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	<title>Commentaires pour Coffee and Sci(ence)</title>
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	<description>by Oldcola, notes de lectures en buvant le café</description>
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		<title>Commentaires sur thymidylate synthase (?) par par exemple &#171; Coffee and Sci(ence)</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/11/08/thymidylate-synthase/#comment-3014</link>
		<dc:creator>par exemple &#171; Coffee and Sci(ence)</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 09 Nov 2009 11:56:20 +0000</pubDate>
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		<description>[...] fait la question bizarre qui a suscité le post sur les thymidilate synthases, est due à Jean Staune est une des histoires qu&#8217;il raconte dans le [...]</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>[...] fait la question bizarre qui a suscité le post sur les thymidilate synthases, est due à Jean Staune est une des histoires qu&#8217;il raconte dans le [...]</p>
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		<title>Commentaires sur Hasard et incertitude, les défis qu’ils posent par oldcola</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/10/30/hasard-et-incertitude-les-defis-qu%e2%80%99ils-posent/#comment-3013</link>
		<dc:creator>oldcola</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 09 Nov 2009 09:44:04 +0000</pubDate>
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		<description>Salut,
j&#039;ai lu &lt;a href=&quot;http://www.iro.umontreal.ca/labs/lbit/HTML/BCM6035/notes-HTML/node10.html&quot; rel=&quot;nofollow&quot;&gt;ici&lt;/i&gt; ce qu&#039;était un recuit et je me suis rendu compte que j&#039;en faisais sans le savoir ! Je manque de vocabulaire pour ce genre de choses, mais pas d&#039;idées ;-)</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Salut,<br />
j&#8217;ai lu <a href="http://www.iro.umontreal.ca/labs/lbit/HTML/BCM6035/notes-HTML/node10.html" rel="nofollow">ici ce qu&#8217;était un recuit et je me suis rendu compte que j&#8217;en faisais sans le savoir ! Je manque de vocabulaire pour ce genre de choses, mais pas d&#8217;idées <img src='http://s.wordpress.com/wp-includes/images/smilies/icon_wink.gif' alt=';-)' class='wp-smiley' /> </a></p>
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	</item>
	<item>
		<title>Commentaires sur Espèces d&#8217;espèces en DVD, bientôt dans tous les bons lecteurs par WENTZ</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/03/03/especes-despeces-en-dvd-bientot-dans-tous-les-bons-lecteurs/#comment-3012</link>
		<dc:creator>WENTZ</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 09 Nov 2009 09:17:41 +0000</pubDate>
		<guid isPermaLink="false">http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=2217#comment-3012</guid>
		<description>Bonjour

nous aimerions connaitre les conditions de diffusion en en public (droits de projection dans un circuit non commercial ) pour une association de protection de l&#039;environnement affiliée à  FNE qui organise des  manifestations grand public de sensibilisation en Alsace 
bernard WENTZ</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Bonjour</p>
<p>nous aimerions connaitre les conditions de diffusion en en public (droits de projection dans un circuit non commercial ) pour une association de protection de l&#8217;environnement affiliée à  FNE qui organise des  manifestations grand public de sensibilisation en Alsace<br />
bernard WENTZ</p>
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	</item>
	<item>
		<title>Commentaires sur Hasard et incertitude, les défis qu’ils posent par judem</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/10/30/hasard-et-incertitude-les-defis-qu%e2%80%99ils-posent/#comment-3011</link>
		<dc:creator>judem</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 09 Nov 2009 08:54:43 +0000</pubDate>
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		<description>Faut que je balaie à l&#039;occasion ce qu&#039;il peut y avoir de pédagogique rapport à ta demande, toutes mes sources sont des sources de matheux, pas très pédagogiques ...</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Faut que je balaie à l&#8217;occasion ce qu&#8217;il peut y avoir de pédagogique rapport à ta demande, toutes mes sources sont des sources de matheux, pas très pédagogiques &#8230;</p>
]]></content:encoded>
	</item>
	<item>
		<title>Commentaires sur Israelachvili et sa boutade à la pomme vs Jean Staune et The New Book for Idiots (TNBI) par Oldcola</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/11/06/israelachvili-et-sa-boutade-a-la-pomme-vs-jean-staune-et-the-new-book-for-idiots-tnbi/#comment-3010</link>
		<dc:creator>Oldcola</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 09 Nov 2009 06:58:21 +0000</pubDate>
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		<description>Pas nécessaire d&#039;aller loin pour le créationnisme de Conway Morris Tom : &lt;a HREF=&quot;http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/02/16/simon-conway-morris-creationism/&quot; rel=&quot;nofollow&quot;&gt;là&lt;/a&gt;.

Je suis d&#039;accord avec toi, il semble bien qu&#039;il y a une différence quant à la façon dont on traite les &#039;micro&#039;-variations.
Pas question de les négliger sachant que c&#039;est justement leur accumulation graduelle qui est à la base des processus évolutionnaires, ou l&#039;impact que peut avoir une simple mutation ponctuelle &quot;bien placée&quot;.

Faire ce genre d&#039;approximations finit par donner l&#039;impression que les choses se passent &quot;d&#039;un coup, d&#039;un seul, en une seule génération&quot; ;-)</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>Pas nécessaire d&#8217;aller loin pour le créationnisme de Conway Morris Tom : <a HREF="http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/02/16/simon-conway-morris-creationism/" rel="nofollow">là</a>.</p>
<p>Je suis d&#8217;accord avec toi, il semble bien qu&#8217;il y a une différence quant à la façon dont on traite les &#8216;micro&#8217;-variations.<br />
Pas question de les négliger sachant que c&#8217;est justement leur accumulation graduelle qui est à la base des processus évolutionnaires, ou l&#8217;impact que peut avoir une simple mutation ponctuelle &#8220;bien placée&#8221;.</p>
<p>Faire ce genre d&#8217;approximations finit par donner l&#8217;impression que les choses se passent &#8220;d&#8217;un coup, d&#8217;un seul, en une seule génération&#8221; <img src='http://s.wordpress.com/wp-includes/images/smilies/icon_wink.gif' alt=';-)' class='wp-smiley' /> </p>
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	</item>
	<item>
		<title>Commentaires sur thymidylate synthase (?) par par exemple</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/11/08/thymidylate-synthase/#comment-3008</link>
		<dc:creator>par exemple</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 09 Nov 2009 00:49:48 +0000</pubDate>
		<guid isPermaLink="false">http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=3605#comment-3008</guid>
		<description>[...] fait la question bizarre qui a suscité le post sur les thymidilate synthases, est due à Jean Staune est une des histoires qu&#8217;il raconte dans le [...]</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>[...] fait la question bizarre qui a suscité le post sur les thymidilate synthases, est due à Jean Staune est une des histoires qu&#8217;il raconte dans le [...]</p>
]]></content:encoded>
	</item>
	<item>
		<title>Commentaires sur Israelachvili et sa boutade à la pomme vs Jean Staune et The New Book for Idiots (TNBI) par Tom Roud</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/11/06/israelachvili-et-sa-boutade-a-la-pomme-vs-jean-staune-et-the-new-book-for-idiots-tnbi/#comment-3007</link>
		<dc:creator>Tom Roud</dc:creator>
		<pubDate>Mon, 09 Nov 2009 00:25:06 +0000</pubDate>
		<guid isPermaLink="false">http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=3592#comment-3007</guid>
		<description>&lt;blockquote&gt;
la convergence comme résultante de contraintes surnaturelles (Conway-Morris)
&lt;/blockquote&gt;

Je peux me tromper, mais je me suis tapé son pensum, et je n&#039;ai rien lu de tel.

Quant à ton commentaire sur les approximations, il illustre bien le problème fondamental de vision épistémologique : pour comprendre la biologie, doit-on se focaliser à ce qui est commun ou à ce qui est différent entre les espèces ? Et comment définir ce qui est commun, à quel niveau ? Quand j&#039;étais petit, au lycée, j&#039;étais comme toi : j&#039;étais révolté par les &quot;approximations&quot; physiques, par le fait qu&#039;on disait qu&#039;un truc petit mais non nul était essentiellement zéro. Cela ne sonnait pas juste pour moi, mais je suis convaincu maintenant que c&#039;est une erreur, que tout modèle étant une approximation, il ne faut pas hésiter à en faire tant qu&#039;elles permettent de décrire correctement les choses.</description>
		<content:encoded><![CDATA[<blockquote><p>
la convergence comme résultante de contraintes surnaturelles (Conway-Morris)
</p></blockquote>
<p>Je peux me tromper, mais je me suis tapé son pensum, et je n&#8217;ai rien lu de tel.</p>
<p>Quant à ton commentaire sur les approximations, il illustre bien le problème fondamental de vision épistémologique : pour comprendre la biologie, doit-on se focaliser à ce qui est commun ou à ce qui est différent entre les espèces ? Et comment définir ce qui est commun, à quel niveau ? Quand j&#8217;étais petit, au lycée, j&#8217;étais comme toi : j&#8217;étais révolté par les &#8220;approximations&#8221; physiques, par le fait qu&#8217;on disait qu&#8217;un truc petit mais non nul était essentiellement zéro. Cela ne sonnait pas juste pour moi, mais je suis convaincu maintenant que c&#8217;est une erreur, que tout modèle étant une approximation, il ne faut pas hésiter à en faire tant qu&#8217;elles permettent de décrire correctement les choses.</p>
]]></content:encoded>
	</item>
	<item>
		<title>Commentaires sur God said, “Let there be coffee.” And it was good, very, very good par Tweets that mention God said, “Let there be coffee.” And it was good, very, very good « Coffee and Sci(ence) -- Topsy.com</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/11/08/god-said-%e2%80%9clet-there-be-coffee-%e2%80%9d-and-it-was-good-very-very-good/#comment-3006</link>
		<dc:creator>Tweets that mention God said, “Let there be coffee.” And it was good, very, very good « Coffee and Sci(ence) -- Topsy.com</dc:creator>
		<pubDate>Sun, 08 Nov 2009 18:43:16 +0000</pubDate>
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		<description>[...] This post was mentioned on Twitter by Antoine Vekris, Veronique. Veronique said: RT @OldCola God said, “Let there be coffee.”And it was good, very, very good: Je vous propose de découvrir Coffee Crea http://bit.ly/2BPfaU [...]</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p>[...] This post was mentioned on Twitter by Antoine Vekris, Veronique. Veronique said: RT @OldCola God said, “Let there be coffee.”And it was good, very, very good: Je vous propose de découvrir Coffee Crea <a href="http://bit.ly/2BPfaU" rel="nofollow">http://bit.ly/2BPfaU</a> [...]</p>
]]></content:encoded>
	</item>
	<item>
		<title>Commentaires sur Israelachvili et sa boutade à la pomme vs Jean Staune et The New Book for Idiots (TNBI) par Oldcola</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/11/06/israelachvili-et-sa-boutade-a-la-pomme-vs-jean-staune-et-the-new-book-for-idiots-tnbi/#comment-3005</link>
		<dc:creator>Oldcola</dc:creator>
		<pubDate>Sun, 08 Nov 2009 11:13:09 +0000</pubDate>
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		<description>:-D bien sûr que j&#039;ai entendu parler du &lt;i&gt;second degré&lt;/i&gt; et plus même. Ca ne change absolument rien au fait qu’Israelchivili se &lt;i&gt;vautre&lt;/i&gt; en faisant de l&#039;&lt;i&gt;esprit&lt;/i&gt;.
La version édulcorée que Xochipilli nous a servie, et que tu as reprise, m&#039;a franchement fait marré. La version en &lt;i&gt;live&lt;/i&gt; aussi, mais pour d&#039;autres raisons. 
La première dépeint le biologiste &lt;i&gt;ignare&lt;/i&gt; en physique, la deuxième montre le physicien &lt;i&gt;ignare&lt;/i&gt; en biologie. Les deux versions sont rigolotes : la première nous fait rire des pan-adaptationnistes, la deuxième du physicien. La première est une fiction, la deuxième une réalité. Second degré ou pas, le manque de compréhension de la biologie de la part d&#039;Israelchvili est une évidence et elle m&#039;a fait rire. Au premier degré.

&lt;blockquote&gt;&lt;blockquote&gt;L’espace des possibles est certes limité mais les possibles n’en restent pas moins infinis.&lt;/blockquote&gt;

Comprends pas.&lt;/blockquote&gt;
Voyons, un example qui n&#039;a pas grand chose à voir avec le sujet : l&#039;ensemble des pairs a un nombre infini d&#039;éléments. Ou un autre plus pertinent, avec quatre &lt;i&gt;bases&lt;/i&gt; on peut &lt;i&gt;écrire&lt;/i&gt; une infinité d&#039;organismes, façon avec 26 lettres on peut écrire une infinité de livres. Est-ce plus clair ?

Ne mets pas des mots sous mon clavier, je n&#039;ai pas dit que la forme des poissons n&#039;est pas contrainte, je dis qu&#039;elle est contrainte par la sélection naturelle et j&#039;ajoute, tant qu&#039;on y est, que je trouve ridicule l&#039;idée qu&#039;elle est contrainte par une forme archétypale platonicienne comme on essaie de nous le &quot;vendre&quot; sur la base d&#039;hypothèses créationnistes du genre BioLogos ou Intelligent Design. 
Je comprends très bien l&#039;hypothèse des archétypes qu&#039;on essaie de valoriser sous forme du principe anthropique fort. Je ne la considère pas comme une hypothèses valable si on prétend faire de la science, c&#039;est tout.
D&#039;autre part, je ne vois pas comme une contrainte l&#039;exploitation des possibilités matérielles par les organismes vivants, mais comme une levée des contraintes téléomatiques par les processus téléonomiques qui offrent une combinatoire infinie (et le mot est attentivement choisi) des processus téléomatiques. Et le tout bien naturel.

Les convergences évolutionnaires n&#039;ont rien d&#039;exceptionnel. Solutions similaires, à des problèmes similaires, obtenues à partir de gènes similaires. Aucune subtilité là.
La subtilité apparaît quand on essaie d&#039;interpréter la convergence comme résultante de contraintes surnaturelles (Conway-Morris).
Et une autre subtilité apparaît quand les comparaisons sont faites avec des &quot;approximations&quot; pour faire apparaître la similitude entre deux &lt;i&gt;solutions&lt;/i&gt; comme étant plus proches qu&#039;elles ne le sont; un des exemples est celui de la comparaison des yeux des céphalopodes et des mammifères dont la structure est effectivement très proche tant qu&#039;on n&#039;a pas remarqué l&#039;inversion rétine/vascularisation.</description>
		<content:encoded><![CDATA[<p> <img src='http://s.wordpress.com/wp-includes/images/smilies/icon_biggrin.gif' alt=':-D' class='wp-smiley' />  bien sûr que j&#8217;ai entendu parler du <i>second degré</i> et plus même. Ca ne change absolument rien au fait qu’Israelchivili se <i>vautre</i> en faisant de l&#8217;<i>esprit</i>.<br />
La version édulcorée que Xochipilli nous a servie, et que tu as reprise, m&#8217;a franchement fait marré. La version en <i>live</i> aussi, mais pour d&#8217;autres raisons.<br />
La première dépeint le biologiste <i>ignare</i> en physique, la deuxième montre le physicien <i>ignare</i> en biologie. Les deux versions sont rigolotes : la première nous fait rire des pan-adaptationnistes, la deuxième du physicien. La première est une fiction, la deuxième une réalité. Second degré ou pas, le manque de compréhension de la biologie de la part d&#8217;Israelchvili est une évidence et elle m&#8217;a fait rire. Au premier degré.</p>
<blockquote><blockquote>L’espace des possibles est certes limité mais les possibles n’en restent pas moins infinis.</p></blockquote>
<p>Comprends pas.</p></blockquote>
<p>Voyons, un example qui n&#8217;a pas grand chose à voir avec le sujet : l&#8217;ensemble des pairs a un nombre infini d&#8217;éléments. Ou un autre plus pertinent, avec quatre <i>bases</i> on peut <i>écrire</i> une infinité d&#8217;organismes, façon avec 26 lettres on peut écrire une infinité de livres. Est-ce plus clair ?</p>
<p>Ne mets pas des mots sous mon clavier, je n&#8217;ai pas dit que la forme des poissons n&#8217;est pas contrainte, je dis qu&#8217;elle est contrainte par la sélection naturelle et j&#8217;ajoute, tant qu&#8217;on y est, que je trouve ridicule l&#8217;idée qu&#8217;elle est contrainte par une forme archétypale platonicienne comme on essaie de nous le &#8220;vendre&#8221; sur la base d&#8217;hypothèses créationnistes du genre BioLogos ou Intelligent Design.<br />
Je comprends très bien l&#8217;hypothèse des archétypes qu&#8217;on essaie de valoriser sous forme du principe anthropique fort. Je ne la considère pas comme une hypothèses valable si on prétend faire de la science, c&#8217;est tout.<br />
D&#8217;autre part, je ne vois pas comme une contrainte l&#8217;exploitation des possibilités matérielles par les organismes vivants, mais comme une levée des contraintes téléomatiques par les processus téléonomiques qui offrent une combinatoire infinie (et le mot est attentivement choisi) des processus téléomatiques. Et le tout bien naturel.</p>
<p>Les convergences évolutionnaires n&#8217;ont rien d&#8217;exceptionnel. Solutions similaires, à des problèmes similaires, obtenues à partir de gènes similaires. Aucune subtilité là.<br />
La subtilité apparaît quand on essaie d&#8217;interpréter la convergence comme résultante de contraintes surnaturelles (Conway-Morris).<br />
Et une autre subtilité apparaît quand les comparaisons sont faites avec des &#8220;approximations&#8221; pour faire apparaître la similitude entre deux <i>solutions</i> comme étant plus proches qu&#8217;elles ne le sont; un des exemples est celui de la comparaison des yeux des céphalopodes et des mammifères dont la structure est effectivement très proche tant qu&#8217;on n&#8217;a pas remarqué l&#8217;inversion rétine/vascularisation.</p>
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	</item>
	<item>
		<title>Commentaires sur Israelachvili et sa boutade à la pomme vs Jean Staune et The New Book for Idiots (TNBI) par Tom Roud</title>
		<link>http://coffeeandsci.wordpress.com/2009/11/06/israelachvili-et-sa-boutade-a-la-pomme-vs-jean-staune-et-the-new-book-for-idiots-tnbi/#comment-3003</link>
		<dc:creator>Tom Roud</dc:creator>
		<pubDate>Sat, 07 Nov 2009 19:01:20 +0000</pubDate>
		<guid isPermaLink="false">http://coffeeandsci.wordpress.com/?p=3592#comment-3003</guid>
		<description>&lt;blockquote&gt;
or example if you go to a biologist and tell him about gravity making apples fall down, they will say: “I don’t see why that…
&lt;/blockquote&gt;

Franchement, tu m&#039;hallucines. Tu crois qu&#039;il faut prendre ce qu&#039;il dit *littéralement* ?  Tu as déjà entendu parler d&#039;un truc appelé  &quot;second degré&quot;  ? 

&lt;blockquote&gt;
L’espace des possibles est certes limité mais les possibles n’en restent pas moins infinis. 
&lt;/blockquote&gt;
Comprends pas.

Où ai-je dit que la sélection naturelle n&#039;a rien à voir avec les formes de poisson ? 
Quant aux crevettes, etc... c&#039;est comme je disais dans mon billet plus haut : la question n&#039;est pas de savoir s&#039;il y a plusieurs formes possibles, mais s&#039;il y en a en nombre inifini ou fini. Dire que la forme des poissions n&#039;est pas contrainte parce qu&#039;il y a des crevettes prouvent que tu n&#039;as absolument pas compris où était la question ou l&#039;hypothèse (mais bon, c&#039;est tout aussi classique) . 
C&#039;est toute la question des convergences évolutives : si le nombre des solutions est toujours infini, comment expliques-tu que des lignées indépendantes aient trouvé les mêmes solutions (depuis la photosynthèse jusqu&#039;aux animaux eusociaux) ?Mais bon, c&#039;est peut-être trop subtil à comprendre.</description>
		<content:encoded><![CDATA[<blockquote><p>
or example if you go to a biologist and tell him about gravity making apples fall down, they will say: “I don’t see why that…
</p></blockquote>
<p>Franchement, tu m&#8217;hallucines. Tu crois qu&#8217;il faut prendre ce qu&#8217;il dit *littéralement* ?  Tu as déjà entendu parler d&#8217;un truc appelé  &#8220;second degré&#8221;  ? </p>
<blockquote><p>
L’espace des possibles est certes limité mais les possibles n’en restent pas moins infinis.
</p></blockquote>
<p>Comprends pas.</p>
<p>Où ai-je dit que la sélection naturelle n&#8217;a rien à voir avec les formes de poisson ?<br />
Quant aux crevettes, etc&#8230; c&#8217;est comme je disais dans mon billet plus haut : la question n&#8217;est pas de savoir s&#8217;il y a plusieurs formes possibles, mais s&#8217;il y en a en nombre inifini ou fini. Dire que la forme des poissions n&#8217;est pas contrainte parce qu&#8217;il y a des crevettes prouvent que tu n&#8217;as absolument pas compris où était la question ou l&#8217;hypothèse (mais bon, c&#8217;est tout aussi classique) .<br />
C&#8217;est toute la question des convergences évolutives : si le nombre des solutions est toujours infini, comment expliques-tu que des lignées indépendantes aient trouvé les mêmes solutions (depuis la photosynthèse jusqu&#8217;aux animaux eusociaux) ?Mais bon, c&#8217;est peut-être trop subtil à comprendre.</p>
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