Archives de la catégorie bioinformatics

SPA: Short peptide analyzer of intrinsic disorder status of short peptides

SPA: Short peptide analyzer of intrinsic disorder status of short peptides

Bin Xue, Wei-Lun Hsu, Jun-Ho Lee, Hua Lu, A. Keith Dunker and Vladimir N. Uversky

Genes Cells. 2010 June; 15(6): 635–646. doi: 10.1111/j.1365-2443.2010.01407.x

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Les tests génétiques prédisent-ils notre avenir ?

Science publique, par Michel Alberganti, le 06.05.2011 à 14:00

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Knowledge management for Systems Biology a general and visually driven framework applied to translational medicin

Knowledge management for Systems Biology a general and visually driven framework applied to translational medicin

Dieter Maier, Wenzel Kalus, Martin Wolff, Josep Roca, Igor Marin de Mas, Nil Turan, Marta Cascante, Francesco Falciani, Miguel Hernandez, Jordi Villa-Freixa, Sascha Losko

BMC Systems Biology 2011, 5:38 doi:10.1186/1752-0509-5-38 Lire la suite »

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Using Sequence-Specific Chemical and Structural Properties of DNA to Predict Transcription Factor Binding Sites

Using Sequence-Specific Chemical and Structural Properties of DNA to Predict Transcription Factor Binding Sites.

Bauer AL, Hlavacek WS, Unkefer PJ, Mu F (2010)

PLoS Comput Biol 6(11): e1001007. doi:10.1371/journal.pcbi.1001007

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Computational Immunology Meets Bioinformatics: The Use of Prediction Tools for Molecular Binding in the Simulation of the Immune System

Computational Immunology Meets Bioinformatics: The Use of Prediction Tools for Molecular Binding in the Simulation of the Immune System

Rapin N, Lund O, Bernaschi M, Castiglione F (2010)

PLoS ONE 5(4): e9862. doi:10.1371/journal.pone.0009862

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A Quick Guide for Developing Effective Bioinformatics Programming Skills

A Quick Guide for Developing Effective Bioinformatics Programming Skills.

Dudley JT, Butte AJ (2009)

PLoS Comput Biol 5(12): e1000589. doi:10.1371/journal.pcbi.1000589

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Biohackers ? Je préfère Biopunks

J’aime bien dire que je suis cyberpunk. J’aime bien le cyberpunk en général, Gibson en particulier, même que j’ai eu l’occasion de tailler une bavette avec le mec aux dernières Utopiales et que j’étais ravi.

C’est sorti du bouquin de la SF et ça fait son chemin IRL.

Je ne suis pas Biopunk. Pour le Bio je joue dans la catégorie pro, même si par moments je m’essaie aux hacks qui font lever les sourcils des collègues. Mais qui souvent finissent par marcher. Et alors là, je ne vous dit pas la jubilation ! Mais dans les cercles vertueux quand ça marche ce n’est plus un hack, c’est un procédé :-)

J’aurais pu être Biopunk et informaticien. Il a fallu que je fasse un choix entre informatique et biologie moléculaire, à une époque où la bioinformatique n’était même pas de la SF. Deux disciplines qui s’intéressent au traitement de l’information, dans deux systèmes différents. Si quelqu’un vous dit qu’elles sont différentes c’est qu’il ne comprend pas l’une, ou l’autre, peut-être même les deux.

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Diversity-based, model-guided construction of synthetic gene networks with predicted functions

Diversity-based, model-guided construction of synthetic gene networks with predicted functions

Tom Ellis, Xiao Wang & James J Collins

Nature Biotechnology Published online: 19 April 2009 | doi:10.1038/nbt.1536

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Webb Miller & ISCB

ISBC: International Society for Computational Biology

Si un jour vous avez BLASTé une séquence il est probable que vous connaissez qui est Webb Miller. Si vous ne le connaissez pas vous avez de la biblio à faire1. Une courte bio scientifique sur la page de la ISBC qui annonce l’attribution de la "ISCB’s Accomplishment by a Senior Scientist Award" 2009 à Webb Miller

En attendant de faire revivre le mammouth :-)


1 Je vous propose le papier "Basic Local Alignment Search Tool", J. Mol. Biol. (1990) 215, 403-410 Lien pdf

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Search Algorithms as a Framework for the Optimization of Drug Combinations

Calzolari D, Bruschi S, Coquin L, Schofield J, Feala JD, et al. (2008 ) Search Algorithms as a Framework for the Optimization of Drug Combinations. PLoS Comput Biol 4(12): e1000249. doi:10.1371/journal.pcbi.1000249

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