Vortices day guys!

Missing vortices day in fact.

C’est un anniversaire pour moi, à fêter avec des tourbillons. Choisis pour cette année ceux des travaux de S A Sandersius, M Chuai, C J Weijer and T J Newman que les auteurs concluent par :

The ScEM algorithm presented in this work combines both passive and active biomechanics, along with active response to chemotactic signals. The parameters defining the cell phenotypes are defined at the subcellular (micron) scale and calibrated from diverse experiments. This type of phenomenological model is very helpful for testing mechanistic hypotheses, as we hope we have demonstrated in this paper, yet still relies on defining cell phenotypes at a supra-genetic scale. To truly connect such simulations with the vast majority of experiments, it is necessary to enhance biophysically detailed models, such as the ScEM, with intracellular signaling dynamics. The practical difficulties of parameterizing such models outweigh the relatively minor technical difficulties of encoding simplified gene networks within ScEM cells. Connecting genetics to biophysics is key to bridging our scales of understanding of development, and we plan to continue to move in this direction within theoretical/experimental collaborations.

Toujours deux !

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J’avais mentionné le papier l’année dernière, mais depuis j’ai eu le temps de l’étudier et d’en apprécier la finesse de l’approche des auteurs, qui contraste agréablement à celle des gens à double vue😉

  1. #1 par Fleury le septembre 1, 2012 - 8:56

    Pourquoi vous ne demanderiez pas directement aux auteurs s’ils n’ont pas oublié un écoulement dans l’autre sens « à l’arrière »?

  2. #2 par Oldcola le septembre 3, 2012 - 2:43

    Parce que je n’ai aucune envie de sombrer dans le ridicule, voyons ! Je vous laisse le privilège😉

  3. #3 par Fleury le septembre 3, 2012 - 8:58

    Mais je vous le disais sérieusement, moi, vous pensez bien que j’ai des contacts avec ces chercheurs, que je leur ai posé la question, et que j’ai leur réponse.

  4. #4 par Oldcola le septembre 3, 2012 - 9:08

    Parfait! et elle où est la réponse ?

  5. #5 par fleury le septembre 3, 2012 - 10:33

    Dans ma boîte mail. Je ne peux pas exposer publiquement un échange privé (même scientifique) avec des collègues. C’est pour ça que je vous invite à faire la démarche vous-même. Et croyez moi, il n’y a rien de polémique là-dedans. demandez leur simplement s’il y a des écoulements dans l’autre sens à l’arrière, si oui, pourquoi ils ne les prennent pas en compte, et quelles forme ont ces écoulements.

  6. #6 par Oldcola le septembre 4, 2012 - 8:38

    Fleury,
    J’attends depuis des années voir ce qui va remplacer vos dessins merdiques et comment ça pourrait expliquer la formation des membres.
    Vous n’avez rien produit qui justifie vos points de vue néo-platoniciens.
    Je constate avec plaisir que vous vous dirigez (parce que les autres vous portent) vers des modèles réalistes qui tiennent compte de la biologie du système étudié, ceux que vous rejetiez violemment. Il y a du progrès. Vous finirez peut-être par comprendre le déterminisme génétique du système. Ça serait un grand jour pour vous.
    Entre temps vous nous avez bien fait rigoler et peut-être vous en produirez encore du comique, qui sait?
    Merci😉

  7. #7 par Fleury le septembre 5, 2012 - 5:03

    Il me semble que vous avez raté ça, entre autres :

    Vincent Fleury, Clarifying tetrapod embryogenesis by a dorso-ventral analysis of the tissue flows during early stages of chicken development, Biosystems, Vol 109, N°3, Sept 2012 pp460-474 (on http://dx.doi.org/10.1016/j.biosystems.2012.04.003

    (c’est daté de septembre mais c’est en ligne depuis plusieurs mois)

  8. #8 par Oldcola le septembre 7, 2012 - 4:37

    I hadn’t see that indeed. And I was a lucky guy!
    I’ve seen it now and I was really curious to see what kind of literature you produced this time. So I started reading…
    It’s a very bad idea to start reading one of your papers. This time I hadn’t to go further then the first page to find bullshit. And I stopped there.
    Who the fuck reviewed this paper? Names should be given of the reviewers that do such a bad job, for the editors to avoid them.

    So:

    In particular, it is first observed that the disc of embryonic tissue revolves towards and away a point located in the posterior area of the embryo. It was suggested that a hyperbolic point of tissue flow builds itself up in that area (Wetzel, 1924; Fleury, 2005, 2006), due to the initial geometry of the egg. Source: doi: 10.1016/j.biosystems.2012.04.003, page1, column 2, §3

    Lets set aside the minor editorial error, Wetzel’s paper was published 1929-06-01. You know that, you have the correct year on your website! Now, you should understand that such errors are a pain in the ass ; a query for « +Wetzel +1924 » returns an empty list. But that’s really a minor problem, irritating but minor.

    But:

    It was suggested that a hyperbolic point of tissue flow builds itself up in that area (Wetzel, 1924;…

    Wetzel suggested « a hyperbolic point of tissue »? WHERE?
    You do know that he didn’t. Check what you write on your site, no need to go there, I’ve made a capture of it.

    Capture d’écran 2012-09-07 à 15.40.18.JPG

    You claim to have describe it first, Wetzel didn’t. Your representation of Wetzel’s work is erroneous, you are deceiving your readers; editor and referees included. Once more!

    I had enough with that kind of misrepresentations of the literatures you cite while reading the horror published by The European Physical Journal Applied Physics. I’m not going through that anymore.

    You’re not even able to cite your own work properly! « Clarifying tetrapod embryogenesis, a physicist’s point of view » became « Clarifying tetrapod morphogenesis, a physicist’s point of view ».
    Well, I know a physicist who needs glasses😀
    And a reference manager, try Mendeley.

    If someday you manage to write something devoid of that kind of crap (misrepresentations of other scientists work I mean), just drop me a message.

    —-
    No more comments of you in one of my blogs ’till then, you have a blog, use it!

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