La discussion est trop intéressante pour bouder mon plaisir, et en tant que watchdog (t’as fait exprès le “Oldcola est un peu le même en VF” Tim ?) j’aimerais ajouter mes quelques cents (on doit bien approcher des 10¢ là, vu la longueur).
Je ferme les commentaires ici, pour concentrer la discussion chez Tom, là ou elle a commencé.

Mais en entrée :

Pour la définition du mot “créationniste” je pense que c’est bien connu que je suis du même avis que Fabrice. C’est bel et bien un terme forgé par les théologiens catholiques pour signifier la croyance à un Dieu créateur, tel que décrit à la première phrase du credo chrétien. Il y a une pléthore de termes permettant de décrire les différentes nuances associées, autant les utiliser. All a raison quand il évoque diverses nuances de créationnisme, tort quand il considère l’ID comme “un faux nez” propre à la culture américaine, l’ID étant la version moderne de la théologie naturelle de Paley, aussi finaliste que la pensée de Theilard de Chardin, les deux largement inspirés par la philosophie aristotélicienne.

Bob pense que les propos créationnistes radicaux ne sont que l’apanage des US, ignorant les difficultés qu’a rencontré l’examen de la résolution du Conseil Européen sur les dangers du créationnisme pour l’éducation.

JF semble vouloir minimiser l’importance de la “création” pour les chrétiens, plaçant le centre du discours chrétien sur le Nouveau Testament. Une tendance des théologiens libéraux que j’apprécie particulièrement, puisqu’ils dépouillent progressivement la notion du divin de ses attributs. Il y a un gradient observable dèjà, et pour un athée des “écritures” plutôt que de la “science” comme moi, c’est un replay du chemin parcouru pour arriver au rejet de la notion du “divin”. Tant que ces discussion n’interfèrent pas avec la Science je les encourage volontiers, appréciant l’usage de la raison y compris en théologie. Mais le Pape ne semble pas penser comme JF

Arthur a raison de signaler que le débat avec les ID (et autres créationnistes j’ajoute) doit commencer par la réfutation de leurs thèses; c’est effectivement le cas qu’il s’agisse de Dembski ou de Behe ou de Denton, etc. Le problème reste que les IDiots basent l’essentiel de leur stratégie non pas au domaine scientifique, mais à celui de communication au grand public, propulsant des théories prétendument scientifiques qui ne sont pas valider par leur condisciples scientifiques, mais plutôt par leurs coreligionnaires. A mon avis il est impératif d’agir sur les deux niveaux, d’autant plus qu’ils abandonnent volontiers le domaine scientifique pour s’adresser à un public non averti qui gobe n’importe quoi.

JF pense que la théologie de l’ID est mauvaise parce qu’elle se focalise sur des points secondaires. Je ne sais pas ce qu’il considère comme des points primaires, mais si on dépouille les religions des points “secondaires” et des dieux qui les “assurent” on tombe assez rapidement sur un humanisme séculaire qui me sied à merveille. C’est la tendance des théologiens libéraux que j’aime bien.

Fabrice et Tom discutent des arguments contre-arguments présentés par Coyne, caractérisés d’old-school. Je ne pense pas que c’est Coyne que l’on doit blâmer si la discussion sent le moisi, mais les créationnistes qui évitent soigneusement de tenir compte des “nouveautés” du domaine. Pour aller à beaucoup plus moderne, quand Staune nous ressort du “Schuetzenberger” et/ou du “Perrier” en ne tenant absolument pas compte des données montrant combien les deux se trompent on observe le même phénomène d’obscurantisme puéril : je ne vois que ce qui m’arrange. Quand un petit con décrète la complexité irréductible par impuissance d’appréhender un problème, c’est son exemple qu’il faut discuter, expliquer. Pas autre chose. Ceux qui ont eu le livre de Staune entre les mains, savent combien la moindre miette, aussi abscons qu’elle soit, est exploitée pour bâtir une illusion logique qui dupe certains, pour faire naître le sentiment que la Science est en accord avec leur croyance.

VF, partant de sa propre définition du créationnisme, semble ne pas avoir rencontré des créationnistes en France, Jean Staune étant qualifié d’apparenté. Pour ma part, ce que j’entends et que je lis de la part de l’UIP est disproportionné. Réclamer “droit de cité” des approches spiritualistes en Science par exemple [...les scientifiques qui affirment, a posteriori, que les découvertes scientifiques récentes donnent droit de cité, sans les prouver, aux conceptions non-matérialistes du monde... En contexte en suivant le lien SVP]. Particulièrement dangereux à mon avis de remplacer le matérialisme méthodologique par des options philosophiques/idéologiques. J’en discute plus loin.

Fabrice, au sujet du “cas Jean Staune”, nous présente un tableau idyllique. Celui de la personne qui discute. Je pense qu’il a tort sur ce point particulier. Staune ne discute pas, il teste son argumentaire auprès de publics opposés à ses idées pour affiner sa phraséologie, pas ses idées. C’est une attitude de sophiste pur jus, et c’est mon appréciation des beaux sophismes, que je considère du domaine des casse-tête à résoudre lors d’une discussion, qui fait que je le trouve particulièrement mauvais; il ne tient pas la route, quel qu’il soit le domaine qu’il aborde. Sa science est un vernis virtuel, qui disparaît au moindre contre-argument (il fait appel à ses experts, avec des résultats parfois franchement marrants) ou s’il essaie d’argumenter par lui-même finit parfois par se contredire.

JF nous propose une vision des créationnistes qui semble assez proche de la mienne, avec un continuum entre les extrêmes : les fondamentalistes et les libéraux. Mais dans la société française, ce que j’observe avec un intérêt particulier depuis un peu plus de deux ans, les créationnistes sont adaptés pour éviter les confrontations directes, ou l’affichage clair de leurs opinions. Contrairement à VF qui semble ne jamais en rencontrer en milieu universitaire, je compte environ 15% des universitaires que je fréquente qui d’une façon ou d’une autre affichent leur croyance à une entité surnaturelle les assistant à leur vie universitaire quotidienne, y compris à la paillasse !

Où j’apprends que Tom ne m’aime pas : “Je n’aime pas l’athéisme militant et méprisant“. J’en suis, athée et militant, et je méprise l’irrationalité en sciences ou les agissements du genre “Staune”, je ne pense pas tirer de conclusion erronée.

Tim m’a comparé à un moment avec PZ, Staune avec Dawkins, j’en suis flatté, sans blagues. J’apprécie leur franc parler, qui laisse la diplomatie aux politiciens et je préfère leur compagnie à celle de Jean Staune ou de Ken Miller par exemple. Contrairement à VF je trouve qu’ils font du bien à la Science en évitant de laisser persister des zones d’ombre où la mauvaise science pourrait se développer. La seule chose que je leur reproche, c’est que leur athéisme semble être d’origine scientifique, je l’aurais préféré d’origine religieuse, comme le mien; s’ils sont des new-atheists je me sens plutôt old-atheist.

Je ne sais pas pourquoi VF pense que l’astrologie est mieux tolérée. Elle est aussi dangereuse que le créationnisme à mon avis, et pour les mêmes raisons que VF mentionne, “la suspension de l’esprit critique [et] le refus de l’évidence“.

La remarque de coincoin est intéressante : “les créationnistes se contentent maintenant de dire que la sélection naturelle et les changements de pigmentation, c’est trivial, [...] après avoir affirmé pendant des années que c’était impossible”. La même attitude est observée quant à la “création de l’univers” par le Dieu chrétien, qui passe aujourd’hui pour une question triviale, secondaire, telle que nous la présente JF. A mon sens, dans les deux cas, on tente de minimiser la portée d’un argument passé, pour ne pas se decrédibiliser.

VF nous apporte la “bonne éducation” sur le tapis. Je suis pour une discussion civilisée, mais face aux barbares elle n’est pas possible. Je trouve la bonne éducation qui consiste à “ne pas dire à un con qu’il est con” particulièrement hypocrite et nuisible. C’est du mensonge par omission déguisé en bonnes manières. Maintenant, est-ce que VF a dit à Myers ou Dawkins ce qu’il pense de leur “petit film prétentiard” ? Je n’ai pas vu ses commentaires sur l’un ou l’autre des sites des personnes concernées, peut-être un évitement de leurs réponses ?

JF touche un problème qui est peu discuté : le créationnisme des Grands Noms de la Science. Et alors ? Admettons qu’ils aient été tous créationiste. Ils n’ont pas forgé leur Nom sur la base de leur croyance ou non au surnaturel, mais sur leur travail dans un domaine scientifique. Le name-dropping cher à Staune m’amuse particulièrement; se baser sur les opinions des Nobels sur la religion est aussi pertinent que de demander à feue soeur Thérèse son avis sur les plans d’une éolienne. Quand on discute biologie les croyances de Charles Darwin, que Tom précise, ne sont pas pertinentes. Pas plus que les croyances d’Einstein quand on discute physique.

David ne comprend pas comment on qualifie de créationniste quelqu’un qui dit croire à un Dieu créateur de l’univers. J’ai certainement écrit ailleurs que ne pas le considérer comme créationniste me semble insultant, une façon de dire que quand il prononce son credo il est en train de mentir. Je n’ai certainement pas la bonne éducation que VF défend, mais je ne traite pas les gens de menteurs si je n’ai pas des bonnes raisons.

Contrairement à Yogi, je pense que le terme croyant est particulièrement utile, au moins pour faire la distinction entre dualistes et monistes, et je présente mon point de vue plus loin.

Contrairement à coincoin et autres participants à la discussion, je ne vois rien d’arrogant à l’attitude de demander des preuves à quelqu’un qui émet une supposition et qui souhaiterait que l’on se base dessus pour définir une façon d’être ou une théorie.
Et quand on en arrive à parier au sujet des théières en orbite ou des licornes roses, je parie toujours contre, jamais de pile ou face, je préfère baser mes avis sur une réflexion rationnelle plutôt que la chance. Et je ne parie que si le sujet m’intéresse bien sûr, l’agnosticisme reste toujours une option.

[Update] Avant de publier ce commentaire, un peu longuet, je regarde les nouvelles de la discussion et je tombe sur l’indignation de VF. Soit il connaît Denyse O’Leary (Tim, c’est de ta copine qu’il est question, j’espère que toi tu es ravi de ce qui lui arrive ) et il devrait être aussi, sinon plus, critique que PZ, soit il ne la connaît pas et il devrait réserver son jugement.
Le fait est, que Denyse est tellement mauvaise qu’on a facilement pitié pour elle; comparativement, même Staune a quelques qualités.
Canadian Cynic a raison, ça serait marrant que le bouquin soit triomphalement porté gagnant des trois catégories auxquelles il est nominé. Ca serait du plus comique des effets. Sans parler de son co-auteur, Mario Beauregard, qui publie ses théories au sujet de la connexion avec une présence en dehors de nous-même pendant les expériences spirituelles [Beauregard c'est un ex de la JTF, apostat vers l'ID] là ou il peut les publier, dans un bouquin grand public… Et un pote à Staune, peut-être.

Partant du dernier commentaire de JF, il y a un point qui mérite éclaircissement, la comparaison des assertions “être créationniste” et “être scientifique”. C’est vrai que l’on ne joue pas tout à fait sur le même terrain.

“être créationniste” nous renseigne sur l’acceptation du surnaturel par la personne qualifiée de tel, de même que “être croyant” nous renseigne sur l’acceptation sans preuves d’une “vérité/connaissance révélée”. Le surnaturel n’est pas forcement un dieu créateur, mais un “dieu” créateur est forcement surnaturel; sinon on tombe sur la régression infinie de “turtles all the way down” ou on fini par se rendre ridicule. Par ailleurs, accepter des “connaissances révélées” sans preuves est une attitude qui nous renseigne sur le degré de crédulité de la personne qui l’adopte.

“être scientifique” nous renseigne sur l’entraînement de la personne à faire usage du matérialisme méthodologique pour aborder la nature et si cet entraînement est exploité pour les activités professionnelles, c’est un épiphénomène; on peut être scientifique et exercer un métier sans relation directe avec l’entraînement en sciences. Ca ne nous dit rien quant à son acceptation ou non du surnaturel.

Il est donc envisageable d’avoir quelqu’un qui accepte le surnaturel (y compris créationniste donc) et qui sait se servir du matérialisme méthodologique : le scientifique croyant.

Il serait plus rigoureux de parler de surnaturalistes (dont les créationnistes) et naturalistes, ou de dualisme (matière/esprit) et monisme (matière), ou de non-matérialistes et matérialistes, dans tous les cas des options philosophiques.

Mais, et il y a deux volets à ce mais…

D’une part, les matérialistes demandent des preuves de l’existence supposée du surnaturel aux non-matérialistes, preuves que ces derniers ne peuvent apporter, et les premiers se cantonnent à considérer l’existence des dieux comme une mythologie de plus, au mieux, ou comme des mensonges éhontés, au pire. Il est facile de confondre le matérialisme philosophique (athée par excellence) avec le matérialisme méthodologique (agnostique par définition) quand c’est un scientifique qui demande ces preuves.
Et l’on entretient sciemment cette confusion, d’autant plus facilement que l’usage du matérialisme scientifique semble conduire au matérialisme philosophique relativement souvent.

D’autre part, les créationnistes à partir de l’hypothèse de l’existence d’éléments surnaturels (Dieu, anges, démons, âme, etc.) ils pensent expliquer le monde physique, qui aurait été créé par Dieu. Et ils ne se contentent pas de le penser, il se sont permis par le passé (et continuent plus ou moins activement aujourd’hui) à expliquer comment leur dieu s’en est pris.
En s’exposant bien entendu à être ridiculisés dès que l’un ou l’autre des scientifiques montre que l’explication proposée est mensongère. Pas falsifiée dans le genre d’une théorie scientifique périmée par une nouvelle dont le pouvoir explicatif est supérieur, juste mensongère. Les deux seules parades disponibles pour ne pas perdre complètement la face est de parler de “métaphores” et “paraboles”, et d’éloigner les dieux autant que possible, le dernier emplacement connu étant derrière le Big Bang, a.k.a. le “principe anthropique fort”, même s’ils permettent à leur Dieu des petites incursions, miracles ou installation de l’âme humaine. Il y en a qui voient le doigt de Dieu partout, même.

Le deuxième volet rend difficile à une “entité rationnelle” de prendre au sérieux, ou même respecter les religions, sans pour autant affecter les “croyants” au surnaturel individuellement, tant qu’ils n’adhèrent pas bec et ongles à une mythologie particulière, prétendant qu’il s’agit de “connaissance révélée”.
Le premier volet, pousse vers l’athéisme, une autre option personnelle.

Les choses resteraient tranquillement là, si les uns et les autres ne voulaient pas définir éthique, morale et gestion de la cité d’après leurs options philosophiques, qui ainsi sortent de la sphère privée et qui rentrent dans l’arène politique, avec les “autorités religieuses” affaiblies par le manque patent de pertinence de leurs “connaissance révélées” pour se forger une conduite à tenir, l’establishment scientifique jouant un rôle de plus en plus important dans la définition de la vie publique et la politique en général.

Les créationnistes sont-ils dangereux ? Si oui, en quoi ?

Et sont-ils dans la place ? [place étant l'UE en général et la France en particulier]

Si vous pensez que la prière puisse être plus efficace qu’une antibiothérapie pour guérir votre angine à streptocoques, non, les créationnistes ne sont pas dangereux.

Si vous pensez que des anges vont vous guider sur votre chemin mieux que le GPS, non ils ne sont pas dangereux.

Si vous pensez que la liberté de parole n’est pas un droit important, non, ils ne sont pas dangereux.

Il faudrait un bouquin pour expliquer en quoi ils sont dangereux, ou plusieurs plutôt, je trouve que Dawkins dans “Pour en finir avec Dieu” a recensé pas mal d’exemples, mais il est très loin d’être exhaustif. Ce que les croyances (et superstitions) font adopter comme façons de vivre me paraît terrifiant, peut-être parce que j’ai grandi dans un milieu où l’emprise des religieux sur l’état et la vie publique était un peu plus ferme que celle de l’église en France et surtout mieux affichée.

Je suis plus sensible, que d’autres, peut-être, à la limitation du droit d’expression derrière des lois, ayant grandi en dictature. C’est le cas de celles qui punissent le blasphème par exemple, qui n’est autre chose qu’une critique des croyances. Je ne conteste par le droit d’autrui à croire à n’importe quoi, mais je défend mon droit de dire qu’il croit à des conneries et de me foutre de sa gueule. De la même façon que je me fout de la gueule des astrologues ou de Behe quand il met au même niveau astrologie et science.

Contrairement à ce que Tim pense, les créationnistes sont bien installés en France et encore mieux en UE.

Les créationnistes français, en grande majorité, savent ne pas se faire remarquer, les religions ayant eu à s’adapter dans leur discours et leur action suite à la Révolution Française et la définition de la laïcité. Qu’ils soient discrets ne signifie pas qu’ils ne sont pas actifs contre le contrôle des naissances (anti-contraceptifs, anti-IVG), contre les mariages homosexuels, contre les travaux scientifiques se servant de cellules souches embryonnaires (ESC). Mais leur activité est plus larvée, plus adaptée à une société laïque.

Anti-pilule pour ne pas favoriser la propagation des IST et/ou certains cancers; même si les Papes sont plus explicites en s’opposant du haut du Vatican au contrôle des naissance et à la procréation médicalement assistée.

Anti-mariage homosexuels pour ne pas miner la base de la société, la famille

Anti-ESC pour respecter les droits de l’homme.

Nous sommes loin de la polémique ouverte, franche et sincère, proches de la diplomatie prônant la paix sociale. Les créationnistes français ne sont pas virulents, ils ont évolué vers des formes commensales, qui ne sont pas loin de devenir parasitiques à nouveau.

A quelques exceptions près, que ce soit certains intégristes religieux, ou certains businessmen qui font carrière avec la polémique autour du spirituel ou de la vente directe du spirituel.

Les créationnistes d’autres pays européens sont un peu plus virulents (et Jean Staune nous en informe en espérant que ça sera bientôt le cas en France aussi), qu’il s’agisse des polonais qu’ils ne souhaitent pas que le darwinisme soit enseigné à l’école parce qu’il s’oppose à la Bible, ou des grecs qui qualifient de prostitution le mariage civil (qui gagne clairement du terrain), ou des espagnols qui entendent revenir sur la gestion de l’état façon Franco, avec les religieux qui auraient leur mot à dire.

Souhaiter sortir de l’hypocrisie qui pourrit le discours n’est peut-être pas très diplomatique, c’est peut-être même jeter de l’huile sur le feu, mais ça permettrait de sortir des situations aberrantes actuellement en cours : on a le droit de mettre à la poubelle un embryon [IVG] mais pas l’utiliser à des fins de recherche [loi bioéthique] !

Il ne s’agit pas seulement de l’importation des american-style sur l’argent de la Templeton Foundation, mais des créationnismes primitifs qui sont à la base des créationnistes américains d’une part, des créationnismes plus récents, qui en arrivent aux émeutes et au meurtres pour des caricatures.

Je n’ai pas réagit sur la dernière partie de la présentation de la conf de Coyne que Tom nous a rapporté il y a quelque jours, pour plusieurs raisons : j’ai la tête sous l’eau et je passe mes pauses café à me relire (et il y en a besoin), mes soirées sont occupées de façon beaucoup plus agréable que les discussions sur les créationnistes et les religions, et ça ne durera que quelques jours encore, et je ne voulais pas multiplier les posts sur le sujet et je prépare une synthèse de mes 2+ années de fréquentation sur le Net de Jean Staune, notre néocréationniste local.

La tournure que la discussion prend mérite quelques remarques :

Que les moyens d’investigation scientifique se retrouvent sous la coupe de groupes d’experts du genre club spiritualiste, dont les vérités souffrent de leurs options philosophiques/religieuses, basées plus sur les révélations de leur système religieux que sur les connaissances scientifiques.

---

Il est intéressant de regarder les difficultés que le programme scolaire “éthique et culture religieuse” rencontre au Québec, à quelques mois de son implantation (septembre 2008), un programme dont la composante religieuse gêne beaucoup de monde :

Au regard de la formation en culture religieuse, le programme permettra aux élèves de :

• se familiariser avec l’héritage religieux du Québec (catholicisme et protestantisme, judaïsme, spiritualités amérindiennes);
• s’ouvrir à la diversité religieuse (islam, bouddhisme, hindouisme, etc.) et de développer, par rapport à celle-ci, des attitudes appropriées (respect, tolérance, ouverture au dialogue, etc.);
• reconnaître que des personnes puisent ailleurs que dans la religion leur conception de la vie, de la mort, de la souffrance, etc.;
• se situer de façon réfléchie au regard des religions et des nouveaux mouvements religieux.

Fichtre, le programme idéal pour rendre athée IMO .

]]> http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/15/jerry-coyne-et-reactions-face-aux-creationnistes/feed/ Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/15/loss-of-egg-yolk-genes-in-mammals-and-the-origin-of-lactation-and-placentation/ http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/15/loss-of-egg-yolk-genes-in-mammals-and-the-origin-of-lactation-and-placentation/#comments Thu, 15 May 2008 16:03:36 +0000 Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=401

Brawand D, Wahli W, Kaessmann H (200 Loss of Egg Yolk Genes in Mammals and the Origin of Lactation and Placentation. PLoS Biol 6(3): e63 doi:10.1371/journal.pbio.0060063

Embryonic development in nonmammalian vertebrates depends entirely on nutritional reserves that are predominantly derived from vitellogenin proteins and stored in egg yolk. Mammals have evolved new resources, such as lactation and placentation, to nourish their developing and early offspring. However, the evolutionary timing and molecular events associated with this major phenotypic transition are not known. By means of sensitive comparative genomics analyses and evolutionary simulations, we here show that the three ancestral vitellogenin-encoding genes were progressively lost during mammalian evolution (until around 30–70 million years ago, Mya) in all but the egg-laying monotremes, which have retained a functional vitellogenin gene. Our analyses also provide evidence that the major milk resource genes, caseins, which have similar functional properties as vitellogenins, appeared in the common mammalian ancestor ∼200–310 Mya. Together, our data are compatible with the hypothesis that the emergence of lactation in the common mammalian ancestor and the development of placentation in eutherian and marsupial mammals allowed for the gradual loss of yolk-dependent nourishment during mammalian evolution.

]]> http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/15/loss-of-egg-yolk-genes-in-mammals-and-the-origin-of-lactation-and-placentation/feed/ Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/13/priere/ http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/13/priere/#comments Tue, 13 May 2008 16:55:42 +0000 Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=400

Saigneur! Toi qui nous saignes à blanc comme des veaux de lait avec ce qui semble être une jouissance sans cesse renouvelée, Saigneur, j’ai non pas une mais plusieurs petites prières à t’adresser.

[lire la suite]

]]> http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/13/priere/feed/ Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/12/cest-pour-bientot-pensez-y/ http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/12/cest-pour-bientot-pensez-y/#comments Mon, 12 May 2008 17:00:55 +0000 Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=399

]]> http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/12/cest-pour-bientot-pensez-y/feed/ Oldcola Bloggers Unite http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/11/outline-of-the-basic-genetic-algorithm/ http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/11/outline-of-the-basic-genetic-algorithm/#comments Sun, 11 May 2008 13:34:12 +0000 Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=397

1. [Start] Generate random population of n chromosomes (suitable solutions for the problem)

2. [Fitness] Evaluate the fitness f(x) of each chromosome x in the population
3. [New population] Create a new population by repeating following steps until the new population is complete
   1. [Selection] Select two parent chromosomes from a population according to their fitness (the better fitness, the bigger chance to be selected)

   2. [Crossover] With a crossover probability cross over the parents to form a new offspring (children). If no crossover was performed, offspring is an exact copy of parents.
   3. [Mutation] With a mutation probability mutate new offspring at each locus (position in chromosome).
   4. [Accepting] Place new offspring in a new population
4. [Replace] Use new generated population for a further run of algorithm
5. [Test] If the end condition is satisfied, stop, and return the best solution in current population
6. [Loop] Go to [Fitness]

Primer, et un post fort intéressant de Dave Thomas, sur Panda’s Thumb : Target? TARGET? We don’t need no stinkin’ Target!.

]]> http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/11/outline-of-the-basic-genetic-algorithm/feed/ Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/10/froid-dans-le-dos/ http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/10/froid-dans-le-dos/#comments Sat, 10 May 2008 19:01:20 +0000 Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=396

C’est des trucs comme ça qui me font froid dans le dos !

Putain de merde, le mec est vraiment flippant :

Vraiment.

t il faudrait commander un gros paquet de points Godwin pur lui livrer.

]]> http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/10/froid-dans-le-dos/feed/ Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/10/harun-yahya-en-taule/ http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/10/harun-yahya-en-taule/#comments Sat, 10 May 2008 18:29:49 +0000 Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=395

Adnan Oktar, alias Harun Yahya en taule ?

Ca se fête ça !

Mais il va faire appel. Dommage ! Il devrait vivre son martyr

]]> http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/10/harun-yahya-en-taule/feed/ Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/10/feeding-and-gloating-for-more-the-challenge-of-the-new-creationism/ http://coffeeandsci.wordpress.com/2008/05/10/feeding-and-gloating-for-more-the-challenge-of-the-new-creationism/#comments Sat, 10 May 2008 18:08:14 +0000 Oldcola http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=394

Pour réchauffer un peu le dos de Tom ou les esprits, allez savoir, je reprends, pour discuter, une partie de son compte rendu sur la conférence de Jerry Coyne (dont j’ai piqué le titre c’est que j’aime ce “New Creationism” qu’il y a mis):

Coyne a alors explicité les fondements de la théorie de l’évolution :

1. les espèces animales ont évolué dans le passé,
2. les changements évolutifs sont graduels,
3. une espèce peut se séparer en deux espèces, dans un processus appelé spéciation. On en tire surtout la notion d’ancêtre commun
4. la cause principale de fixation des caractères est la sélection naturelle, qui est la seule force entraînant l’adaptation.

J’avoue avoir ressenti un petit froid dans le dos à l’énoncé de ses 4 points : cela me paraît très old-style comme vision. Autant le point 1 est incontestable, autant les autres me semblent assez discutable. Le point 2 est à mon avis potentiellement faux : un changement évolutif est par nature discret, puisqu’il est au minimum un changement dans une base d’ADN, ce qui peut tout d’un coup changer la fonction d’une protéine. Je ne suis pas sûr que les bactéries acquièrent une résistance de façon continue. Le point 3 est à moitié faux : la spéciation peut-être un processus très continu; ainsi a-t-on démontré que la lignée humaine s’est hybridée pendant longtemps avec les chimpanzés. Le point 4 est aussi à moitié faux : la dérive génétique peut tout aussi efficacement fixer les allèles, je pense qu’il ne faut pas non plus négliger l’avantage des mutations neutres pour explorer l’expace des possibles.

Je ne sais pas si c’est old-style comme vision, mais si c’est le cas elle a la peau dure et des bonnes raisons de persister.

Avant d’aller plus loin, je reprends la définition de l’évolution et de la sélection naturelle proposé par Ernst Mayr :

Evolution is :

Change in allele frequency over time.

Dans ce contexte, la définition de la Sélection Naturelle est :

Nonrandom elimination of alleles.

L’histoire de l’évolution biologique (1) ne semble pas poser de problème à Tom, au moins pas directement, mais on voit des traces un peu plus loin. J’y reviendrai donc.

Il y a une nette tendance à considérer que mutation est synonyme d’évolution, ce qui semble poser problème à Tom, quant au point (2). Les mutations sont effectivement des éléments discrets. Certaines pouvant avoir des effets pleïotropes, pouvant changer plus que la fonction d’une protéine (même si des mutations ponctuelles ne soient pas souvent si puissantes). Mais la production d’un nouvel allèle par mutation, n’est pas suffisante pour faire évoluer quoi que ce soit. Il faut encore que l’allèle diffuse dans la population au cours du temps (des générations). Les changements évolutifs sont graduels. Ca ne se passe pas d’un coup d’un seul. Ce sont les populations qui évoluent, pas les individus, il faut du temps pour le changement de la fréquence des allèles. Ce n’est pas à un physicien que j’expliquerais la diffusion.

Ainsi, pour le cas de la résistance des bactéries à un antibiotique, même si une cellule bactérienne acquière par mutation ponctuelle un certain degré de résistance suffisant pour être un caractère que l’antibiotique sélectionnera, ce caractère n’apparaît pas instantanément dans toute la population, mais diffusera d’une part à la descendance, d’autre part, éventuellement, par transfert horizontal de l’allèle en question.

Pour le point (3), soit le propos de Coyne n’est pas rapporté clairement, soit le problème que pose Tom n’en est pas un. La spéciation est un processus lent, et même avec la définition étroite de barrière de flux génétique entre deux espèces, les populations qui éventuellement donneront deux espèces différentes dans l’avenir, peuvent continuer à échanger leur gènes dans la mesure ou leurs préférences sexuelles, et leurs écotopes, ne soient pas des barrière en soi. Et je ne pense pas que la lignée humaine se soit hybridée avec les chimpanzés, je dirais que les ancêtres des deux espèces se sont amusés ensemble.
Le même type de mélanges est encore aujourd’hui observé entre Pan troglodytes [plus connu comme chimpanzé] et Pan paniscus [plus connu comme bonobo], qui en milieu naturel ne se croisent pas, mais n’hésite pas à se faire des gros câlins fertiles en zoo. Ici se pose le problème de la définition des espèces, qui souffre parfois de l’utilisation de critères morphologiques, éthologiques et géographiques : c’est le cas pour la définition de ces deux espèces de Pan. De quoi énerver
Le fait est, que la spéciation, lente et pas nécessairement directionnelle (en fonction du temps), fini toujours à un moment ou un autre par donner des espèces distinctes, quels que soient les critères de distinction qu’on applique (définition de l’espèce). Si ce n’est pas le cas c’est que le processus a changé de direction fondamentalement avant qu’on puisse le qualifier de processus de spéciation définitivement.

Mieux on connaît l’histoire de l’évolution (1), mieux on apprécie le caractère graduel de l’évolution (2) et la complexité de la spéciation (3).

La dérive génétique (4), ne fixe pas les allèles. Ce sont justement des allèles à la dérive, qui ne subissent pas de sélection, et dont la fréquence varie de façon accidentelle. En dehors de l’accident du genre “la météorite a efface de la biosphère la population porteuse de l’allèle machin”, qui est un accident au sens des accidents de la route, il y a des accidents plus discrets, plus biologiques; du genre “l’allèle à la dérive s’est trouvé génétiquement lié à un allèle subissant une sélection (positive ou négative) forte”, qui aboutira à la dissémination ou la disparition du dit allèle, par le biais de la sélection naturelle, mais pas directe (je profite pour le clin d’oeil de circonstance à Mendel et Morgan). Juste pour garder en esprit qu’un des moteurs qui agit est la recombinaison (je suis un peu triste qu’on ne la mentionne pas un peu plus souvent, c’est un mécanisme très amusant).

Avant de conclure, je note ci-dessous un extrait de “On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life” de Charlie :

If such do occur, can we doubt (remembering that many more individuals are born than can possibly survive) that individuals having any advantage, however slight, over others, would have the best chance of surviving and of procreating their kind? On the other hand, we may feel sure that any variation in the least degree injurious would be rigidly destroyed. This preservation of favourable variations and the rejection of injurious variations, I call Natural Selection. Variations neither useful nor injurious would not be affected by natural selection, and would be left a fluctuating element, as perhaps we see in the species called polymorphic.

[source]

C’est juste pour faire ressortir la dernière phrase, parce que souvent dans l’esprit des gens (en général, pas de Tom en particulier), ce que l’on a plus tard appelé “dérive génétique” ne fait pas partie de la façon dont Darwin envisageait les choses et se sentent obligés de rappeler aux biologistes qu’il ne faut pas négliger les mutations neutres. Elles ne sont pas négligées par les biologistes, juste par la sélection naturelle

A ce point j’espère avoir réchauffé le dos de Tom

Et pour réchauffer un peu les esprits, j’aimerais bien savoir ce qu’un avantage des mutations neutres pourrait être ! Une mutation est soit neutre, soit elle est avantageuse ou désavantageuse.
Et même les mutations dites silentieuses, c’est à dire n’altérant pas la structure primaire des protéines, le codon résultant codant pour le même aminoacide, ne sont pas neutres vraiment, l’efficacité de traduction étant affectée par la disponibilité des aminoacyl-tRNAs. C’est pour dire que je cherche encore une mutation absolument neutre, absolument signifiant qu’elle ne présente aucun avantage ou désavantage, quel que soit l’ensemble des critères sélectifs appliqués.

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désillusions

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