L’autre jour j’écrivais :

Je me suis intéressé aux cristaux de neige gamin. Il n’y en avait que pendant une période très limité chaque année à mon Athènes natale, mais j’étais fasciné par ces objets qui à partir d’une structure très simple, hexagonale, présentent une telle variété et dans la grande majorité des cas une absence de symétrie flagrante en apparente opposition avec la première intuition qui nous fait voir des objets réguliers.

Aujourd’hui, mon frère est probablement en train de jouer avec son scanner. Il vient de m’envoyer cette photo. C’est mon grand frère

Promise ici publiée par là. Pense-bête pour Vincent Fleury.

Je déroge à mon habitude de titrer le post du titre du papier présenté, pour pointer la fonction du système décrit, la destruction d’envahisseurs moléculaires. Je me demande quel rôle il peut jouer dans la transmission horizontale de matériel génétique et la définition fonctionnelle des espèces de procaryotes. En tous cas ça renvoie à la poubelle l’idée de partage libre des gènes sans intervention de mécanismes de sélection; dommage (?).

RNA-Guided RNA Cleavage by a CRISPR RNA-Cas Protein Complex

Caryn R. Hale, Peng Zhao, Sara Olson, Michael O. Duff, Brenton R. Graveley, Lance Wells, Rebecca M. Terns, Michael P. Terns

Cell, 139, (5), 25 November 2009, p 945-956 doi:10.1016/j.cell.2009.07.040

Compelling evidence indicates that the CRISPR-Cas system protects prokaryotes from viruses and other potential genome invaders. This adaptive prokaryotic immune system arises from the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) found in prokaryotic genomes, which harbor short invader-derived sequences, and the CRISPR-associated (Cas) protein-coding genes. Here, we have identified a CRISPR-Cas effector complex that is comprised of small invader-targeting RNAs from the CRISPR loci (termed prokaryotic silencing (psi)RNAs) and the RAMP module (or Cmr) Cas proteins. The psiRNA-Cmr protein complexes cleave complementary target RNAs at a fixed distance from the 3′ end of the integral psiRNAs. In Pyrococcus furiosus, psiRNAs occur in two size forms that share a common 5′ sequence tag but have distinct 3′ ends that direct cleavage of a given target RNA at two distinct sites. Our results indicate that prokaryotes possess a unique RNA silencing system that functions by homology-dependent cleavage of invader RNAs.

Je ne pense pas qu’il plaisante le mathématicien de la mosquée, alors je n’ai pas mis le post en catégorie humour. Même s’il est rigolo

La réponse de “Q”, m’étant adressée personnellement, m’oblige à discuter son point de vue. J’ai hésité entre être incivil en n’y répondant pas et être incivil en y répondant. Me suis dit que j’allais faire un effort pour répondre en me censurant.

Q a dit…

@Oldcola

Je trouve cette vision de la religion très réductrice.

Je ne pensais pas être réducteur. Je ne pense pas qu’il y a grand chose à réduire chez les religions pour atteindre le néant. Pas grand chose à part l’arnaque intellectuelle qu’elles propagent. Je reviendrai là dessus.

Si les religions se sont occupé d’autre chose que des croyances absurdes à des entités imaginaires, il s’agit de sujets que la philosophie aborde sans besoin de recours aux dieux pour valider des points de vue particuliers. Je ne trouve aucun sujet spécifique aux religions autre que la croyance au surnaturel et le couple carotte/bâton qui vient avec pour soutenir une morale divine dogmatique qui règle jusqu’à la façon dont on devrait manger, ou baiser.

Je ne sais pas à quelle âge les français rentrent pour la première fois dans un labo pour faire des TP, mais moi j’étais en première année de lycée. Je ne pense pas comparer des pommes à des patates en disant que :

Au catéchisme on demande d’accorder foi et ânonner, au labo d’en faire l’expérience par soi-même et de rédiger son compte-rendu.

A l’école on m’a appris que l’expérience peut défaire n’importe quelle vérité chérie qu’elle contredit, en apportant la preuve qu’elle était fausse.

Je veux bien changer ceci pour m’adapter à un autre schéma de scolarité, mais ça ne change absolument pas le fait que :

Le mode de transmission de la connaissance fait appel à la crédulité dans le premier cas (religion), à l’incrédulité dans le deuxième cas (science).

Ceci reste vrai quel que soit l’âge des élèves.

Je suis ahuri que quelqu’un puisse écrire :

Finalement la science est en quelque sorte une “super religion” capable de mettre tout le monde d’accord. Mais du coup c’est aussi une religion incomplète, puisqu’elle laisse de côté les questions existentielles, l’éthique, etc.

Surtout après s’être prononcé au sujet “[d]es vérités religieuses [qui] doivent être acceptées sans preuve“, disons clairement, de façon dogmatique, et du fait que “[la science] accepte de remettre en cause ce qu’elle affirme sur la base de l’expérience“. Ahuri !

Autant dire que les pommes sont des super pommes de terre qui ont eu une ascension le long de la tige/tronc.

N’est certes pas surnaturel “ce qui ne peut pas être compris par la science” ! La science a le privilège de se limiter à ce qui est naturel, mais ceci n’implique pas l’existence d’autre chose (Salut Jean). Personnellement j’évite et de définir le surnaturel et de dire qu’il existe. Ce sont les religions qui postulent et son existence et son inaccessibilité. A ce jour je n’ai pas lu/entendu une seule explication que je trouve rationnel concernant le surnaturel.

Il faut éviter de me coller des idées au clavier. Je ne vois pas où j’aurais dit que la réalité dans son ensemble serait mathématique. Cette partie de la réponse est peut-être adressée à quelqu’un d’autre. Pour m’immiscer dans le sujet, en utilisant des termes qui me semblent plus appropriés, je prendrais position pour une explication naturaliste/matérialiste de la conscience tant qu’aucune preuve d’autre chose n’est pas apportée à la discussion.

Je n’ai jamais dit que les discussions métaphysiques seraient interdites. Elles ne m’intéressent pas moins que la mythologie ou la Science-Fiction. C’est juste que je n’accorde pas le statut de vérités aux fantasmes des uns et des autres.
Et les religions non pas seulement accordent le statut de vérités à ce qui ne semble pas être autre chose que les fantasmes de leurs fondateurs, mais en plus le statut de vérités divines, indiscutables. On peut passer son temps à discuter les qualités et propriétés d’être imaginaires : sois en jouant à Donjons & Dragons, soit en faisant de la théologie.

A la question :

Toute foi doit être confrontée à la réalité, critiquée, remise en question. Pour autant les religions (ou de manière générale la spiritualité, ou le mysticisme) doivent-elles disparaitre ?

je réponds volontiers que si elle ne doivent pas disparaître, ça serait vraiment une bonne chose qu’elles le fassent. Conserver un mode d’interprétation du monde qui s’est montré aussi inefficace à nous procurer des réponses réalistes me semble admettre qu’on souhaite vivre avec un handicap quand la cure est à disposition. Je peux comprendre ça, je suis fumeur malgré le fait que je connais pertinemment les conséquences du tabagisme.

J’en viens à un paragraphe auquel j’espérais voir réagir Jean-Michel. Comme ce n’est pas encore fait, je vais mettre mon grain de sel.

Cher Q, je suppose que tu n’as pas pris le temps d’écouter ma discussion avec Jean-Michel. Ce qui peut en partie expliquer le paragraphe suivant :

Le problème récurrent chez la plupart des “adeptes” du mouvement sceptique (ce qui n’est pas le cas de tous les scientifiques, loin s’en faut) est qu’il font un choix conceptuel métaphysique, un véritable acte de foi, en affirmant que toute vérité ne peut être que scientifique (que la science est une description potentiellement complète), mais qu’ils ignorent désespérément qu’il s’agit bien d’un choix conceptuel, et pas forcément le plus sensé (puisqu’il implique quasiment leur propre inexistence en tant que sujet conscient).

Je disais donc, que j’ai du mal à me définir comme sceptique, mais je me pense plutôt comme rationaliste. J’aborde les sujets avec le minimum de préjugés possible. Y compris quand ce que je vais lire ou entendre vient d’une personne que je sais n’avoir produit par le passé rien de substantiel, et je donnais l’exemple de Jean Staune qui pour l’instant a réussi un 100% je-suis-à-côté-de-la-plaque.

Je ne vois donc pas pourquoi tu évoques les sceptiques. Je ne vois pas non plus pourquoi tu les évoques en utilisant le terme “adepte” entre guillemets. Le terme a pris mauvaise réputation à cause des adeptes des religions et des sectes, mais je suis adepte de Jazz et de rationalisme et je vivrais mal le fait d’être qualifié “d’adepte” du Jazz ou du rationaliste. J’ai adopté ce style de musique et ce mode d’être sans les guillemets. Si j’étais sceptique je serais vexé. Heureusement je ne le suis pas.

En tant qu’adepte du rationalisme, qui n’est pas un domaine très éloigné du scepticisme, je peux dire que les “expériences intérieures” sont un sujet que j’aborde avec plus ou moins de méfiance, avec plus ou moins de crédulité, depuis que j’ai vu la première illusion optique. Quand le sujet est important (voir mon exemple au sujet des tampons hygiéniques) je fais certes l’effort d’être rationnel en l’abordant, sinon je me vautre dans l’irrationnel de l’appréciation d’un beau tableau, d’une bonne musique, d’une belle fille, d’un cigare et je n’ai aucune honte de mes côtés irrationnels et aucune envie de les brider.

Disons qu’un physicien raconte des salades à propos d’un sujet de biologie. Rien à branler. Disons que les salades du dit physicien sont utilisées comme des vérités scientifiques par un scienligieux pour soutenir ses salades à lui. Là ça m’intéresse.
Je n’ai peut-être pas été assez affirmatif en présentant le fait que l’on s’intéresse plus ou moins à un sujet suivant ses conséquences. J’en remets une couche.

Est-ce que les sceptiques ignorent la singularité, comme tu l’affirmes ? S’il s’agit de la singularité de l’expérience personnelle je doute qu’ils l’ignorent. Je pense qu’ils lui accordent peu d’importance, justement à cause de ces foutues illusions, optiques, acoustiques, tactiles, etc. Je lui accorde peu d’importance et quand le sujet est important en dehors de moi-même je l’ignore systématiquement.

Tiens, pour clore sur une note colorée, une singularité tricolore, choisi parmi d’autres sur le site d’Akiyoshi Kitaoka, dont un des travaux que j’apprécie particuliérement est “Black swallowtails“

Comment ça ? Tu vois quatre couleurs ?

Il ne s’agit pas du ridicule du condamné à mort, mais le ridicule de ses bourreaux. Et devinez quoi (ou pas, suivant que vous projetez un voyage en Arabie Saoudite), ce sont des clowns superstitieux qui tuent, qui tuent là, ces jours-ci, pas au moyen âge :

Ali Sibat is not even a Saudi national. The Lebanese citizen was only visiting Saudi Arabia on pilgrimage when he was arrested in Medina last year.

A court in the city condemned him as a witch on November 9.

The only evidence presented in court was reportedly the claim he appeared regularly on Lebanese satellite issuing general advice on life and making predictions about the future.

De la part d’un pays fortement musulman on peut s’attendre à ce qu’il soit fortement superstitieux. Mais à ce point ? Quels connards !

Venez me parler de la religion de la paix et des théocraties bienveillantes, vous serez bien reçus.

How do synonymous mutations affect fitness?

Joanna L. Parmley, Laurence D. Hurst

BioEssays Volume 29 Issue 6, Pages 515 – 519 doi: 10.1002/bies.20592

While it has often been assumed that, in humans, synonymous mutations would have no effect on fitness, let alone cause disease, this position has been questioned over the last decade. There is now considerable evidence that such mutations can, for example, disrupt splicing and interfere with miRNA binding. Two recent publications suggest involvement of additional mechanisms: modification of protein abundance most probably mediated by alteration in mRNA stability and modification of protein structure and activity, probably mediated by induction of translational pausing. These case histories put a further nail into the coffin of the assumption that synonymous mutations must be neutral.

A Rapid and Economic In-House DNA Purification Method Using Glass Syringe Filters

Kim Y-C, Morrison SL

PLoS ONE 4(11): e7750. doi:10.1371/journal.pone.0007750

Background
Purity, yield, speed and cost are important considerations in plasmid purification, but it is difficult to achieve all of these at the same time. Currently, there are many protocols and kits for DNA purification, however none maximize all four considerations.

Methodology/Principal Findings
We now describe a fast, efficient and economic in-house protocol for plasmid preparation using glass syringe filters. Plasmid yield and quality as determined by enzyme digestion and transfection efficiency were equivalent to the expensive commercial kits. Importantly, the time required for purification was much less than that required using a commercial kit.

Conclusions/Significance
This method provides DNA yield and quality similar to that obtained with commercial kits, but is more rapid and less costly.

Jean-Michel a lancé sa série de questions hebdomadaires. Ma proposition n’était pas sans arrière pensée, c’est une extension de son interview, où le dernier point (un dernier mot à ajouter ?) espère vivre le long des semaines qui viennent. Il n’y a rien de plus révélateur de la personnalité de quelqu’un que les question qu’il se pose et pose à son entourage, surtout quand il se trouve en dehors d’un cadre particulier.

La première des questions me ravit :

Est-ce qu’il est possible (philosophiquement parlant) de fondamentalement différencier le concept de foi du concept de crédulité, ou bien est-ce qu’il s’agit en réalité exactement de la même chose mais qui est valorisé dans un contexte (la religion) et dévalorisé dans un autre (la science)?

Je poste ici ma réponse, mais je ferme les commentaires pour que la discussion se passe sur Scepticisme Scientifique.

J’aime bien partir des définitions simples, du genre que l’on trouve dans le dictionnaire, quand je

commence à réfléchir à un sujet. Je ne ferai pas exception pour celui-ci.

Foi : croyance (croire) aux vérités de la religion.

Crédulité : facilité de croire (croyance) sur un fondement très léger.

La composante commune est la “croyance”, dans le premier cas restreinte dans un domaine particulier impliquant le surnaturel, dans le deuxième sans spécification de domaine mais accordée trop facilement.

La crédulité est une mesure, qui de 0 à 1, pour incrédule à extrêmement crédule, varie de façon continue. Quelqu’un d’incrédule face à une question particulière réclamera non pas seulement des assertions, mais aussi des faits accessibles pour croire.

Dans certains milieux, comme le milieu scientifique, les faits accessibles aux pairs (et le pair n’est pas reconnu par son diplôme mais par sa compétence), juges de leur véracité, sont systématiquement et implicitement requis; l’incrédulité est de mise, les propos de chacun sont scrutés.

Dans d’autres milieux, comme le milieu religieux, les faits sont inaccessibles, personne n’est apte à tester la véracité du propos religieux, autrement qu’en s’auto-proclament compétent, le plus souvent sous couvert de révélation divine. On ne trouvera pas de crédulité zéro parmi les croyants en religion, ils s’agit des athées qui adoptent cette posture.

Les croyants religieux sont plus ou moins crédules face aux réalités révélées qu’on leur sert. En fait ils présentent le plus souvent un degré de crédulité suffisant pour adopter une religion et de l’incrédulité face à toutes les autres religions qu’ils auraient pu adopter ! Ca peut être pire, dans le sens où ils présentent des degrés de crédulité différents pour différentes composantes de leur religion; c’est ce comportement qui est à l’origine des sectes dont les hérésies soit sont assimilées par le clergé soit aboutissent aux schismes. L’incrédulité face à une vérité révélée, quelles que soit les raisons, préside à l’évolution des religions, voire à leur mort. La crédulité face à une vérité révélée est à l’origine des religions.

Ce dernier point pose la question de la confiance de la personne qui porte la vérité (révélée ou non – religieuse ou non) face à la quelle on exprimera ou pas de la crédulité. Le degré de crédulité qu’on exprimera étant fonction de l’importance de la dite vérité dans notre vie. Deux éléments à considérer donc, confiance au porteur et importance du fait de se tromper.

Il est très peu important pour moi de savoir si tel ou tel tampon hygiénique est le meilleur du marché actuellement. Je n’accorderai du temps à la question que si je me trouve au super-marché chargé d’en faire provision sans consignes particulières. Dans l’impossibilité de joindre l’intéressée pour connaître ses préférences (que je croirai volontiers quelles qu’elles soient), je serai enclin de poser la question à une personne compétente. Disons à une gynécologue de mes connaissance, qui connaît le sujet probablement, qui en utilise elle-même et dont je suis certain qu’elle n’a pas d’actions d’une des boîtes qui en fabriquent. Quelqu’un de compétent et désintéressé. Si je n’arrive pas à la joindre je prendrai juste un petit conditionnement qui me paraît seyant et l’intéressée se demmerdera comme une grande fille soit pour être plus précise soit pour faire ses provisions elle-même.

Pour un autre sujet, qui a de l’importance pour moi personnellement, et que j’aborderais pour la première fois, il est évident que je travaillerais la question plus à fond. Devant la question de la croyance au surnaturel, par exemple, il s’agit de se renseigner auprès de plusieurs source, essayer de recouper ce qui est dit, examiner les preuves qui sont offertes, tenir compte des intérêts de la personne qui est porteuse des renseignements, etc. Pour l’incrédule que je suis, la confiance accordée à une personne ou une institution qui ne suit pas les préceptes qu’elle professe peut être retirée dès que je m’en rends compte de l’hiatus, ce qui conduit immédiatement à augmenter le seuil qualitatif des preuves offertes, pour compenser.

Le même genre d’approche peut être appliqué à d’autres domaines : la parapsychologie (ou toute autre assertion d’un dualisme esprit/corps), l’astrologie (ou toute autre forme de divination), l’homéopathie (ou toute autre type de médecine), la physique (ou toute autre science), la publicité (ou toute autre technique de vente), etc. Tout domaine sensé porter une vérité.

La croyance à une assertion sera soit le résultat d’une expérience directe satisfaisant à certains critères, soit le résultat de la confiance accordée au porteur de l’assertion. La croyance pourra tomber dans le premier cas si une nouvelle expérience la contredit, dans le deuxième si la confiance au porteur est retirée.

Quel que soit le domaine où l’on demande d’accepter une vérité, il est fait attention pour dissocier au mieux les porteur des vérités, des vérités, pour minimiser les effets des brebis noires, présentes dans n’importe quel troupeau. Les Religions ne doivent pas être confondues avec leur clergé, la Science avec les scientifiques. La différence est subtile mais bien réelle, les vérités portées par les religions ne pouvant pas être dissociées du clergé, à commencer du prophète, les vérités portées par la science ne sont associées avec une personne particulière, elles doivent être accessibles à quiconque.

Au catéchisme on demande d’accorder foi et ânonner, au labo d’en faire l’expérience par soi-même et de rédiger son compte-rendu. Le mode de transmission de la connaissance fait appel à la crédulité (si possible totale pour éviter les hérésies) dans le premier cas, à l’incrédulité dans le deuxième cas (si possible totale, au point où on apprend à batailler pour invalider “l’hypothèse nulle”).

Ca me laisse où cette réflexion rapide ?

• A considérer croyance (foi) et crédulité comme deux entités différentes, la première dépendant du degré de la seconde.
• La crédulité étant fonction de l’importance (personnelle ou collective) du sujet vis-à-vis du quel on se positionne, le seuil étant proportionnel à l’importance qu’on lui accorde (importance qui peut être variable d’une personne à l’autre).
• Le seuil étant affecté par la confiance qu’on accorde au porteur des éléments permettant de juger, si une preuve directe n’est pas disponible (ou si l’on ne souhaite pas accorder l’effort pour l’obtenir).
• La qualité des preuves exigées varie avec l’importance du sujet considéré.

Dans l’autre sens, le degré de crédulité que l’on sollicite en présentant une vérité est fonction d’une part de nos intérêts personnels (y compris de la reconnaissance du fait qu’on a juste), d’autre part de notre capacité de proposer des preuves directes plutôt que de demander d’être cru sur parole, enfin de l’intérêt qu’on accorde à ce que la personne sollicitée accorde foi à nos dires.

24 Novembre 2009 : date anniversaire de la publication de On the origin of species by means of natural selection, or the preservation of favoured races in the struggle for life. par tonton Charles Darwin. Un siècle et demi plus tard, nous sommes bien au delà de ses points de vue sur plusieurs sujets, dont les mécanismes de transmission des caractères génétiques et d’apparition des mutations spécifiant la variabilité biologique. Nous sommes aussi au delà de l’application des principes présidant à l’évolution biologique uniquement en biologie, avec des extensions dans d’autres domaines, peut-être sur la route d’un darwinisme universel. Nous ne sommes pas au delà des neuneux qui fleurissent encore; mais il y en aura toujours d’ici 150 ans de plus.

Mais c’est jour de fête, à la mémoire de Charles Darwin, levons nos verres les amis.