#DIYbio – 2b

Un des commentateurs chez Tom, signant vf, initiales mystérieuses que l’on ne peut essayer d’identifier sans risquer le caca nerveux [addendum heh! qu’est-ce que je disais ?], fait une remarque très intéressante :

Par conséquent, il me semble que l’analogie informatique/biologie n’a aucun sens. La raison profonde de ce “wishful thinking”, à mon avis, c’est que l’informatique, ça marche, on la domine et on en fait ce qu’on veut. On aimerait bien que tout marche aussi bien, soit aussi simple.

Pas d’analogie informatique/biologie, je suis presque d’accord avec lui; il ne s’agit pas d’analogie mais d’identité, là il ne sera pas d’accord avec moi, mais il ne reste pas moins factuel que les systèmes biologiques sont des systèmes capables de traitement d’information reçue de l’extérieur ou générée in situ.

Est-ce qu’il y a des raisons de soupçonner les biologistes de wishful thinking ?

Imaginons que l’on a a une cible biologique particulière, une cellule, vers laquelle on souhaite vectoriser une construction biologique particulière, lui injecter de l’information. On peut utiliser pour ceci un vecteur d’information génétique. Disons un virus recombinant, porteur de notre construction.

Un des problèmes majeurs consiste à faire en sorte que le virus reconnaisse les cellules cibles et les infecte spécifiquement, pour éviter les effets secondaires au maximum.

On pourrait aborder le problème de la façon suivante :

• d’abord identifier les récepteurs de surface des cellules cible qui leur sont spécifiques, récepteurs que les virus recombinants devraient cibler,
• puis étudier leur structure tridimensionnelle et les modéliser, avec toutes les variantes de changement de structure,
• puis calculer par docking des molécules protéiques que l’on pourrait utiliser pour interagir avec les récepteurs modélisés,
• puis étudier lesquels de ces peptides pourraient être greffés à la surface du virus pour altérer son tropisme sans altérer son aptitude à infecter les cellules.

C’est l’approche que j’appelle « Bon courage ! » Beaucoup d’ordinateur et de calcul dans cette approche, de l’informatique qu’il semble que l’on domine et qu’on lui fait faire ce qu’on veut.

On pourrait aborder le problème d’une autre façon :

• 1. modifier de façon aléatoire les protéines de surface du virus,
  2. sélectionner les virus qui infectent les cellules cible préférentiellement,
• répéter les étapes (1) et (2) jusqu’à ce que le préférentiellement soit transformé en spécifiquement.

C’est l’approche que j’appelle « de la paillasse ». Un point particulier. Pour la modification de façon aléatoire un peu de DNA shuffling à partir de la séquence existante, éventuellement avec un zeste de mutagenèse ponctuelle (pas nécessaire de se prendre la tête, le DNA shuffling produisant aussi des mutations ponctuelles !). Elle contient un soupçon d’informatique, pour planifier les manips de DNA shuffling et de production des virus recombinants.

Si vous êtes biologiste et que vous ne choisissez pas la deuxième approche il est possible que vous ayez pris la mauvaise voie, IMO. Vous auriez été plus heureux en informatique à faire des jolis modèles, des calculs, des simulations, etc. Très utiles, mais pas pertinents pour résoudre le problème ci-dessus.

Si vous pensez que la deuxième approche est préférable, celle de la wet biologie, ou l’n laisse le calcul aux DNA shuffling et que l’on se contente de définir le crible pour la sélection des produits qui remplissent les conditions qui nous intéressent, j’espère que vous êtes biologiste, ou sur la voie de le devenir, ou que le DIYbio vous intéresse.

Si on mettait en compétition les deux approches, laquelle gagnerait ? La deuxième bien sûr, celle où l’on maîtrise très peu le calcul mais parfaitement les techniques. Celle qui va nous donner le résultat rapidement ET certainement. Celle qui fait que le biologiste moléculaire réducteur fondamentaliste n’a strictement rien à envier à l’informaticien, son système de traitement d’information se montrant plus efficace. (bien sûr ça marche, qu’est-ce que vous croyez ?)

Wishful thinking mon cul. Résultats sur un plateau plutôt. Parce que pour définir le phénotype du virus il suffit d’avoir la bonne séquence génétique qui le détermine. Parce que pour traiter cette information les systèmes biologiques sont très efficaces. Parce que nos connaissances ne sont pas suffisantes pour traiter ces problèmes en informatique.

Il est certain que l’on domine l’informatique (notre bébé), il est certain qu’on en fait ce que l’on veut, il est également certain qu’on ne peut pas lui faire faire tout ce que l’on voudrait et que pour certains problèmes vraiment complexes, comme celui présenté ci-dessus, un calculateur massivement parallèle comme celui utilisé par l’approche « de la paillasse » est largement supérieur.

---

C’est tout à fait le genre de calculateurs que l’on peut utiliser simplement pour les approches DIYbio.