Jean-Jacques Kupiec un mercredi soir.

Donc hier c’était le jour de la présentation de Jean-Jacques Kupiec.

Le temps a manqué pour qu’il puisse pousser son exposé jusqu’au bout. Je me demande s’il a fait le chemin jusqu’au milieu. Je n’ai pas le sentiment d’avoir raté quelque chose, cette première partie étant très proche de son livre, L’origine des individus, j’imagine que le reste était à l’avenant.

J’ai posé mes deux questions et je suis parti sans réponse directe, mais avec l’espoir que je pourrai en discuter via e-mail.

D’une part au sujet du caractère stochastique des interactions des macromolécules, que je trouve bien décrit depuis longue date sous forme de réactions d’équilibre, de Kon et Koff. Certes un mot grec ça fait bien plus in et me sied fort bien, mais je trouverais inquiétant qu’un biologiste moléculaire puisse oublier ses bases.

D’autre part, le déterminisme génétique apparaît dans l’énoncé de sa théorie de darwinisme cellulaire, où il admet (bien entendu) que la séquence génétique détermine la séquence protéique. Après ça on en perd trace.

En dehors du fait que je ne vois rien dans le livre ou la partie de l’exposé que j’ai suivi qui puisse mettre en cause le déterminisme génétique de l’ontogenèse ou la stéréo-spécificité des interactions macromoléculaires (qui ne signifie pas interaction uniquement entre deux partenaires) j’apprécie l’idée de darwinisme cellulaire, qui me semble pour l’instant pertinente pour traiter nombreux des problèmes de l’ontogenèse. J’ai toujours apprécié les modèles cellulaires que je trouve largement plus puissants que les descriptifs phénoménologiques abstraits, qui sont incapables d’incorporer les mécanismes moléculaires impliqués dans le processus.

Il ne l’a pas dit, mais j’ai le sentiment qu’il s’arrête à la cellules égoïste, plutôt que de poursuivre le chemin jusqu’au gène égoïste. Il n’est pas impossible que la perte d’information que ceci implique ne soit pas gênant pour le genre d’analyses qu’il propose. Une bonne approximation ? Peut-être.


Mon inclinaison va bien entendu au gène égoïste, les cellules n’étant pas des unités pertinentes pour l’évolution.

Une autre notion que j’exprimerais comme « la phylogénie produit les contraintes de l’ontogénie » lie sur le plan fonctionnel les deux processus; je vois mal comment si le déterminisme génétique soit écarté, mais j’y vois un lien qui sera probablement fertile.

Le Prof. Caillé (l’invitant du mercredi) a introduit l’exposé comme porteur d’espoir parce qu’il écarte le déterminisme génétique justement. Comme je n’adhère pas à un déterminisme génétique abscons et que je me rappelle soigneusement l’aspect probabiliste de certains processus (OK, d’une grande proportion de processus génétiquement déterminés) je me sens libre, même génétiquement déterminé. Il faudrait peut-être que je revienne sur le sujet qui semble hérisser les poils de nombreux de mes contemporains.


A la sortie de la conf, J-J Kupiec ayant mentionné un de mes classiques préférés, la revue de Jacob & Monod « Genetic Regulatory Mechanisms in the Synthesis of Proteins » (J. Mol. Biol, 1961, 3, 318-356 pdf), je me suis refait une lecture. Il n’a pas vieilli le bougre🙂

Si vous ne l’avez pas lu (ou pas récemment) refaites un tour du manège. Il y a du sex (bactérien OK), des mutants (bactériens, aussi), des bactéries partiellement diploïdes (voir polyploïdes), de la pénétrance partielle, de l’expressivité des gènes, de l’interaction stéréospécifique, des cinétiques et tout et tout. Ceux qui reconnaissent IPTG/X-gal et qui n’ont pas lu le papier qu’ils s’empressent de cliquer sur mon lien.

  1. #1 par Jean-Pierre CRESPIN le mars 11, 2010 - 10:46

    J’aime beaucoup ce lien :

    http://www.agoravox.fr/actualites/technologies/article/le-chercheur-jean-jacques-kupiec-48970

    Je vais essayer d’approfondir un peu ces notions, à priori complexes pour moi.
    J’espère que les « sceptiques scientifiques » de tout poil pourront avoir un consensus satisfaisant avec Kupiec.

  2. #2 par Oldcola le mars 12, 2010 - 8:26

    Je ne pense pas que Kupiec aurait besoin d’un consensus auprès des sceptiques. C’est auprès des scientifiques qu’il fait/fera ses preuves.
    J’ai le sentiment que l’une des voies qu’il a choisi lui apportera des grosses déception.
    Je n’ai pas le temps pour traiter correctement le sujet, mais c’est dans les ToDo

  3. #3 par coincoin le mars 13, 2010 - 9:16

    Il ne l’a pas dit, mais j’ai le sentiment qu’il s’arrête à la cellules égoïste, plutôt que de poursuivre le chemin jusqu’au gène égoïste.

    C’est exactement cela. Je ne sais pas si tu as lu le précédent bouquin de Kupiec, Ni Dieu ni gène (avec Pierre Sonigo) ; c’est une longue et étrange défense de la cellule égoïste, où les cellules sont personnifiées et les niveaux d’organisation inférieurs (le gène) et supérieurs (l’organisme) se voient refuser toute pertinence comme cibles de la sélection naturelle. Je l’avais trouvé assez confus et peu convaincant (bien qu’il ait reçu un concert de louanges quasi-unanime dans la presse française, peut-être pour se donner l’impression de lutter contre « le déterminisme génétique » – comme si on combattait efficacement les idées fausses avec des idées encore plus fausses). Plus de dix ans sont passés depuis et L’origine des individus m’a beaucoup plus intéressé et convaincu. Il y a de vraies données et une vraie argumentation dans ce livre, beaucoup plus que dans le précédent. Mais il reste un ton un peu inutilement vindicatif à l’égard de la notion de « programme génétique » (comme si celui-ci, au sens où un biologiste moléculaire raisonnable l’entend, était en quoi que ce soit incompatible avec l’importance (très probablement réelle et importante) de l’aléatoire et de la sélection dans la biologie cellulaire et le développement) qui est je pense hérité du précédent bouquin et que je juge comme toi plus parasite qu’autre chose.

  4. #4 par Oldcola le mars 15, 2010 - 1:28

    Salut coincoin,
    Je n’ai pas lu Ni Dieu, ni gène,malgré le fait que j’ai été tenté en lisant L’origine des individus de partir vers l’origine de l’idée du darwinisme cellulaire. Je sens une « lourde » charge idéologique devant la négation du déterminisme génétique et de la spécificité des interactions entre macromolécules.
    Je ne sais pas par quel angle aborder le sujet pour le discuter avec lui🙂 Ou si j’ai vraiment envie de le discuter.

  5. #5 par ageron le octobre 1, 2012 - 5:51

    Bonjour,

    Je suis en train de lire « Ni Dieu, ni gènes ». C’est un mélange un peu perturbant d’idées passionnantes et d’idéologie moralisatrice assez horripilante (je n’en peux plus du retour perpétuel à Platon et Aristote). Le fait (avéré) que nous soyons les produits d’un programme génétique semble heurter les auteurs pour des raisons davantage idéologiques que rationnelles.
    Apparemment je ne suis pas le seul à penser cela, je suis rassuré.

    J’hésite entre deux explications:
    1- les gens les plus créatifs ont souvent un mélange d’idées géniales et idiotes. Ils fournissent une « variabilité » d’idées, les gens raisonnables doivent ensuite appliquer une bonne dose de « sélection naturelle » pour éliminer les mauvaises idées et ne garder que les meilleures !
    2- les gens qui ont bousculé des dogmes scientifiques s’emportent souvent dans leur élan et s’imaginent avoir révolutionné la Science avec un grand S. C’est humain, je suppose. Cela ne serait pas bien méchant si leurs propos, sortis du contexte des experts, ne donnaient pas du grain à moudre aux journalistes sensationnalistes et aux créationnistes.

    Pour ma part, aucun argument du livre ne m’a paru ébranler le moins du monde la théorie du gène égoïste (à laquelle j’adhère entièrement). Simplement, les gènes n’ont pas une action aussi déterministe que certains avaient pu le croire (et pourtant les vrais jumeaux se ressemblent quand même bigrement, non ?). J’aime beaucoup le mécanisme d’expression des gènes proposé, et le trouve vraiment convaincant. J’aime sa simplicité et son efficacité. J’aime aussi l’idée de la compétition entre nos cellules, je trouve que tout cela « colle » très bien (je trouve surprenant qu’on puisse adhérer à cet égoïsme cellulaire sans suivre le raisonnement jusqu’aux gènes). J’aime aussi l’idée que l’ADN non codant a une utilité dans l’expression stochastique des gènes. Bref, il y a beaucoup de choses passionnantes et convaincantes dans ce livre, quel dommage que ce soit baigné dans une idéologie quasi mystique, et cette haine (ou peur?) profonde de la génétique.

    Dawkins explique clairement que le succès d’un gène se mesure en considérant la totalité des individus qui le portent, dans l’espace et dans le temps. Son effet sur un individu particulier peut très bien être extrêmement variable.

    Aurélien Geron

  6. #6 par Oldcola le octobre 8, 2012 - 6:56

    Salut Aurélien,
    Désolé pour la réponse tardive, la semaine dernière était chargée.

    J’avoue avoir été fortement déçu de J-J K en particulier, d’une espèce de mouvement vers le non-génétiquement determiné qui rôde et qui oublie les bases du vivant : génétiques._

    J’ai le sentiment que la base est idéologique et qu’elle couvre un très large spectre. Je n’aime pas beaucoup les livres grand public du genre qui font la promotion d’une théorie

    Par contre j’ai mis de côté pour lire à un moment plus calme l’ensemble des papiers de Progress in Biophysics and Molecular Biology 110 (2012), mais je n’ai pas trouvé encore ce moment. Peut-être il t’intéressera. C’est la publication de « Chance at the Heart of the Cell » (Lyon, Novembre 21–22, 2011)

    J’attends que l’on montre pouvoir obtenir une giraffe partant d’un oeuf d’autruche pour laisser tomber le détérminisme génétique😉

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