Prière

Saigneur! Toi qui nous saignes à blanc comme des veaux de lait avec ce qui semble être une jouissance sans cesse renouvelée, Saigneur, j’ai non pas une mais plusieurs petites prières à t’adresser.

[lire la suite]

c’est pour bientôt, pensez-y

Outline of the Basic Genetic Algorithm

1. [Start] Generate random population of n chromosomes (suitable solutions for the problem)

2. [Fitness] Evaluate the fitness f(x) of each chromosome x in the population
3. [New population] Create a new population by repeating following steps until the new population is complete
   1. [Selection] Select two parent chromosomes from a population according to their fitness (the better fitness, the bigger chance to be selected)

   2. [Crossover] With a crossover probability cross over the parents to form a new offspring (children). If no crossover was performed, offspring is an exact copy of parents.
   3. [Mutation] With a mutation probability mutate new offspring at each locus (position in chromosome).
   4. [Accepting] Place new offspring in a new population
4. [Replace] Use new generated population for a further run of algorithm
5. [Test] If the end condition is satisfied, stop, and return the best solution in current population
6. [Loop] Go to [Fitness]

Primer, et un post fort intéressant de Dave Thomas, sur Panda’s Thumb : Target? TARGET? We don’t need no stinkin’ Target!.

froid dans le dos

C’est des trucs comme ça qui me font froid dans le dos !

Harun Yahya en taule ?

Adnan Oktar, alias Harun Yahya en taule ?

Ca se fête ça !

Mais il va faire appel. Dommage ! Il devrait vivre son martyr

Feeding and Gloating for More: The Challenge of the New Creationism

Pour réchauffer un peu le dos de Tom ou les esprits, allez savoir, je reprends, pour discuter, une partie de son compte rendu sur la conférence de Jerry Coyne (dont j’ai piqué le titre c’est que j’aime ce “New Creationism” qu’il y a mis):

Coyne a alors explicité les fondements de la théorie de l’évolution :

1. les espèces animales ont évolué dans le passé,
2. les changements évolutifs sont graduels,
3. une espèce peut se séparer en deux espèces, dans un processus appelé spéciation. On en tire surtout la notion d’ancêtre commun
4. la cause principale de fixation des caractères est la sélection naturelle, qui est la seule force entraînant l’adaptation.

J’avoue avoir ressenti un petit froid dans le dos à l’énoncé de ses 4 points : cela me paraît très old-style comme vision. Autant le point 1 est incontestable, autant les autres me semblent assez discutable. Le point 2 est à mon avis potentiellement faux : un changement évolutif est par nature discret, puisqu’il est au minimum un changement dans une base d’ADN, ce qui peut tout d’un coup changer la fonction d’une protéine. Je ne suis pas sûr que les bactéries acquièrent une résistance de façon continue. Le point 3 est à moitié faux : la spéciation peut-être un processus très continu; ainsi a-t-on démontré que la lignée humaine s’est hybridée pendant longtemps avec les chimpanzés. Le point 4 est aussi à moitié faux : la dérive génétique peut tout aussi efficacement fixer les allèles, je pense qu’il ne faut pas non plus négliger l’avantage des mutations neutres pour explorer l’expace des possibles.

Je ne sais pas si c’est old-style comme vision, mais si c’est le cas elle a la peau dure et des bonnes raisons de persister.

Avant d’aller plus loin, je reprends la définition de l’évolution et de la sélection naturelle proposé par Ernst Mayr :

Evolution is :

Change in allele frequency over time.

Dans ce contexte, la définition de la Sélection Naturelle est :

Nonrandom elimination of alleles.

L’histoire de l’évolution biologique (1) ne semble pas poser de problème à Tom, au moins pas directement, mais on voit des traces un peu plus loin. J’y reviendrai donc.

Il y a une nette tendance à considérer que mutation est synonyme d’évolution, ce qui semble poser problème à Tom, quant au point (2). Les mutations sont effectivement des éléments discrets. Certaines pouvant avoir des effets pleïotropes, pouvant changer plus que la fonction d’une protéine (même si des mutations ponctuelles ne soient pas souvent si puissantes). Mais la production d’un nouvel allèle par mutation, n’est pas suffisante pour faire évoluer quoi que ce soit. Il faut encore que l’allèle diffuse dans la population au cours du temps (des générations). Les changements évolutifs sont graduels. Ca ne se passe pas d’un coup d’un seul. Ce sont les populations qui évoluent, pas les individus, il faut du temps pour le changement de la fréquence des allèles. Ce n’est pas à un physicien que j’expliquerais la diffusion.

Ainsi, pour le cas de la résistance des bactéries à un antibiotique, même si une cellule bactérienne acquière par mutation ponctuelle un certain degré de résistance suffisant pour être un caractère que l’antibiotique sélectionnera, ce caractère n’apparaît pas instantanément dans toute la population, mais diffusera d’une part à la descendance, d’autre part, éventuellement, par transfert horizontal de l’allèle en question.

Pour le point (3), soit le propos de Coyne n’est pas rapporté clairement, soit le problème que pose Tom n’en est pas un. La spéciation est un processus lent, et même avec la définition étroite de barrière de flux génétique entre deux espèces, les populations qui éventuellement donneront deux espèces différentes dans l’avenir, peuvent continuer à échanger leur gènes dans la mesure ou leurs préférences sexuelles, et leurs écotopes, ne soient pas des barrière en soi. Et je ne pense pas que la lignée humaine se soit hybridée avec les chimpanzés, je dirais que les ancêtres des deux espèces se sont amusés ensemble.
Le même type de mélanges est encore aujourd’hui observé entre Pan troglodytes [plus connu comme chimpanzé] et Pan paniscus [plus connu comme bonobo], qui en milieu naturel ne se croisent pas, mais n’hésite pas à se faire des gros câlins fertiles en zoo. Ici se pose le problème de la définition des espèces, qui souffre parfois de l’utilisation de critères morphologiques, éthologiques et géographiques : c’est le cas pour la définition de ces deux espèces de Pan. De quoi énerver
Le fait est, que la spéciation, lente et pas nécessairement directionnelle (en fonction du temps), fini toujours à un moment ou un autre par donner des espèces distinctes, quels que soient les critères de distinction qu’on applique (définition de l’espèce). Si ce n’est pas le cas c’est que le processus a changé de direction fondamentalement avant qu’on puisse le qualifier de processus de spéciation définitivement.

Mieux on connaît l’histoire de l’évolution (1), mieux on apprécie le caractère graduel de l’évolution (2) et la complexité de la spéciation (3).

La dérive génétique (4), ne fixe pas les allèles. Ce sont justement des allèles à la dérive, qui ne subissent pas de sélection, et dont la fréquence varie de façon accidentelle. En dehors de l’accident du genre “la météorite a efface de la biosphère la population porteuse de l’allèle machin”, qui est un accident au sens des accidents de la route, il y a des accidents plus discrets, plus biologiques; du genre “l’allèle à la dérive s’est trouvé génétiquement lié à un allèle subissant une sélection (positive ou négative) forte”, qui aboutira à la dissémination ou la disparition du dit allèle, par le biais de la sélection naturelle, mais pas directe (je profite pour le clin d’oeil de circonstance à Mendel et Morgan). Juste pour garder en esprit qu’un des moteurs qui agit est la recombinaison (je suis un peu triste qu’on ne la mentionne pas un peu plus souvent, c’est un mécanisme très amusant).

Avant de conclure, je note ci-dessous un extrait de “On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life” de Charlie :

If such do occur, can we doubt (remembering that many more individuals are born than can possibly survive) that individuals having any advantage, however slight, over others, would have the best chance of surviving and of procreating their kind? On the other hand, we may feel sure that any variation in the least degree injurious would be rigidly destroyed. This preservation of favourable variations and the rejection of injurious variations, I call Natural Selection. Variations neither useful nor injurious would not be affected by natural selection, and would be left a fluctuating element, as perhaps we see in the species called polymorphic.

[source]

C’est juste pour faire ressortir la dernière phrase, parce que souvent dans l’esprit des gens (en général, pas de Tom en particulier), ce que l’on a plus tard appelé “dérive génétique” ne fait pas partie de la façon dont Darwin envisageait les choses et se sentent obligés de rappeler aux biologistes qu’il ne faut pas négliger les mutations neutres. Elles ne sont pas négligées par les biologistes, juste par la sélection naturelle

A ce point j’espère avoir réchauffé le dos de Tom

Et pour réchauffer un peu les esprits, j’aimerais bien savoir ce qu’un avantage des mutations neutres pourrait être ! Une mutation est soit neutre, soit elle est avantageuse ou désavantageuse.
Et même les mutations dites silentieuses, c’est à dire n’altérant pas la structure primaire des protéines, le codon résultant codant pour le même aminoacide, ne sont pas neutres vraiment, l’efficacité de traduction étant affectée par la disponibilité des aminoacyl-tRNAs. C’est pour dire que je cherche encore une mutation absolument neutre, absolument signifiant qu’elle ne présente aucun avantage ou désavantage, quel que soit l’ensemble des critères sélectifs appliqués.

illusions

paléontologie et pub

HT Laelaps

Illusions from Bill Nye

Fatigué des illusions logiques de Jean Staune, je me suis dit qu’un peu d’illusions optiques ne seraient pas de trop pour purger mes neurones de la puanteur de certains raisonnements.

Enjoy!

j’adore

Attention !

Vu chez Greg Laden, avertissement à prendre au sérieux.