You said one thing wrong, therefore everything you ever said is also wrong
Et dire que l’on a l’exemple de mecs qui sont des détecteurs de non sens…

Axis of evil: Discovery Institute + Harun Yahya
Sans blague ! Ressemble à JTF & UIP IMO

Sympathy

Autocensure ! Viens de virer un lien pour lequel je voulais être négativement critique. On ne peut pas courir derrière toutes les inepties à la fois.

Say Amen!

Randi Testing Reindeer Aerodynamics
Raining reindeers !

J’ai une idée lumineuse ce matin en pensant à cette histoire de thymidylate synthase : d’habitude Jean Staune ne sais pas de quoi il parle !

OK, elle n’est pas si lumineuse que ça mon idée, je sais déjà que Jean ne sait pas de quoi il parle (surtout en biolo). Donc j’ai refait ma recherche de thymidylate synthase, mais cette fois en ayant décoché la limitation aux mammifères. Et hop !

ThyX a fait son apparition sur mon écran. Il y a bel et bien deux thymidylate synthases, qui sont deux enzymes complètement différentes et qui sont les catalyseurs de deux réactions différentes¹ partageant un produit final commun, le dTMP. La ThyX n’est connue que dans un seul eucaryote^{1 et figure liée} ni le rat, ni la souris. L’invité de l’UIP aurait-il fait une découverte qu’il a oublié de consigné dans les bases de données ? Peut-être, peut-être pas. Peut-être pas est plus probable.

Je laisse le bénéfice du doute à J-F Moreel et la responsabilité du contenu du TNBI à son auteur, le Jean Staune. Salut Jean encore et encore du non-sens… t’en as pas ras le cul de raconter n’importe quoi ?

Roles of ES Cell-Derived Gliogenic Neural Stem/Progenitor Cells in Functional Recovery after Spinal Cord Injury.

Gentaro Kumagai, Yohei Okada, Junichi Yamane, Narihito Nagoshi, Kazuya Kitamura, Masahiko Mukaino, Osahiko Tsuji, Kanehiro Fujiyoshi, Hiroyuki Katoh, Seiji Okada, Shinsuke Shibata, Yumi Matsuzaki, Satoshi Toh, Yoshiaki Toyama, Masaya Nakamura, Hideyuki Okano

PLoS ONE 4(11): e7706. doi:10.1371/journal.pone.0007706

Transplantation of neural stem/progenitor cells (NS/PCs) following the sub-acute phase of spinal cord injury (SCI) has been shown to promote functional recovery in rodent models. However, the types of cells most effective for treating SCI have not been clarified. Taking advantage of our recently established neurosphere-based culture system of ES cell-derived NS/PCs, in which primary neurospheres (PNS) and passaged secondary neurospheres (SNS) exhibit neurogenic and gliogenic potentials, respectively, here we examined the distinct effects of transplanting neurogenic and gliogenic NS/PCs on the functional recovery of a mouse model of SCI. ES cell-derived PNS and SNS transplanted 9 days after contusive injury at the Th10 level exhibited neurogenic and gliogenic differentiation tendencies, respectively, similar to those seen in vitro. Interestingly, transplantation of the gliogenic SNS, but not the neurogenic PNS, promoted axonal growth, remyelination, and angiogenesis, and resulted in significant locomotor functional recovery after SCI. These findings suggest that gliogenic NS/PCs are effective for promoting the recovery from SCI, and provide essential insight into the mechanisms through which cellular transplantation leads to functional improvement after SCI.

Quelque chose me dit que je devrais aller au ciné :

Amenabar se pare d’un budget de blockbuster hollywoodien pour réfléchir sur les dérives religieuses contemporaines. Moins un péplum qu’un pensum théologique, le résultat est aussi surprenant que passionnant et confirme l’incroyable maturité d’Alejandro Amenabar et de son co-scénariste Mateo Gil. Plus que jamais deux auteurs à suivre…

via à voir|lire

la souris possède la forme A, alors que le rat possède la forme X.

Update 9.11.09 12:56: j’ai les deux thyA et thyX, des enzymes vraiment différents Je me garde ça pour la soirée.

En fait la question bizarre qui a suscité le post sur les thymidilate synthases, est due à Jean Staune est une des histoires qu’il raconte dans le TNBI.

Il semblerait qu’il y a deux formes de thymidilate synthase (je n’en ai trouvé qu’une seule, l’autre est apocryphe ou elle a un autre nom).

Le fait est que rat, souris et homme partagent la même thymidilate synthase et elles sont suffisamment homologues pour que les délires statistiques de Jean s’apparentent à ceux de John Joe McFadden.

Là où ça se corse est qu’il y a pire ! la triptophane [sic] ! Aha ! Là il nous a eu Jean. La tri•pro•pha•ne ! La triptophane qui effectue elle aussi une synthèse importante…
On peut supposer qu’il s’agit de la tryptophane synthase qui existerait sous deux formes A et B. L’enzyme est en fait un tétramère α₂β₂, les chaînes α convertissant l’indole 3-glycérophosphate en indole et glycéraldéhyde 3-phosphate à la suite de quoi les sous-unités β condensent l’indole à une sérine pour produire du tryptophane. Le tetramère est un catalyseur bien plus efficace que les chaînes séparées.

J’espère que l’invité de JS à l’UIP n’a pas confondu les deux types de chaînes pour deux enzymes catalysant la même réaction…

Enfin, ça restera un deux mystères. SVP, tant qu’à m’envoyer des photos du TNBI pour me convaincre que vous ne souffrez pas d’hallucinations, ou pour poser une question, envoyez moi des scans de bonne qualité; je finirai par avoir une version électronique du TNBI

NewsFocus signé par Elisabeth Culotta dans le dernier numéro de Science.

To Charles Darwin, the origin of religious belief was no mystery. “As soon as the important faculties of the imagination, won- der, and curiosity, together with some power of reasoning, had become partially devel- oped, man would naturally crave to under- stand what was passing around him, and would have vaguely speculated on his own existence,” he wrote in The Descent of Man.

Le vrai mystère n’est pas tant comment les religions ont apparu mais comment elles peuvent persister.

Petit moment d’hilarité en lisant au sujet de Vénus de Hohle Fels :

The “Venus of Hohle Fels” illustrates the difficulties of interpreting such ancient objects: Conard, who discovered it, considers the 6-centimeter figure of a headless woman with huge breasts and carefully carved genitalia to be a religious fertility object, while archaeologist Paul Mellars of the University of Cambridge has called it “paleo-porn.”

Je ne vois pas d’incompatibilité entre une déité de la fertilité et le porno, plusieurs déités du genre ayant bénéficié d’esclaves prostituées (pas nécessairement acquises au marché des esclaves) pour que le clergé se remplisse les poches tandis que les fidèles se vidaient les bourses¹.
D’ailleurs encore aujourd’hui les religions s’intéressent beaucoup trop aux questions du sex, précisant comment pratiquer pour éviter le pêcher, qui et quand on a le droit de pratiquer, sans oublier la récompense des martyrs pour l’islam qui sont sensés arriver direct au Paradis pour profiter des vierges qui leur sont réservées !

Sans oublier l’association fréquente entre prêtrise et pédophilie…

1 pas un mot au sujet du phallus de Hohle Fels (voir là et là

Je viens de recevoir une des plus inhabituelles requêtes de blogpost que j’ai eu jusqu’à présent et sur un ton absolument mystérieux. On me demande de comparer les thymidilate synthases du rat et de la souris !

La personne qui me pose la colle ne sait pas se servir des outils de comparaisons de séquences, ne saurait probablement pas où aller les chercher, elle n’a rien à voir avec le sujet !

Mystère et boule de gomme que cet intérêt soudain, qu’elle promet d’éclaircir dès que j’aurais fait le boulot.

Autant pour faire plaisir à une amie que pour savoir de quoi il retourne…

EDL37259.1 thymidylate synthase, isoform CRA_a [Mus musculus]

EDL90969.1 thymidylate synthase [Rattus norvegicus]

EAX01716.1 thymidylate synthetase, isoform CRA_a [Homo sapiens]

EDL37259  1    SLTTLLPDCSVMLVVGSELQSDAQQLSAEA------PRHGELQYLRQVEHILRCGFKKEDRTGTGTLSVFGMQARYSLRD  74
EDL90969  1    -----------MLVEGSELQSGAQQPRTEA------PQHGELQYLRQVEHIMRCGFKKEDRTGTGTLSVFGMQARYSLRD  63
EAX01716  1    -----------MPVAGSELPRRPLPPAAQERDAEPRPPHGELQYLGQIQHILRCGVRKDDRTGTGTLSVFGMQARYSLRD  69

EDL37259  75   EFPLLTTKRVFWKGVLEELLWFIKGSTNAKELSSKGVRIWDANGSRDFLDSLGFSARQEGDLGPVYGFQWRHFGAEYKDM  154
EDL90969  64   EFPLLTTKRVFWKGVLEELLWFIKGSTNAKELSSKGVRIWDANGSRDFLDSLGFSARQEGDLGPVYGFQWRHFGADYKDM  143
EAX01716  70   EFPLLTTKRVFWKGVLEELLWFIKGSTNAKELSSKGVKIWDANGSRDFLDSLGFSTREEGDLGPVYGFQWRHFGAEYRDM  149

EDL37259  155  DSDYSGQGVDQLQKVIDTIKTNPDDRRIIMCAWNPKDLPLMALPPCHALCQFYVVNGELSCQLYQRSGDMGLGVPFNIAS  234
EDL90969  144  DSDYSGQGVDQLQKVIDTIKTNPDDRRIIMCAWNPKDLPLMALPPCHALCQFYVVNGELSCQLYQRSGDMGLGVPFNIAS  223
EAX01716  150  ESD----------------------------------LPLMALPPCHALCQFYVVNSELSCQLYQRSGDMGLGVPFNIAS  195

EDL37259  235  YALLTYMIAHITGLQPGDFVHTLGDAHIYLNHIEPLKIQLQREPRPFPKLKILRKVETIDDFKVEDFQIEGYNPHPTIKM  314
EDL90969  224  YALLTYMIAHITGLQPGDFVHTLGDAHIYLNHIEPLKIQLQREPRPFPKLRILRKVETIDDFKVEDFQIEGYNPHPTIKM  303
EAX01716  196  YALLTYMIAHITGLKPGDFIHTLGDAHIYLNHIEPLKIQLQREPRPFPKLRILRKVEKIDDFKAEDFQIEGYNPHPTIKM  275

EDL37259  315  EMAV  318
EDL90969  304  EMAV  307
EAX01716  276  EMAV  279

La comparaison a été faite avec Cobalt et j’ai ajouté l’isoforme a de la TS humaine, juste pour faire beau.

Voilà, heureuse ?

Je vous propose de découvrir Coffee Creations, art created using only espresso (ce qui n’est pas le gaspillage qu’on aurait pu soupçonner) et Karen qui est la gaspilleuse.
HT Marilyn Terrell

Il n’est pas mauvais de définir quelques termes avant de commencer une discussion sur un sujet qui semble être en équilibre métastable et prêt de partir en vrille. C’est aussi l’occasion pour poser les bases pour dénoncer des pratiques pour le moins douteuses de certains, et des points de vue qui ne sont pas aussi explicitement exposés qu’on pourrait le souhaiter.

Les trois termes que j’ai choisi pour ce post sont tous à base de téléo-, du grec tέλος, fin.

Je commence par téléomatique, qui est une francisation du terme teleomatic, contraction de téléo- et automatique. On considère un processus comme étant téléomatique quand son résultat peut être prédit en utilisant une ou plusieurs lois naturelles. L’attraction de deux objets massiques est un exemple type qui fait intervenir une loi physique, la combustion de quelques bûches dans la cheminée en est un autre. Les prédictions dans le cadre premier exemple seront plus précises que dans le cadre du second, où la qualité des bûches et de la cheminée influencent le résultat final qui sera composé de cendres, charbon de bois et éventuellement de bois non brulé. Ce deuxième exemple est pris pour faire jouer un peu les chimistes, parce qu’il y a gavé de physiciens qui jouent et un peu de biodiversité ne ferait pas mal, et pour changer de l’exemple des trois corps en interaction gravitationnelle, mais en rappelant que même les processus téléomatiques peuvent avoir des comportements qui empêchent de définir de façon précise leur point final, ou même l’évolution du système au cours du temps.

Abordons téléonomique, dont l’utilisation semble avoir été popularisée en pays francophones par Jacques Monod, et qui désigne des processus qui font intervenir une quantité d’information contenue par l’un des objets considérés, exemple le développement d’un zygote placé dans des conditions adéquates. Ici l’information contenue par l’objet est son matériel génétique et le matériel contenu par le zygote au temps t₀ (disons le moment de fusion des noyaux des deux gamètes, ou le moment de pénétration du spermatozoïde dans l’ovule, peu importe). La mention des conditions adéquates fait référence au fait qu’un zygote de mammifère, par exemple, dans un tube à essai n’a aucune chance de se développer, il faut qu’il soit implanté dans un utérus, naturel pour l’instant. Le développement est le résultat de l’expression du génome du zygote avec son environnement. J’ai choisi cet exemple parce qu’il permet de faire des prédictions raisonnables. On peut prédire qu’un zygote de dauphin donnera dans la majorité des cas un dauphin, probablement jamais un hérisson, mais dans quelques cas son développement avortera soit à cause de causes externes, soit internes, ou aboutira à un animal qui ressemble beaucoup à aux dauphins parentaux, mais sera suffisamment différent pour qu’une spéciation soit amorcée, ce qui limite nos prédictions. Il faudrait connaître de façon détaillée la composition du zygote ET maîtriser parfaitement l’environnement, pour améliorer nos chances de faire des prédictions correctes. Il est intéressant de noter ici que les processus téléonomiques sont un enchaînement de processus téléomatiques, enchaînement déterminé par l’exploitation de l’information portée par l’un des objets, ce qui laisse les processus téléonomiques dans le cadre strict des lois naturelles.

Faisons la pause pour nous intéresser aux pommes, qu’elles soient celles d’Israelchivili ou celles de Staune.

La chute qui intéresse le physicien est un processus téléonomique. Elle le reste téléonomique pour le biologiste, le contenu génique de la pomme n’étant pas un facteur déterminant pour la chute et le biologiste n’aura que faire si l’objet en chute est une pomme, une poire ou une noix de coco ou un hérisson. Le point de vue du biologiste commencera à diverger de celui du physicien quand l’expression du génome de l’objet considéré jouera un rôle dans le processus étudié, ce qui n’est pas le cas de la chute.

C’est au moment où le physicien devient incompétent en tant que tel et commence à revendiquer une interdisciplinarité qui ne caractérise ni Israelchivili (pour la part inter-, et sur l’exemple précis), ni Staune (pour la part -disciplinarité, et en général), que l’on passe d’un processus téléomatique (aussi complexe qu’il soit) à un processus téléonomique.
Ce passage n’est pas bien entendu restreint aux objets biologiques et le physicien quitte son domaine de compétences strict en abordant d’autres disciplines que la biologie, par exemple l’informatique ( ce n’est pas parce que l’on utilise un ordinateur que l’on fait de l’informatique, comme le pense la secrétaire du labo).

Suivant le type d’information porté par l’objet considéré et le programme qui permet son exploitation, et la connaissance que nous en avons, l’état final, ou l’état à un certain moment, du système sera prévisible avec plus ou moins de précision. Un programme qui additionne 1+1 donnera le plus souvent la réponse 2, sauf si un événement imprévisible produise une erreur interférant avec le déroulement du programme. Nous avons bêtement tendance à penser les systèmes informatiques exemptes d’erreurs, grâce aux efforts des ingénieurs informaticiens qui testent et double testent les résultats avec des algorithmes de vérification subtils (et IMO parfois sublimes) et corrigent celles qu’ils arrivent à identifier, et en dépit des efforts des équipes de Bill Gates dont l’écran bleu de la mort a été un pense-bête fabuleux de la faillibilité des systèmes informatiques.

Mais même en dehors des erreurs, le résultat de l’exécution d’un programme ne sera pas prévisible si l’algorithme utilisé inclut des portions aléatoires (stochastiques) qui déterminent le résultat.

On a tendance à penser à ceux des programmes dont le résultat est prévisible, leur structure étant téléologique.

Téléologique est utilisé pour décrire un processus dont le déroulement et le résultat ont été dessinés par une intelligence qui poursuit un objectif. C’est le cas du programmeur qui a implanté le programme d’addition qui donne (quasi) invariablement le réponse 2 à l’entrée 1+1. C’est le cas d’un artilleur qui se servira des lois naturelles (consciemment ou non, peu importe) pour expédier un projectile à une cible. C’est le cas d’un biologiste moléculaire qui utilisera une banque combinatoire de peptides pour identifier ceux ciblant un tissus pathologique dont il ignore les particularités par rapport à un tissus sain.

Téléonomique a été bâti comme néologisme en opposition à téléologique, pour signifier justement que dans un processus il y a absence d’interaction de la part d’un agent extérieur au dit processus ayant un objectif à atteindre. Les exemples téléologiques par excellence sont ceux liés aux attitudes religieuses qui a un moment ou un autre finissent par attribuer l’issue d’un processus quelconque, téléomatique, ou téléonomique, à une intentionnalité supra-naturelle, l’infame le fameux : God-did-it.

Revenons au commentaire de Xochipilli.

Honnêtement il n’y avait aucune arrogance dans son propos et si ça a donné cette impression, c’est mon interprétation qui en est la cause.

Honnêtement ? Ta traduction Xochipilli a balayé l’arrogance du physicien qui vient expliquer un phénomène téléomatique aux pauvres biologistes du haut de son ignorance (dont je ne peut vraiment mesurer l’étendue de ce simple extrait, mais qui est évidente).

Concernant le “pan-adaptationisme”, je ne te convaincrai manifestement pas ni avec ma prose, ni avec mon billet sur les liens entre le vivant et les figures des ondes dans l’eau

Non, ce n’est pas ton billet qui me convaincrait, je ne suis pas pan-adaptationniste, à vrai dire je ne le suis plus depuis que j’ai pigé la théorie de l’évolution biologique au milieu des années ‘80. Et ce n’est certainement pas une juxtaposition de formes ressemblantes qui pourrait me convaincre, et certainement pas dans le sens que tu les présente.

Dans une approche téléonomique de l’évolution biologique, souvent celle des fondamentalistes réductionnistes que sont les biologistes moléculaires dont je suis, les contraintes diverses et variables sont prises en compte, qu’elles soient mécaniques, ou génétiques, ou autres, dès lors que l’on souhaite définir les limites du système étudié. Elles ne peuvent renseigner que ce point particulier, les limites, et certainement pas celui de l’évolution à l’intérieur de l’espace qu’elles définissent.

J’ai illustré par le passé ceci avec JeanWalker et si tu le souhaites je reprendrai le sujet de façon plus étendue ici, le fil de discussion le concernant ayant été détruit à cause de la nuissance que représentait Vincent Fleury, tenant absolument à détourner le sujet vers sa théorie.

Tu dis :

Compte tenu de la complexité des êtres vivants un horloger vraiment aveugle du vivant (le hasard) transformerait vite son atelier de montres en dépotoirs à ferrailles, à force d’essayer n’importe quelle variation dans le mécanisme de ses montres.

M’est avis que tu n’as pas lu “The Blind Watchmaker” et que tu ne comprends pas ce qu’est l’évolution biologique et comment la sélection naturelle évite de transformer l’atelier en dépotoir. Je trouve navrant à avoir à répéter les définitions, à l’occurrence pour rappeler que la sélection naturelle n’est pas aléatoire.

Tu ne le sais peut-être pas mais je ne commente plus aux blogs que Tom tient/modère, son comportement m’ayant froissé par le passé. C’est la raison pour laquelle je n’ai pas commenté sous le billet de Vran. On a beau être des fondamentalistes réductionnistes nous autres, on est quand même au courant aussi bien du caractère pléiotropique de l’expression d’un gène ou de ses allèles, comme on est au courant qu’à partir d’un génome hérité d’un ancêtre commun pas trop éloigné la probabilité d’obtenir des combinaisons phénotypiques proches est élevée.

Tu trouves intéressante la recherche des contraintes. Soit, c’est l’équivalent de trouver intéressante l’étude des facteurs de la sélection naturelle, si ce n’est que tu te limites à deux types (au moins dans ton commentaire et les billets que tu lies), les contraintes mécaniques et génétiques. Il y en a d’autres types. Et ça ne nous renseigne en rien quant aux mécanismes en oeuvre pour produire la biodiversité.

Par contre l’approche des réplicateurs égoïstes de Dawkins (gènes et mèmes) permet d’une part d’expliciter les mécanismes évolutionnaires, d’autre part de définir les facteurs de sélection (qui sont les contraintes évolutives). C’est une approche que je trouve bien plus excitante parce que pas restreinte par les compétences d’une seule (ou quelques) discipline(s).

Elle permet d’expliciter le caractère téléonomique de l’évolution biologique et son fonctionnement, sans avoir besoin de recourir à la définition des limites, qui supposent une connaissance du milieu au sein duquel le processus a lieu, ou à un agent externe au processus, du genre du dieu de Staune (qui est créationniste comme Francis Collins actuel directeur du NIH [salut Jean ]).

Je comprends que l’on puisse écrire :

Cette approche purement mécanique des formes naturelles a quelque chose de fascinant.

Expliquer la beauté du vivant par la seule puissance des lois de la physique est d’autant plus élégant qu’on a un peu tendance à se contenter de l’argument -trop facile- de la sélection naturelle.

Mais en utilisant les lois de la physique pour décrire les formes naturelles n’explique absolument pas comment elles ont évolué ET c’est un des arguments de la sélection naturelle que tu es en train de mettre en place

Lyrics below the fold

Very superstitious,

Writing’s on the wall,

Very superstitious,

Ladders bout’ to fall,

Thirteen month old baby,

Broke the lookin’ glass

Seven years of bad luck,

The good things in your past

Hey

[Chorus]

When you believe in things

That you don’t understand,

Then you suffer,

Superstition ain’t the way,

Yeh, yeh

When you believe in things

That you don’t understand,

Then you suffer,

Superstition ain’t the way,

No, no, no