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Coffee and Sci(ence)

by Oldcola, notes de lectures en buvant le café

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casse-tête, solution ? pas, juste un hors sujet

mai 22, 2009 par Oldcola

Ah, nous avons la solution au casse-tête.

C’est bien ce que je pensais, il n’en sait rien, il suppose et il ajuste ses suppositions pour que ça colle avec son a priori.

Voyons, la réponse de Fleury :

complètement débile,
a pression atmosphérique le nombre de branches est nul (aplasie)
à (P bud-Patmosphérique) physiologique le nombre de branche est N
à DP =2x DPphysiologique le nombre de branches est 2N
c’est en gros linéaire, il y a 3 points alignés

Nous avons une nouvelle donnée, DPphysiologique ! Une inconnue plutôt dont on doit imaginer la valeur. Mais il faut aussi imaginer que dans le poumon obturé la pression est telle que DPobturé = 2xDPphysiologique :-) Ce n’est plus 3xDPphysiologique, comme Fleury présentait en 2007. C’est normal, tant qu’à imaginer une valeur autant l’ajuster au pif pour que ça colle avec l’a priori que l’on a.

Nous avons mieux, et c’est encore nouveau : “a pression atmosphérique le nombre de branches est nul (aplasie)“. Ce qui produit un troisième point et donne un nouvel éclairage au problème.

Là il y aurait une autre erreur dans Tracheal occlusion increases the rate of epithelial branching of embryonic mouse lung via the FGF10-FGFR2b-Sprouty2 pathway, Mathieu Unbekandt, Pierre-Marie del Moral, Frederic G Sala, Saverio Bellusci, David Warburton and Vincent Fleury, Mechanisms of Development Volume 125, Issues 3-4, March-April 2008, Pages 314-324 doi:10.1016/j.mod.2007.10.013, où le panel B de la figure 1 montre que chez le contrôle, la moyenne des nouvelles branches par jour n’est pas nulle :-(
Ou plutôt l’erreur est dans le dernier commentaire de Fleury.

Fig1pB.jpg

Bref,

  • DPin utero est inconnue,
  • DPex vivo, obturated est inconnue et donnée à la louche avec des valeurs différentes suivant le jour,
  • le nombre de branches du contrôle ne semble pas être zéro d’après le papier de Fleury.

    Pourquoi ne pas dire simplement qu’il n’en sait pas suffisamment pour affirmer

    However, it has been shown that many growth factors especially that of the FGF family are in fact regulated linearly by pressure [142].

    son commentaire ne fait qu’empirer la situation.

    Aussi et surtout

    Le problème du casse-tête n’a rien à voir avec le nombre de nouvelles branches. N’est-ce pas ? Ici le problème est la corrélation linéaire entre expression de Fgf10 (sans parler des autres membres de la famille FGF) et pression.

    La réponse est hors sujet en fait :-( On en aura une moins pifometrique et centrée sur la question posée, peut-être et de préférence là.

    Enfin, quand j’aurai fini avec cte, appv je récolterai (peut-être) l’avis de l’éditeur en chef d’EPS-AP, parmi les autres remarques sur ce point (et tous les autres).


  • Publié dans Interesting stuff, development | 5 commentaires

    5 réponses

    1. le juin 18, 2009 à 1:58 Vincent Fleury « Coffee and Sci(ence)

      [...] avoir répondu à côté de la plaque à deux reprises, là et là, Vincent Fleury joue la sourde oreille chez PZ [...]


    2. le juin 3, 2009 à 11:16 vf

      complètement débile

      vous confondez la pression dans la pièce autour de vous et la pression dans la région du bourgeon en développement; vous ne savez pas ce qu’est une perte de charge, dans un tuyau de quelques dizaines de microns de diamètre.

      Arrêtez, vous vous déconsidérez.


      • le juin 3, 2009 à 2:08 Oldcola

        Vous ne répondez toujours pas à la question :
        comment on arrive à affirmer une corrélation linéaire entre pression et expression de Fgf10 sans mesure de pression et avec une seule mesure de l’expression de Fgf10.

        Je ne confond rien du tout, je sais que vous n’avez pas les données qui vous permettraient de supporter votre assertion. Je sais que vous ne les avez pas, parce que vous ai entendu le dire vous même.

        Ne changez pas de sujet, nous sommes en train de discuter des publications scientifiques cette fois. Ici je ne fais que m’assurer qu’il est en effet impossible de soutenir votre assertion, avant de prendre contact avec les éditeurs des revues pour leur signaler le/les problèmes.

        Comme les commentaires sur cette question appartiennent à cteappv et qu’ils seraient préférés en anglais pour être accessibles à la communauté scientifique en général, je ferme les commentaires de ce post.

        Je le signalais à mon précédant commentaire, mais vous n’avez pas dû lire jusqu’au bout ;-)


    3. le juin 2, 2009 à 7:17 the WTF factor « Clarifying tetrapod embryogenesis, a biologist’s reply

      [...] speaking people may follow the discussion here and there, hoping for a focused [...]


    4. le mai 23, 2009 à 3:44 hors sujet « Coffee and Sci(ence)

      [...] m’indiquer où, comme je l’ai fait moi-même pour ADM et que je le fais pour Fleury. En évitant les hors-sujet autant que possible pour ne pas changer de sujet à la discussion. Les commentaires sont à leur [...]



    Les commentaires sont fermés.

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