sur certains exemples de biohacking donnés dans l’article du Monde. L’idée de visualiser son ADN avec du jus de pamplemousse, franchement, ça a peut-être une énorme fonction pédagogique (en montrant qu’il est possible d’obtenir des résultats avec un équipement limité) mais ceux qui le refont se contentent de suivre une recette pour un résultat bof — ni très créatif ni très subversif. A la limite, on est presque plus dans le TP de bio de licence…

    Commencer par contre à imaginer des usages sociaux des biotechs, créer des contre-pouvoirs en matière de génie biologique, voilà des idées excitantes. Mais on n’y est pas encore…

  6. #6 par Oldcola le septembre 9, 2009 - 10:33  

    Salut Antoine,
    J’aime bien les autres termes que tu proposes.
    Subversif, oui, pourquoi pas, je ne trouve pas particulièrement intelligente la loi française qui restreint les tests génétiques, pourquoi ne pas donner la possibilité aux bricoleurs de savoir par eux-mêmes s’ils sont porteurs de gènes récessifs d’hémochromatose ou de thalassémie par exemple, ou même, faire des tests de paternité.
    Sauvage, yeah ! Quelle aventure :-) Wild Wild Genome Quest :-D
    Créatif, ça pourrait être le cas pour certaines simplifications de techniques, ou aussi pour l’annotation des fonctions des gènes. Ou pour des choses que je n’imagine pas encore.

    Faut bien commencer par extraire l’ADN pour une grande partie des manips, le jus de pamplemousse n’est pas que pédagogique, c’est une première étape. Pas créatif, pas subversif, certes, mais nécessaire.

    Pour les usages genre Open Science il faudra non pas attendre, mais il faut aider les DIYBio autant que possible et le plus tôt possible, c’est-à-dire dès à présent (sauf pour ceux qui sont impliqués depuis déjà quelques mois :-) ).
    Je ne doute pas de la capacité à s’organiser des amateurs du domaine, pas plus que des amateurs en général, ni de leur créativité, mais on peut filer un coup de main pour que ça aille plus vite et surtout leur éviter de se perdre dans des couloir peu intéressants.

    Un peu hors sujet : j’ai un souvenir vivace de la participation des pirates radio (ondes moyennes) à la rediffusion des messages des étudiants révoltés contre les colonels en Grèce. Nous avions une sacrée trouille à rediffuser pour saturer les fréquences, en utilisant l’outil prévu pour draguer à faire de la politique. La trouille, oui, mais qu’est-ce que c’était bon et qu’est-ce que j’en suis fier maintenant.
    Il n’y a pas à dire, j’ai des bonnes raisons d’aimer les machins subversifs ;-)

  7. #7 par Enro le septembre 9, 2009 - 3:14  

    Si tu veux aider les DIYBio, au moins un collectif que je connais (en Île-de-France) : http://www.tmplab.org/ — même si leur site web ne couvre pas encore ces "nouvelles" activités et se concentre sur le haking traditionnel.

    Ils sont toujours ouverts aux gens qui viennent partager leurs connaissance, montrer ce qu’ils font/savent faire… Cf. la liste des workshops : http://www.tmplab.org/wiki/index.php/Workshops

  8. #8 par Oldcola le septembre 9, 2009 - 3:33  

    Je suis tombé sur leur site hier en surfant la requête "biohackers" sur Google, pourquoi pas ?

  9. #9 par The DNAcowboy le septembre 12, 2009 - 5:10  

    J aime bien cette discussion merci.
    Petits ajouts:
    -complete genomics a annonce avant hier qu’ils pouvaient maintenant faire du full genome sequencing a 20.000$ (rappel everygenome le fait a 48.000 pour l instant). Ils pensent que ce chiffre descendra a 5000$ en 2010. Prepare ta tirelire!
    -un genome de 3 gb doit faire a tout casser 1 go d espace disque! 2 go pour le diploide
    – c est l informatique qui va nous aider demain a comprendre notre genome. Vous avez deja essaye de lire un pdf de 2 go?
    – moi j aime bien BioPunk. Je n y trouve pas de cotes pejoratifs, idem pour les CyberPunks. Ca fait tout a fait reference pour moi a ces hyper branches du monde des omics.
    D ailleurs, c est pas l homme BiOmics qui valait 3 milliards?

    Cheers from philadelphia

  10. #10 par Oldcola le septembre 12, 2009 - 7:58  

    hah! $20k, mais est-ce qu’ils filent un iMac avec ? hein ? ;-)
    Il y en a qui rendront bien les résultats sur un iPod toch ou sur un iPhone un de ces jours.
    Pour le pdf de 2Go je dois répondre par l’affirmative ou presque, c’étaient une dizaine de pdf, en plusieurs volumes, mais j’avoue que les images pesaient pas mal ;-) Suis venu à bout.

    L’homme bio_Omics vaudra plus que 3 milliards, ça c’est certain.

    Avec la chute du prix de la séquence du génome je trouve que Watson et Venter deviennent de plus en plus cheap chaps. Mais ils ont ouvert la voie et ça c’est priceless.

  11. #11 par judem le septembre 12, 2009 - 10:47  

    Pour l’instant, en informatique, les inspirations biologiques sont ce qui fait le plus avancer des domaines comme l’IA. Cela dit, il n’est pas inenvisageable que des domaines de recherches informatiques ou de mathématiques appliquées (ou non), comme les automates cellulaires ou les systèmes dynamiques non linéaires puissent apporter un jour quelque apport à la biologie ? D’autre part, même si l’informatique (domaine aussi des maths applis) s’inspire beaucoup de la biologie (réseaux de neurones, algorithmes génétiques, etc.), elle se réapproprie souvent ces concepts, souvent en les simplifiant, mais souvent aussi en introduisant des libertés/inspirations nouvelles.

  12. #12 par Oldcola le septembre 12, 2009 - 11:10  

    Salut Jude,

    Je pense que c’est connu que je ne fait pas de distinction entre le naturel biologique et l’artificiel informatique/mathématique si ce n’est en tant que classification d’un certain nombre d’objets du deuxième genre en tant que sous-ensemble du premier.

    La division étant artificielle elle-même.

    De mon point de vue tous les systèmes de traitement d’information sont dans le même sac. C’est prévisible que les uns puissent interagir avec les autres, et pas que de façon superficielle.
    Ton point de vue rapproche de façon fort agréable la mémétique avec la génétique.

    Je ne sais pas par contre quelles seraient les "libertés/inspirations nouvelles" que tu évoques, si ce n’est que la nouveauté concerne la formulation, l’apparition d’un nouveau mème.

  13. #13 par judem le septembre 13, 2009 - 3:17  

    Ce que je voulais dire, c’est que tu peux même tester un peu tout ce qui te passe par la tête (de pas trop compliqué) au niveau règles, environnement, etc. Après, je suppose que ça rentre aussi dans le cadre mème …

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