Archives de mars 2008

Godwin point attribution

Ce blog arrive à un tournant de sa carrière, grâce à "Aristote". Non celui de mes ancêtres qui nous a plombé, mais un de nos contemporains qui se sert de l’illustre prénom comme nom de plume pour ses commentaires sur le Net.

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Biblically correct

Clairement le genre de conneries qu’il convient d’éviter. Mais là ce n’est que la partie visible de l’iceberg.

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HHMI News: Identifying the Genes that Put the "Stem" in Cell

HHMI News: Identifying the Genes that Put the "Stem" in Cell: "A team led by Howard Hughes Medical Institute (HHMI) researchers has identified a network of hundreds of genes that keep embryonic stem cells in their characteristic malleable state, able to develop into any cell type when the time comes. The finding, based on studies of mouse cells, provides valuable insight into the way stem cells function, and could help researchers find ways to reprogram adult cells for therapeutic use."

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Voir aussi : Thérapie génique via cellule souche, Cellules souches : Yamanaka futur prix Nobel ?

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RPS

Ce matin, au café, pour illustrer, un petit schéma, rangé dans mes diapos.

NOMA et scienligion (la petite tumeur de l’ensemble "religion")

SRP.png

En cliquant sur l’image, accès au sondage par l’ifop pour La Croix, où l’on apprend que :

[...] la laïcité est l’une des valeurs républicaines les plus importantes pour les Français. 77 % d’entre eux estiment que "les autorités religieuses ne devraient pas prendre position publiquement sur les grands enjeux de société".

Rassurant ? La partie orange qui devrait disparaître ;-) Et avec elle la petite tumeur.
Mais 23% qui pensent autrement ? Pas si rassurant que ça…

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Les couillons

update

Ce pauvre PZ qui a été foutu à la porte du ciné qui passait : Expelled! :-)
HT RDN

Quelle variété de connerie faut-il traîner pour faire un si mauvais coup médiatique ? Enfin, Dawkins a réussi de rester en salle.

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NDE (EMI) et Jean Staume

A chaque fois que Jean Staune avance quelque chose, il est bon de se poser des questions. A chaque fois que j’ai cherché des réponses je suis tombé dessus, à travers Google. Soit Jean ne sait pas se servir de Google (ce qui est fort possible), soit il y a autre chose qui cloche. Je pense qu’il y a autre chose qui cloche.

Dans son essai au sujet du paranormal, à côté des OVNIs et de l’astrologie, il défend la cause des Near-Death Experiences (NDE, ou en français EMI : Expériences de Mort Imminentes), se plaignant qu’il n’y a pas plus de recherche sur le sujet, allant même jusqu’à proposer un protocole expérimental :

Alors qu’il suffit de prendre une salle de réanimation, de mettre une personne sur la table en état de mort clinique, et quand on veut la réanimer, automatiquement il y a un écran de télé qui est placé bien plus bas que la tête de la personne mais tourné vers le haut et sur cet écran de télé, il y a un signal qui apparaît aléatoirement, un cercle bleu, n’importe quoi. Vous réanimez la personne et dès qu’elle est réanimée, dès qu’elle peut parler, vous lui demandez : " Est-ce que vous avez vu quelque chose pendant le moment de votre réanimation ? " Même s’il n’y en a qu’une sur mille qui dit : " Oui, j’ai vu un cercle bleu ", et que c’était bien un cercle bleu, vous vous rendez compte de la portée d’une telle expérience. Or cette expérience, d’un côté elle n’est pas faite parce que les rationalistes ne veulent même pas en entendre parler, et c’est un scandale car j’estime que l’on a là une expérience qui pourrait prouver quelque chose de capital ; et les gens qui s’occupent du domaine de la NDE, s’occupent d’un tas d’autres choses, qui sont à leurs yeux beaucoup plus importantes comme de savoir si l’on revoit sa vie du début à la fin ou en sens inverse lors d’une NDE, mais qui sont impossibles à prouver scientifiquement.

(gras par moi, Source)

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Deadly Genetic Disease Prevented Before Birth In Zebrafish

Deadly Genetic Disease Prevented Before Birth In Zebrafish: "(Mar. 21, 2008) — By injecting a customized ‘genetic patch’ into early stage fish embryos, researchers at Washington University School of Medicine in St. Louis were able to correct a genetic mutation so the embryos developed normally."


In vivo correction of a Menkes disease model using antisense oligonucleotides, Erik C. Madsen, Paul A. Morcos, Bryce A. Mendelsohn, and Jonathan D. Gitlin
Although the molecular basis of many inherited metabolic diseases has been defined, the availability of effective therapies in such disorders remains problematic. Menkes disease is a fatal neurodegenerative disorder due to loss-of-function mutations in the ATP7A gene encoding a copper-transporting P-type Atpase. To develop therapeutic approaches in affected patients, we have identified a zebrafish model of Menkes disease termed calamity that results from splicing defects in the zebrafish orthologue of the ATP7A gene. Embryonic-recessive lethal mutants have impaired copper homeostasis that results in absent melanin pigmentation, impaired notochord formation, and hindbrain neurodegeneration. In this current study, we have attempted to rescue these striking phenotypic alterations by using a series of antisense morpholino oligonucleotides directed against the splice-site junctions of two mutant calamity alleles. Our findings reveal a robust and complete correction of the copper-deficient defects of calamity in association with the generation of the WT Menkes protein in all rescued mutants. Interestingly, a quantitative analysis of atp7a-specific transcripts suggests that competitive translational regulation may account for the synthesis of WT protein in these embryos. This in vivo correction of Menkes disease through the rescue of aberrant splicing may provide therapeutic options in this fatal disease and illustrates the potential for zebrafish models of human genetic disease in the development of treatments based on the principles of interactions of synthetic oligonucleotide analogues with mRNA.

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Building Enzymes from Scratch

In an undertaking so computationally demanding it required donated computer time from thousands of people around the world, Howard Hughes Medical Institute (HHMI) researchers have designed and built two functional enzymes never seen in nature.

Enzymes are nature’s catalysts, and without them, vital biological tasks like converting sugar to energy or replicating DNA would take cells billions or even trillions of times longer than they do. Researchers have long sought to mimic nature’s efficiency by creating custom enzymes that speed up sluggish industrial processes in the production of pharmaceuticals and fuels. The molecules’ complexity, however, has hampered their efforts.

Source

Il est intéressant de noter qu’après un effort considérable pour produire des séquences et calculer leur structure tridimensionnelle, le résultat ne dépassait pas 105. La solution finale est venue par l’évolution in vitro :-) Enfin, juste un amélioration de 2 102 a été obtenue.

Même si ça reste loin de ce que les enzymes naturels proposent, la technique a de l’avenir pour la production de plates-formes protéiques à améliorer par évolution in vitro, produisant ainsi des enzymes que la sélection naturelle n’a pas retenu.

Je ne vois pas clairement quel est l’avantage de se prendre la tête pour obtenir les molécules de base (en dehors du plaisir de résoudre le casse-tête qui est évident et justifie largement le travail), quand on sait que l’on peut faire évoluer des enzymes pour changer la réaction qu’ils catalysent.
Mais pas question de bouder son plaisir.

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quote in memoriam: Clarke

Free Inquiry: What are your thoughts regarding the future development of something else you’ve often written about – religion?

Arthur C. Clarke: Well, I suspect that religion is a necessary evil in the childhood of our particular species. And that’s one of the interesting things about contact with other intelligences: we could see what role, if any, religion plays in their development. I think that religion may be some random by-product of mammalian reproduction. If that’s true, would non-mammalian aliens have a religion? Anyway, that’s one of the nice things about the Search for Extraterrestrial Intelligence (SETI) project; if it is successful, we could perhaps answer such questions one day. I’ve just seen Contact, by my late friend Carl Sagan. It’s quite an impressive film that offers hints on this subject.

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le paranormal chez Jean Staune

Je pensais faire un post sur la question hier, mais j’ai été pas mal occupé.


Le document affiché sur le site de Jean est probablement le texte d’une présentation faite devant un auditoire convaincu d’avance. Il n’est vraiment pas soigné et lors de la publication chez Jean, l’effort nécessaire pour mettre les références des quelques papiers qui lui servent d’appui n’a pas été fait.

Ca commence mal, dès le titre : "Une réalité coincée entre fanatiques et lunatiques" nous dit JS, partant de l’a priori que le paranormal correspond à une réalité. Typique du discours de Jean, que d’appeler ses hypothèses des faits ou "la réalité", ici.

Ca devient pire dans la partie introductive : "Qu’est-ce que le paranormal ?", pose-t-il comme question et les réponses sont à se tordre par terre de rire.

"Comme ce nom l’indique, c’est le domaine situé au-delà du " normal ". Mais qu’est-ce qu’un fait scientifique normal ?"
Premier glissement logique, porteur de la Jean Staune Touch! et nous ne sommes qu’à la première ligne. Il n’existe aucun lien entre paranormal et faits scientifiques, Jean essaie d’en matérialiser un, deus ex machina qui va lui servir de support pour le reste de son argumentaire. Faut être convaincu d’avance (lire croyant) ou somnolant, en train de digérer un bon repas, pour passer là dessus sans tiquer. Le pivot est le mot "normal" qui est dissonant dans l’expression "fait scientifique normal", comme s’il y avait des faits scientifiques anormaux ! Mais qui veut être scientifique ? Pas Jean Staune, en tout cas, pas sur ce coup non plus.

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