casse-tête, suite

Je vous proposais un casse-tête il y a deux jours. Merci à ceux qui s’y sont intéressé, dans les commentaires et/ou par e-mail.

Le casse-tête reste sans solution à ce jour, et il semble qu’il faut être polytechnicien pour le résoudre.

C’est à travers deux des papier de Vincent Fleury que le problème se pose en fait.

Dans l’un d’entre eux on trouve écrit : page 32, column 2, §2:

However, it has been shown that many growth factors especially that of the FGF family are in fact regulated linearly by pressure [142].

La référence 142 est un autre papier de l’équipe de Fleury, Tracheal occlusion increases the rate of epithelial branching of embryonic mouse lung via the FGF10-FGFR2b-Sprouty2 pathway, Mathieu Unbekandt, Pierre-Marie del Moral, Frederic G Sala, Saverio Bellusci, David Warburton and Vincent Fleury, Mechanisms of Development Volume 125, Issues 3-4, March-April 2008, Pages 314-324 doi:10.1016/j.mod.2007.10.013

On a beau chercher dans cette deuxième référence d’où il sort que "les membres de la famille FGF sont linéairement régulés par la pression", on ne trouve pas.

Par contre on trouve d’autre problèmes.

Peut-être il s’est trompé de référence. Peut-être l’envie d’une auto-citation était trop forte. Peut-être il a des données non publiées et il a confondu. Peut-être il n’en sait absolument rien et qu’il fait semblant. Peut-être qu’il y a un moyen miracle pour arriver à établir une régulation linéaire de (allez savoir quoi : transcription, traduction, modification post-traductionnelle, dégradation) des FGF par la pression, sans avoir mesuré la pression. C’est lui qui dit qu’il n’ont pas fait des mesures et qu’ils extrapolent à partir du travail d’autres pour avoir une estimation de la pression (dans le poumon obturé cultivé) :

On a fait ce qu’on a pu pour mesurer la pression on n’y est pas arrivé, je vous le dit honnêtement, le tenomètre à balayage qu’on avait fait pour faire cette mesure, on n’est pas arrivé, parce que c’est tridimensionné. La mesure a été faite, à des stades plus développés, par des gens donc avec des techniques un peu plus grossières de mesure de pression mais sur des embryons plus développés, c’est un facteur trois à peu près d’augmentation de la pression, d’excès de pression au dessus de l’atmosphère, quand on fait l’occlusion. Nous acceptons que c’est un facteur trois.

[voir Présentation Vincent Fleury, Une conférence faite à l'institut Cochin téléchargeable (lien direct), même que y a l'image et le son (requiert Quicktime ou logiciel équivalent), ~47ème minute].

Ca pose d’autre questions, un facteur trois à peu près d’augmentation de la pression ? Par rapport à quoi ? Ca ne fait pas trois atmosphères quand même. Ni trois fois le différentiel de pression du témoin, qui est égale à zéro. Parce que trois fois zéro égal zéro. On pourrait compléter ce que Fleury projette :3x0.jpg dP = 3xdP0 = 0

Mais je pense que ce n’est pas ce qu’il a voulu dire ou écrire.

Peu importe d’ailleurs, on manque cruellement de données pour l’instant pour dire qu’on aurait une régulation linéaire de l’activité de plusieurs membres de la famille des FGF par la pression.

Les coordonnées de Vincent Fleury sont disponibles sur son site, pour ceux qui souhaiteraient savoir comment on fait, mais de toute façon la question est posée de façon publique. Peut-être que ça finira par rejoindre les autres Oops!

Si quelques autres remarques sur ce point vous intéressent, surtout la partie biologie liée au papier Unbekandt M et al., je vous propose la suite ici (voir addendum).

About these ads
  1. #1 par vincent fleury le mai 21, 2009 - 10:43  

    DROIT DE REPONSE
    vous avez 72 heures pour exposer ce droit de réponse.

    complètement débile,

    a pression atmosphérique le nombre de branches est nul (aplasie)

    à (P bud-Patmosphérique) physiologique le nombre de branche est N

    à DP =2x DPphysiologique le nombre de branches est 2N

    c’est en gros linéaire, il y a 3 points alignés

    compte tenu de la monstrueuse difficulté de ces expériences, de la lenteur de la croissance, et des petites valeurs de pressions, on peut accepter que c’est linéaire, surtout quand on voit ce qui se fait par ailleurs

    faites mieux et je vous tire mon chapeau

    si ce n’est pas linéaire, c’est de toute façon sous mais certainement pas en puissance élevée

    et de toute façon, ça ne change rien au formalisme, sur le fond

    Vous êtes pitoyable

    Vincent Fleury

  2. #2 par vincent fleury le mai 21, 2009 - 10:44  

    lire sous-linéaire

  3. #3 par n=3 le mai 22, 2009 - 10:03  

    Bonjour,

    compte tenu de la monstrueuse difficulté de ces expériences, de la lenteur de la croissance

    La lenteur de la croissance est constante à 48 heures n’est-ce pas ?
    Quant à la monstrueuse difficulté, 18 manips de micro-array (2 conditions, contrôle et test; 3 points, J0, J1 et J2; 3, pour triplicate – OC en abattait 14 en 3-4 jours dans le temps) auraient donné des renseignements sur 28000 gènes et vous n’auriez qu’à fournir l’ARN.

    Ceci dit, vous répondez à côté de la plaque, j’espère que vous en êtes conscient.

  4. #4 par Oldcola le mai 22, 2009 - 10:58  

    Messieurs,
    j’ai l’impression que la retraite ne vous réussit pas très bien.

    Les 28000 gènes d’abord : ce n’est pas le chip "rat" d’Affymetrix dont vous parlez ? Celui de la "souris" en présente 34000 et les manips ici sont chez la souris.
    Puis il faudrait 9 manips de microarrays, pas 18, on peut passer deux échantillons par manip, un rouge et un vert, contrôle et essai.

    Vais vous coller à l’amende, une pinte chacun.

  5. #5 par Oldcola le mai 22, 2009 - 12:27  

    Il aurait mieux valut ne pas me forcer d’afficher ce commentaire, ne pensez vous pas ?
    J’attends le commentaire concernant le sujet de ce post. De préférence pour que je puisse l’inclure dans mon courrier à EPJ AP.

    Il y a aussi d’autres points auxquels vous pourriez réagir.

  6. #6 par n=3 le mai 22, 2009 - 2:14  

    Accordées

  1. casse-tête, solution ? pas, juste un hors sujet « Coffee and Sci(ence)
  2. the WTF factor « Clarifying tetrapod embryogenesis, a biologist’s reply
  3. Vincent Fleury « Coffee and Sci(ence)
  4. the WTF factor « Blog
  5. Les fantasmes de Cameron sont sexy « Coffee and Sci(ence)

Laisser un commentaire

Entrez vos coordonnées ci-dessous ou cliquez sur une icône pour vous connecter:

Logo WordPress.com

Vous commentez à l'aide de votre compte WordPress.com. Déconnexion / Changer )

Image Twitter

Vous commentez à l'aide de votre compte Twitter. Déconnexion / Changer )

Photo Facebook

Vous commentez à l'aide de votre compte Facebook. Déconnexion / Changer )

Photo Google+

Vous commentez à l'aide de votre compte Google+. Déconnexion / Changer )

Connexion à %s

Suivre

Recevez les nouvelles publications par mail.

Rejoignez 377 autres abonnés

%d bloggers like this: