400andme

Les commentaires chez S. Huet sont fermés ! Je les active donc ici.

Je signalais il y a quelques jours un billet de Sylvestre Huet mettant en avant le texte de mise en garde contre les tests génétiques et surtout leur interprétation, signé par une dizaine de sociétés savantes, dont l’objet est relatif à la génétique.

Il y a eu une amorce de discussion dans les commentaires, dont l’un des intervenants, JLS, est un des signataires du texte en question; il indique 400 signataires, d’où mon titre. Il est heureux de voir que des scientifiques prennent le temps d’attirer l’attention du public sur les problèmes que peuvent receler certains produits commerciaux. On ne peut qu’espérer que cette attitude inspirera à d’autres sociétés savantes le besoin de prendre le temps nécessaire pour attirer l’attention sur d’autres types de produits et services qui sont disponibles sur le marché et qui pourraient présenter des risques bien plus importants que ce que les généticiens dénoncent ici.

Revenons au texte présenté par SFGH, FFGH, ACLF, ANPGM, AFGCCG, AFCG, SOFFOET, CPEGM, SFG, ADELF : QUELLE VALEUR ACCORDER AUX PREDICTIONS DE RISQUES POUR LES MALADIES MULTIFACTORIELLES ?

La mise en garde est composée d’un texte principal en cinq paragraphes et d’une annexe présentant l’argumentaire scientifique en quatre points. Je ne parlerai ici que du texte principal.
Les commentaires sont fermés pour que la suite de la discussion se tienne chez S. Huet. Ils seront ouverts sur d’autres posts relatifs au sujet s’ils devaient y en avoir, autour de l’annexe.


Il commence par une mise en perspective historique du problème traité, faisant une différence nette entre les maladies monogéniques et les maladies multifactorielles. La distinction est biaisée, car ne comparant pas des maladies monogéniques avec les maladies multigéniques. Donnant la fausse impression à quelqu’un qui ne connait pas le sujet (n=4, des non biologistes dans mon entourage) que les maladies monogéniques, leur gravité et leur pronostic, ne dépendent pas de facteurs environnementaux. Et dans les facteurs environnementaux j’inclus les soins médicaux dispensés aux individus atteints.
Quel que soit le nombre de gènes impliqués dans une pathologie à déterminisme génétique, on peut s’attendre à ce qu’il y ait des facteurs environnementaux qui participent au détéérminisme de sa gravité. Tous les efforts réalisés pour le traitement de ces pathologies, autrement que par thérapie génique, sont basés sur l’hypothèse qu’en modifiant l’environnement on allégera la maladie et on évitera, ou tout au moins on repoussera, une issue fatale.

Je ferai pour la suite la distinction entre « multigénique » et « multifactorielle » et je ne reviendrai pas sur les maladies monogéniques, qui malheureusement ne semblent pas préoccuper les signataires de ce texte, avant ma conclusion.


Le deuxième paragraphe dépeint très brièvement le paysage de l’offre de tests génétiques en accès libre sur Internet, en admettant que ces offres sont souvent soutenues par des scientifiques et des organismes de renom et proposant une liste des maladies multigéniques : diabète, asthme, cardio-vasculaires, auto-immunes, psychiatriques et neuro-dégénératives. Des entreprises qui proposent ce type de services on n’aura que le nom de 23andme de cité en annexe [une liste des DTC Genetic Testing Compagnies USA est disponible ici, direct to pdf link]; il ne sera pas inutile de voir comment cette entreprise particulière présente les risques liés aux données génomiques qu’elle fournit, sur la base des données de la littérature scientifique.

Avant d’aborder la suite, il n’est pas inutile de préciser ici que l’accès libre au tests génétiques n’est pas disponible en France. Je ne connais pas vraiment les détails de la loi, il semble qu’il y a menace d’amende et de prison si on pratique des tels tests sur le territoire français. Absolument aucune importance puisqu’il est si simple de poster un échantillon à un territoire ou cette pratique est licite. Le seul regret ici est que cette activité ne puisse pas se développer en France, non pas pour les quelques kopecs que représente le prix des tests, mais pour les conséquences (IMO catastrophiques) en termes de maîtrise du sujet que j’évoquerai ci-dessous.
Sur {sciences2}, TripleHelice évoque le droit d’accès à l’information, que JLS conteste en parlant de « non information ». La notion de « non information » est particulière et étonnante de la part d’un généticien. On ne peut contester qu’un génotype, certes basé sur juste quelques 560000 SNP, n’est pas de l’information, faudrait être vraiment de mauvaise foi. Mais on peut contester l’intérêt de cette information pour réaliser des estimations de risque de maladies multi-factorielles, si et seulement si, les facteurs environnementaux sont prépondérants dans le déterminisme de la pathologie. Par ailleurs, le commentaire de JLS semble laisser de côté le fait que l’information livrée concernent également des traits monogéniques (23 dans le cas particulier de 23andme, le 23 étant une coïncidence), que le texte ne traite pas. Même avec les critères de JLS il me semble que ceci est de l’information, IMO précieuse.


Le troisième paragraphe aborde le problème central soulevé par ce texte, l’interprétation des risques calculés à partir des génotypes, étant donnés les limites des études d’association pangénomiques. Il faut noter que les généticiens français, autant que la communauté internationale des généticiens, se heurte souvent au même problème : on ne sait pas quelle est la part des facteurs environnementaux, et quels sont ces facteurs qui contribuent au déterminisme d’un trait pathologique donné. Les études pour identifier et évaluer ces facteurs ne sont pas triviales, ni ne passent uniquement par les études d’association pangénomiques. Ces dernières ne donnent accès qu’à la composante génétique dans un environnement donné, si l’environnement des populations étudiées peut être considéré constant. En l’absence des données détaillées on peut émettre des hypothèses quant à l’importance des facteurs environnementaux; on peut être enclin à les penser majeurs ou mineurs, plus ou moins importants que les facteurs génétiques, on reste toujours dans le domaine de l’hypothèse et il n’y a rien qui permettrait de décider a priori quelle hypothèse est à privilégier de façon générale.


Il y a une phrase dans ce paragraphe qui me parait absolument injustifiée : « l’interprétation des résultats présuppose que les facteurs génétiques sont nombreux, avec des effets petits, indépendants, cumulatifs, et sans interaction avec des facteurs du milieu.« . C’est moi qui souligne cette dernière partie. Dans la quasi-totalité des cas dont j’ai connaissance, un des arguments de vente majeurs des tests génétiques est justement la possibilité d’agir en sorte de minimiser les risques, en agissant sur les facteurs environnementaux auxquels on s’expose en modulant son style de vie. Il est étonnant de voir que ceci ait échappé aux signataires du texte, quelqu’un aurait dû s’en rendre compte.

Une des conditions nécessaires pour l’évaluation de ces risques est que les populations examinées se trouvent dans des environnements relativement homogènes. Ca n’est souvent pas le cas. Il est toujours difficile de constituer des groupes homogènes et souvent on n’a pas idée des facteurs environnementaux d’importance pour le trait étudié.
Une autre façon d’aborder le problème est de partir d’une base de données génomiques large, la plus large possible, et de garder contact avec les personnes génotypées pour pouvoir les interviewer régulièrement, en leur posant autant que possible des questions qui paraissent pertinentes et qui émergent au fur et à mesure que notre compréhension du sujet s’affine.
Tout en ayant un suivi de leur état de santé.

On peut être naïf et imaginer que les structures de recherche en génétique publiques auraient pu mettre en place ce genre d’initiatives. Quelques dizaines de milliers de génotypes et la mise en place d’une communauté de personnes génotypées, qui seraient disposées à contribuer quelques dizaines de minutes par mois pour répondre à des questionnaires; une communauté où quiconque pourrait entrer, moyennant un ticket modeste. J’ai été naïf et j’ai cru il y a une dizaine d’années que l’UE pouvait soutenir un tel chantier. Je ne le suis plus.
Je suis par contre ravi de voir qu’il y a des entreprises privées qui ont trouvé un business model qui leur permet de réaliser la même chose. Elles prennent une avance fabuleuse sur le plan scientifique.

La puissance du modèle réside à quelques points triviaux :

  • ne pas se limiter à un modèle particulier préjugeant de l’importance relative entre facteurs génétiques et environnementaux
  • ne pas se focaliser sur un trait phénotypique particulier, mais examiner en parallèle le maximum que l’on peut gérer, en restant vigilant aux avancées technologiques pour les intégrer au fur et à mesure qu’elles sont disponibles; sans pour autant tarder pour s’y coller
  • collaborer avec tous les acteurs, qui dans le cas particulier incluent les clients, en fournissant les renseignements disponibles, en les révisant de façon transparente, en donnant accès à la littérature scientifique relative à tous, y compris à ceux qui ne sauraient même pas lire correctement le titre des articles, question de transparence.

    Le quatrième paragraphe se termine sur une question :

    Quelle signification accorder à un calcul de risque sur la base d’études génomiques si les facteurs du milieu, et leur interaction avec les facteurs génétiques, sont encore mal connus, inconnus ou non pris en compte ?

    On peut répondre de façon simple : ça dépend de la quantité de variance des réponses individuelles que les modèles utilisés expliquent.
    On peut utiliser cette mesure pour évaluer d’une part la signification à accorder et d’autre part l’intérêt à porter sur la recherche de déterminants génétiques. Et ceci sans connaître, ou en connaissant mal, les facteurs non génétiques en jeu et en ignorant tout des mécanismes qui expliqueraient le trait phénotypique.

    Le naïf qui sommeille en moi, se réveille de temps en temps et espère que les mises en garde comme celle que je discute ici, seraient assorties d’un site parallèle à celui de 23andme, je prends l’exemple cité en annexe, où chaque trait phénotypique serait discuté par les signataires de cet avertissement, pour qu’ils donnent eux leurs interprétations de la littérature scientifique s’ils trouvent que ce qui est proposé au public n’est pas de bonne qualité. Quand le naïf se réveille je fais le nécessaire pour l’assommer pour m’éviter une déception de plus. Avant que j’y arrive ce salopard ne cesse de me rappeler la puissance des associations privées dans le domaine de la santé, surtout pour les maladies génétiques. Mais je finis toujours par l’assommer.


    La conclusion est en trois points.
    D’abord une mise en garde contre la perception erronée du risque encouru. Il faudrait peut-être se permettre une nuance. Si le risque exagéré n’a comme conséquence que la promotion d’un style de vie plus saine, je n’y vois pas grand inconvénient. Il faudrait juste éviter d’affoler les gens gratuitement.
    Le deuxième point met en garde les scientifiques qui serviraient d’alibi en matière de prédictions individuelles pour les maladies multifactorielles à partir de la seule information génomique. Je ne connais personne à qui cette mise en garde pourrait s’adresser et je ne vois personne non plus parmi les scientifiques de renom qui appuient les initiatives publiques ou privées dédiées à ce type d’études.
    Le troisième point est relatif au besoin « d’informer avec rigueur et clarté sur l’évolution des connaissances en génomique et de débattre sur les limites de leurs applications« . Savez vous quoi ? J’en ferais un métier de l’information sur ces points. Un seul bémol, le débat sur les limites des applications ne concerne que les spécialistes, pas le public, sauf s’il s’agit d’un public averti, souvent à cause de problèmes personnels. Impliquer des gens qui ne s’y connaissent pas dans un débat est la meilleure façon de brouiller les messages et j’espère que ce n’est pas ce que les signataires du texte cherchent.


    Si j’apprécie de façon générale cette initiative, je trouve dommage que la distinction entre multi-génique et multi-factorielle n’a pas été clairement présentée. De même, je pense que le modèle « sans interaction avec des facteurs du milieu » est un fantasme, en tout cas je ne l’ai rencontré que chez des gens dont les connaissances en biologie sont élémentaires; je doute que l’on puisse trouver des scientifiques, encore moins des organisations scientifiques, de renom qui travailleraient sur des tels modèles.

    Les commentaires de JLS sous le post de S. Huet me laissent perplexe. Le texte argumente à partir d’un modèle un peu faussé et dans le cadre d’une question qui ne se pose vraiment pas par ceux des biologistes dont j’ai connaissance : les GWAS ne peuvent concerner que la composante génétique d’une pathologie multi-factorielle. Il a raison en disant qu’une question pertinente serait « ai-je été soumis à un facteur environnemental critique dans l’émergence d’une maladie ? » mais il est évident que cette information ne peut être accessible par les test génétiques.

    Il est également évident que des boîtes comme 23andme posent ce genre de questions à leurs clients et les incorporent dans leur corpus de connaissances avec l’espoir d’affiner la compréhension des composantes non-génétiques des pathologies qu’ils étudient. Leurs conclusions sont publiées dans des journaux scientifiques avant de trouver le chemin de leur pages Web.
    L’exemple de la maladie de Crohn est bien choisi par JLS. La fréquence de la maladie a augmenté dans des proportions qui ne peuvent s’expliquer par un changement des fréquences alléliques, indiquant qu’un facteur génétique est impliqué. La remarque est pertinente. Elle ne nous dit absolument rien quant à l’égalité des chances de divers génotypes, elle ne nous dit rien quant à l’existence ou non d’une composante génétique de susceptibilité à l’action du facteur environnemental que JLS évoque.

    J’ai l’impression que JLS est généticien, peut-être même professeur à l’Université de Versailles et président de la SFGH (d’après ses initiales et les noms des signataires, si je me trompe mes excuses aux intéressés). Il devrait lui être évident que la séquence d’un génome est de l’information. Pure, dans le sens des données brutes, pas encore entachées par les tentatives d’interprétation. Précieuse pour un généticien (ou quelqu’un d’autre si le généticien souhaite s’abstenir) qui s’intéresse à l’identification des composantes génétiques qui déterminent un spectre phénotypique, spectre qui est fonction de facteurs extérieurs. C’est de l’information nécessaire mais pas suffisante.

    Je trouve bien plus réaliste la position de Moebius sauf sur un point : je doute fort que la France change sa position sur les tests génétique à court terme (le « tôt » dans le « tôt ou tard » qu’il utilise. J’ai l’impression que les gens se donnent de l’importance à évoquer la bio-éthique à tout bout de champs et à jouer aux gens sérieux qui veulent protéger le public et ses intérêts. J’ai le sentiment que ce genre de paternalisme empoisonnera pendant longtemps le paysage français, nourri en parallèle des inquiétudes sur les fuites des informations, essentiellement vers les assurances, qui semblent préoccuper Maryam et que JLS partage à 100%. Le problème avec les assurances est réel et actuel. Il y a des questionnaires qui servent à établir les contrats proposés qui sont absolument ahurissants. Et une fuite des données personnelles est toujours problématique. Il faut les sécuriser au maximum et les faire circuler un minimum. C’est aussi vrai que pour le code de la carte de crédit.

    Et peut-être il serait plus utile que le législateur s’occupe à pondre des lois protégeant les citoyens du vol de données personnelles plutôt que de leur interdire l’accès à leurs données personnelles.


    Il y a plusieurs points qui n’ont pas été abordés dans ce texte. On reste avec l’impression que l’essentiel des services proposés par les compagnies mises au pilori concernent juste les risques de développement de pathologies. Il y a d’autres points qui méritent d’être mentionnés.

    D’abord le génotypage (malheureusement partiel) relatif à certaines maladies monogéniques. Une des compagnies en question propose 23 résultats dans ce chapitre. Si je devais me marier mettre en couple aujourd’hui, avec le projet d’avoir des enfants, je ferais faire ce scan pour moi et la future mère de mes enfants, pour nous rassurer. C’est un cadeau potentiel pour mes neveux et ma filleule.

    Puis la sensibilité à certains effets secondaires à des médicaments. Toujours bon de savoir s’il faut en éviter certains, en espérant que cette information sera inutile, aussi inutile que l’assurance qu’on paie sans en bénéficier.


    Pour la transparence j’aimerais conclure en précisant que je suis actuellement impliqué dans un projet qui vise à apporter l’information génétique/génomique aux professionnels de la santé comme au grand public. Son initiateur et porteur est français. Il semble est très conscient des problèmes que son projet pose sur le sol français, aux français en fait, mais il est à espérer qu’il pourra faire le grand saut et installer son business de l’autre côté de l’Atlantique.
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    1. #1 par Merlin le zététicien des mèmes le mai 14, 2010 - 11:00

      Trop tard pour moi ! Je ne sais pas ce que des tests génétiques à vocation prévisionnelle auraient donné lorsque j’avais 2,3 ou 6 ans. Mais les maladies que j’ai sont arrivées et je les subis avec courage comme je me soigne avec détermination : hypertension artérielle, diabète / excès de poids aïe ENPP1 ! syndrome d’apnées du sommeil, j’en passe et des meilleures…
      Et pourtant, petit enfant, j’étais maigrichon, adolescent plutôt musclé et athlétique, de poids modéré mais très actif et très sportif.
      Bref, c’est quoi ce truc ?
      On aurait pu prévoir que je serais délinquant, anarchiste, et puis quoi encore ? Diabétique encore je veux bien mais quel intérêt puisque de toute façon je le serais devenu. (J’ai des indications familiales récentes qui me permettent de le penser…)
      SARKOZY avait parlé avec Michel ONFRAY de la pédophilie sur la revue « Philosophie Magazine » n° 8 :

      « M. O. : Je ne leur donnerais pas une importance exagérée. Il y a beaucoup de choses que nous ne choisissons pas. Vous n’avez pas choisi votre sexualité parmi plusieurs formules, par exemple. Un pédophile non plus. Il n’a pas décidé un beau matin, parmi toutes les orientations sexuelles possibles, d’être attiré par les enfants. Pour autant, on ne naît pas homosexuel, ni hétérosexuel, ni pédophile. Je pense que nous sommes façonnés, non pas par nos gènes, mais par notre environnement, par les conditions familiales et socio-historiques dans lesquelles nous évoluons.

      N. S. : Je ne suis pas d’accord avec vous. J’inclinerais, pour ma part, à penser qu’on naît pédophile, et c’est d’ailleurs un problème que nous ne sachions soigner cette pathologie. Il y a 1 200 ou 1 300 jeunes qui se suicident en France chaque année, ce n’est pas parce que leurs parents s’en sont mal occupés ! Mais parce que, génétiquement, ils avaient une fragilité, une douleur préalable. Prenez les fumeurs : certains développent un cancer, d’autres non. Les premiers ont une faiblesse physiologique héréditaire. Les circonstances ne font pas tout, la part de l’inné est immense. »

      NS va pouvoir donner des conseils au pape B.XVI pour choisir ses prêtres désormais. Il peut même conseiller un bon laboratoire avec lequel Roselyne de H1N1 est en cheville !
      Existait-il des tests en 1954 et des poussières pour savoir si on aurait un enfant hyperactif, atteint de « bougitude chronique » et de désir de foncer dans le tas quoi qu’il arrive en évinçant les gêneurs avec des propos définitifs comme « Casse-toi pauv’ con ! » Non, ça n’existait pas encore ? Il a eu de la chance alors…

      « […]parents pass fewer genetic mutations to their children than previously thought, which is of interest mostly to evolutionary biologists. »

      Tu es impliqué dis-tu dans ce projet ? Financièrement ou scientifiquement ? ;o))

    2. #2 par Oldcola le mai 14, 2010 - 12:17

      J’aurai un post compagnon à celui-ci de posté avant ce soir j’espère. Je répondrai après à ton commentaire Jean-Pierre.

    3. #3 par Oldcola le mai 14, 2010 - 5:06

      Le déterminisme génétique Sarkozien est célèbre (et bidon) et je me demande dans quelle mesure il radicalise pas la position des généticiens français. Pas la peine de le prendre au sérieux ou de le commenter.
      Comme je l’ai écrit, une des raisons pour se payer le test est de fournir des données, l’approche étant statistique, plus il y en a mieux on se portera.
      Y compris pour ceux qui n’en bénéficieront pas directement. Ca peut concerner leurs descendants, ou les autres si comme moi on n’a pas de descedants.
      Une alternative serait de juste transmettre son ADN pour qu’il attende pour des meilleurs jours.

      Mon implication n’est ni financière ni scientifique (en termes de biologie)🙂 C’est le traitement de l’information qui est en cause. Un système de récolte et de traitement d’information à base d’une algorithmique génétique/mémétique qui apprendrait ce qui est intéressant au fur et à mesure qu’il serait confronté à l’offre et la demande🙂
      Le traitement des mèmes est assez attirant dans ce domaine ou le contrôle est facile, l’essentiel étant basé sur des communications M2M.

      J’aimerais que les gens disposent de sources d’information qui ne cherchent pas le sensationnel, ou qu’elle ne soient pas catastrophistes, ou qu’elles ne soient pas soupçonnées de vouloir vendre du test. Si possible des textes validés avant publication par des personnes praticiennes de bioéthique et de conseil génétique. A leur langue plutôt que sur le mode anglo quasi obligatoire aujourd’hui. Et que le plus rapidement possible l’information devienne à accès libre pour tous.

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