#DIYbio – 2d

Je reviens brièvement sur le parallèle biologie-informatique et l’intérêt qu’il présente non pas pour le philosophe des sciences mais pour la pratiquant de la biologie, qu’il s’agisse d’un pro ou d’un amateur. Le message étant essentiellement destiné aux amateurs d’ailleurs, les pros ayant fait leur chemin déjà.

Toujours dans la série des commentaires relatifs au billet de Tom, mais concernant une extension issue des discussions IRL, qui ont été plus vives et constructives.

A trois reprises, sur la base de mon exemple de calcul massivement parallèle, la discussion a porté sur la possibilité d’utiliser des molécules biologiques pour faire du molecular computing. En fait, à chaque fois mon exemple a été traité comme particulier aux problèmes biologiques sans application dans d’autres domaines. Ce qui est vrai, mon propos étant centré sur ce que des biohackers pourraient utiliser pour leurs petits jeux (je reviendrai plus longuement sur les problèmes de sécurité de ce genre d’applications).

Je me suis donc retrouvé trois fois à présenter le molecular computing dont je faisait mention dans les commentaires, surtout celui à base d’ADN (qui est le seul que je connais) et qui discrètement mais sûrement se développe depuis une quinzaine d’années.

Enfin, il est possible que ce soit en chute actuellement, une recherche scholar.google montre un plongeon en 2009, mais l’année n’est pas finie.

Q&D-dnacomp.jpg
Il y a peut-être une opporunité pour les bricoleurs là, même si on sait que pas mal des nouvelles production sont le produit de boîtes comme Microsoft.

Un autre problème, qui concerne ma formulation en "calcul massivement parallèle". Je ne sais pas si le terme "calcul" est approprié. C’est certes du traitement d’information, là dessus je ne pense pas qu’il y aurait à discuter, mais du calcul ? Ca ne me va pas vraiment parce que ça ne me semble pas colle à la définition stricte du calcul. Si une meilleure idée vous vient en tête…

Il y aurait des avantages pas négligeables à s’intéresser à ce type de travaux bricolages, d’une part pour le rapprochement des deux communautés de hackers, les uns habitués aux computers, les autres aux molécules bio (dont les acides nucléiques), d’autre part éducatifs, pour avoir des cas non-biologiques de la façon dont on peut stocker de l’information dans des polymères linéaires, définir des codes autres que le code génétique et observer la façon dont ce type de systèmes peuvent faire du traitement d’information de façon parallèle, avec ou sans l’aide d’éléments accessoires (dont les protéines).

Faudrait voir s’il y a des DIYbio qui s’y intéressent.


Un autre point est revenu plusieurs fois sur la table. Est-ce que si on a des phénomènes d’auto-organisation qui interviennent peut-on parler de programme/programmation/déterminisme génétique.

Ma position est : oui (qui s’en serait douté :-) )

Le génome spécifie l’objet vivant. Si ce n’était pas le cas, à partir d’un ovule fécondé on pourrait obtenir n’importe quel eucaryote (plante ou animal). Même si on commence à pinailler au sujet des chloroplastes, à partir d’un ovule fécondé d’animal on pourrait s’attendre à une blatte (hexapode), un T-Rex (tétrapode), un iule (myriapode), un poulpe (céphalopode à bauplan de décapode mais octopode, ça approche ;-) ) ou un physicien (autre tétrapode). L’alternative est de revenir à la notion d’homoncule. Il y en a qui n’hésiteraient pas :-)

Toute une chiée de processus d’auto-organisation peuvent intervenir lors du développement ou de la vie d’un organisme particulier, lesquels des possibles effectivement sont utilisés est, soit génétiquement déterminé, soit générique à toutes les espèces vivantes.

Faut soigneusement éviter de mettre la charrue avant les boeufs et inverser les relations de causalité.

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