Archive pour février 2009
Creationists don’t deserve credence–especially from Forbes
Publié par Oldcola dans scienligion le février 13, 2009
Jerry Coyne s’est collé à passer un savon à Forbes pour leur hospitalité des thèses créotionnistes en concentrant son commentaire sur l’ignorance patente de Mickael Egnor (qui fait des petits, comme toutes les ignorances).
Peut-on conclure qu’il y à quelqu’un de stupide parmi la rédaction de Forbes ? C’est possible, mais le plus probable est que la rédaction joue un jeu dangereux, en se croyant malin, en attisant un problème de société basé sur l’ignorance des uns et les efforts des autres pour ne pas laisser des conneries passer vers le grand public en tant que vérités; c’est une recette qui vend du papier et autant parler d’eux, même en mal, n’est-ce pas ?
Shame on Forbes, anyway.
A Life in Science
Publié par Oldcola dans housekeeping blog le février 13, 2009
J’avais promis le lien vers la conférence de Peter Agre, “A life in Science”. Elle est disponible sur Télétoile et on m’a fait l’amitié d’un DVD.
Durée ~1h, une bière et du popcorn éventuellement. Sautez à 7:30 si vous voulez passer l’introduction.
Félicitations !
Publié par Oldcola dans housekeeping blog le février 13, 2009
J’apprends des bonnes nouvelle chez Nox.
Félicitations au docteur FabG.

Et remerciements à Nox pour l’info
Identification of common and unique modifiers of zebrafish midline bifurcation and cyclopia
Publié par Oldcola dans Uncategorized le février 12, 2009
Identification of common and unique modifiers of zebrafish midline bifurcation and cyclopia
Wuhong Pei and Benjamin Feldman
Developmental Biology Volume 326, Issue 1, 1 February 2009, Pages 201-211 doi:10.1016/j.ydbio.2008.11.008
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Publié par Oldcola dans Charles Darwin le février 12, 2009
Faisons sa fête à Darwin
Publié par Oldcola dans Charles Darwin le février 12, 2009
Timothée Poisot, Antoine Vekris*
Il y a à peine un siècle et demi, Charles Darwin, qui fêtait alors son cinquantième anniversaire, offrait à la science une belle idée : l’origine des espèces par la sélection naturelle. Une idée simple, mais puissante, issue d’une intuition géniale suite à l’observation attentive de la réalité du terrain. Si Darwin n’avait jamais fait le tour du monde pour dessiner des pinsons, s’il n’avait pas été le naturaliste passioné qu’il était, peut-être serions nous toujours en train de tatonner dans le noir pour comprendre comment la vie qui nous entoure, et dont nous faisons partie, évolue.
Elle transforma définitivement non pas seulement la relativement jeune discipline qu’était la biologie (baptisée par Lamarck) mais aussi les hommes. L’ampleur de la découverte de Darwin égale la révolution Copernicienne, dans la mesure ou c’est une des rares théories scientifiques à avoir changé notre façon de voir et de comprendre le monde. Plusieurs années après que le vieux Charles aie publié son livre, quand la communauté scientifique a commencé a prendre la mesure de l’importance de ce nouveau paradigme, il a été admis – d’après Dobzhansky — que “rien en biologie ne fait sens, si ce n’est à la lumière de l’évolution”.
Si des gens ne sont pas au courant, c’est peut-être parce qu’ils sont plongés dans le struggle for life, à se demander s’ils auront quelque chose à manger aujourd’hui, ou si quelque chose ne va pas leur tomber à travers la tronche, ou luttent contre des forces politiques qui limitent leur accès aux connaissances dangereuses 1.
Jouir du luxe de fêter ce double anniversaire (les 200 ans de la naissance du grand-père de la biologie moderne, et les 150 de sa théorie) fait de nous des privilégiés, et nous userons de ce privilège.
Papy Charles nous a légué une belle idée. Mais il est mort avant d’avoir fini le boulot et depuis 150 ans, des générations de chercheurs triment pour le compléter, des étudiants se passionnent pour ses implications, des expériences et des simulations sont lancées tous les jours pour comprendre comment ça fonctionne. Et avec ce bijou d’héritage il y a le côté obscur de la force qui nous colle aux basques. Enfin, on ne va pas se plaindre… Ou peut-être si, justement. C’est le moment de se plaindre, c’est un de nos privilèges que de pouvoir se plaindre. Usons en.
Charlie, (tu ne nous en voudras pas de t’appeller Charlie, après tout, nous sommes un peu tes descendants), l’idée de l’origine des espèces par la Sélection Naturelle est géniale. Simple et puissante. Simple au point que nous pensons qu’il faut le faire exprès pour ne pas la comprendre. Puissante parce qu’elle explique un gros paquet de l’évolution biologique. Au point que pour certains qui voient tes idées entrer en conflit avec leur dogme, elle explique (ou devrait expliquer) tout, non pas seulement en biologie, mais en tout. En Tout. Ou même plus. Ce qui leur permet de se fabriquer maintes occasions de te critiquer.
Tu as eu la prudence de dire noir sur blanc que la sélection naturelle était le moteur principal de l’évolution, mais pas le seul. TU AURAIS DU L’ECRIRE EN MAJUSCULES, MON POTE. Le créationniste moyen a la fâcheuse tendance de lire en diagonale, mettre pour lui l’emphase sur les points importants est nécessaire (c’est le boulot habituel du clergé).
Mais sans doute pensais tu que, après avoir passé des années à mûrir ton œuvre, nous aurions la descence de la lire attentivement. Certains ont dit que ta plus grande erreur a été de croire que natura non facit saltum (la nature ne fait pas de sauts); nous pensons que ta plus grande erreur a été de nous faire trop confiance. Plus de 450 pages de bouquin et pas une seule de dédiée à l’idée principale en majuscules. Certes, le titre dit l’essentiel, et il est en majuscules, mais c’est un peu court. Et puis, insister sur certains points n’aurait sans doute pas fait de mal à quelques uns de nos collègues biologistes, qui bien que disposant de tout le bagage théorique moderne, ont choisi de voir en ton travail une nouvelle religion, et ont lentement sombré dans un pan-adaptationisme déplorable. Ceux qui te font le plus de mal en terme d’image, et en terme de science, sont probablement ceux qui refusent d’aller plus loin que toi…
Et puis, entre nous, il n’est pas vraiment facile à lire ton bouquin. Certes, c’est plus fluide que ton ouvrage suivant sur L’ascendance de l’homme — qui est un saut conceptuel encore plus important2, et trop injustement oublié —, mais ça ne coule pas tout seul, loin de là. On a beau t’aimer bien, et aimer encore plus ton idée, il est impossible de ne pas bailler un coup. On sent ton angoisse d’être mal compris. Ou celle de naviguer dans des eaux profondes, sans avoir tous les éléments que tu aimerais avoir sous la main pour soutenir ta théorie. Mais tu nous gave un peu avec tes pigeons et tes clebs.
Ce n’est pas que le choix des pigeons n’était pas pertinent comme matériel de travail et on peut en souper
Pigeons can be mated for life, and this is a great convenience to the fancier, for thus many races may be kept true, though mingled in the same aviary; and this circumstance must have largely favoured the improvement and formation of new breeds. Pigeons, I may add, can be propagated in great numbers and at a very quick rate, and inferior birds may be freely rejected, as when killed they serve for food.
Tu ne peux pas imaginer les dégâts qu’a fait ton style rédactionnel. Certes, il faut être un peu versé à te lire à moitié et à te citer au tiers pour te contrer ou se servir de ton texte pour soutenir du n’importe quoi, mais apparemment tu as sous-estimé le talent de tes détracteurs, de tes contemporains aux nôtres. Il faut dire qu’il y en a beaucoup d’entre eux qui sont versés dans les discussions théologiques et/ou politiques et l’exégèse des écritures, divines ou légales.
Puis, tu nous a offert un beau mécanisme pour la spéciation : variance héritable et sélection naturelle. Mais ça fait un peu black-box non ? Et les black-box ne sont pas bien. Nous aimons les choses transparentes, à regarder à la loupe, au microscope, au microscope électronique, au microscope à force atomique; et plus dès que disponible. C’est que tu ne faisais pas ta biblio ! Avoir le papier de Mendel à ta bibliothèque et ne pas l’avoir lu ! Shame on you old chap, shame on you3. Lui aurais-tu fait un peu de pub à Grégor que l’on aurait gagné un demi-siècle et l’histoire des sciences aurait été différente.
Enfin, t’as laissé du pain sur la planche et il y en a eu d’autres qui s’y sont collés pour comprendre. Comment l’hérédité fonctionnait. Comment la variance apparaissait (il y en a encore qui pensent que Dieu joue avec les gènes; pas tout les temps, juste de temps en temps, quand il en a marre de jouer aux dès peut-être). Quel était le support de la variance et de l’hérédité. Il y en a même qui se sont intéressé à la signification de l’Univers de la Vie et de tout le reste (mais ça n’a rien de pertinent avec ton anniversaire, t’a pas 42 ans).
Est-ce que tu te rends compte des fouilles qu’il a fallu entreprendre pour aller à la recherche de tes missing links. Pour aller même jusqu’à prédire la gueule du missing link et où il fallait fouiller pour le trouver. Et les petites chansons niaiseuses pour célébrer les trouvailles.
Du jus de neurones pour redécouvrir le travail de Mendel et pour lui rendre les grâces qui lui revenaient. Et pour faire la synthèse entre la génétique et l’évolution.
C’est chose faite maintenant. Ce n’est plus de darwinisme qu’on parle, mais de néo-darwinisme. Il y a eu lifting. Il y en a qui se croient au 19ème siècle certes, mais ils ne sont pas nombreux. Ce n’est plus une black-box que nous avons entre les mains, elle est de plus en plus transparente.
C’est curieux quand même. Tes détracteurs semblent atteints de myopie proportionnelle à la clarté que l’on atteint, au fur et à mesure que les évidences deviennent de plus en plus denses. Les opticiens devraient faire des bonnes affaires.
Il semble, à en croire ceux qui ont fouillé tes notes, correspondance et écrits, que tu aurais hésité à publié ta trouvaille, tant que Wallace ne t’avait pas mis les deux pieds dans la même chaussure, en arrivant à quasiment les mêmes conclusions que toi au sujet de la sélection naturelle. Frileux des conséquences non pas pour la biologie, mais pour tout le reste. T’avais raison de craindre des réactions, mais il ne faut pas craindre les réactions tant qu’on est solidement ancré à la réalité et qu’on dispose d’arguments pour discuter.
Il y a plusieurs retombées qui ne sont pas du goût de tout le monde : t’a sorti Homo sapiens de son piédestal du plus évolué, de la couronne de la création. Il n’est même pas la dernière espèce en date. Toutes les espèces actuelles sont autant évoluées les unes que les autres.
Hérésie ! Héhé, il y a des dogmes qui se portent mal quand leurs partisans commencent à crier à l’hérésie.
Le seul problème est qu’ils sont nombreux à se croire le nombril de l’univers; ils y vont chacun de son couplet anti-Darwin. Ils ont réussi à gober le transformisme de Lamarck, se disent évolutionnistes donc, mais ils ne supportent pas d’admettre que l’évolution biologique n’a pas d’objectif particulier. Les uns parce que ça rend inutile leur déité sensée être l’Alpha et le Oméga de sa Création (avec une chiée de variantes), les autres parce qu’ils restent accrochés au Formes du Démiurge de Platon, que les êtres vivants doivent adopter, d’autres encore faisant un mélange de tout ça pour se déguiser en scientifiques qui s’interrogent devant l’irréductible complexité (prononcer : désir de rester dans l’ignorance qui leur garantirait le paradis ?) L’ami Lamarck avait décrit son transformisme, l’évolution des espèces, tranquillement, suivant un schéma qui supportait l’Auteur de toutes choses et une téléonomie considérant comme héréditaires les caractères acquis. C’était déjà révolutionnaire ! Un peu à l’envers, probablement à cause de ce besoin de conserver une place pour l’Auteur, une entité qui a des desseins.
T’as mis le sens dessus-dessous en lui substituant comme mécanisme de l’évolution la Sélection Naturelle. Elle n’a pas d’objectifs à atteindre, elle exploite juste la variance aléatoire, qu’elle conservera ou non en fonction de son degré d’adaptation aux conditions du moment. Du coup le Grand Horloger est au chômage.
Avant on ne le devinait qu’à travers son ouvrage, après il devenu inutile pour expliquer l’ouvrage; et comme on ne le voit pas par ailleurs…
Ca pousse les New Atheists à te célébrer deux fois plutôt qu’une : en tant que scientifique mais aussi en tant que libérateur d’un petit doute qui pourrait persister en regardant la diversité biologique et en se demandant comme elle a été produite.
Charles, nous levons nos verres à ton génie l’ami, à la santé de ton travail et de ton héritage, soit-il dur à porter (par moments) :
For he’s a jolly good fellow, for he’s a jolly good fellow
For he’s a jolly good fellow … and so say all of us
And so say all of us, and so say all of us
1 : il y a aussi les extra-terrestres qui viennent de débarquer; nous leur proposons de s’adresser au cercle UFOlogique le plus proche, qui leur fera leur fête à eux.
2 : c’est dans The descent of Man que Darwin introduit l’idée de sélection sexuelle, qui a été pratiquement redécouverte il y a une cinquantaine d’années !
3 : (OC) dire que j’ai plusieurs dizaines de bouquins en attente de lecture et que je risque de me faire ecraser par un tram et ne pas les lire !
* Ecrit en ping-pong, un plaisir pour moi (OC) qui n’est modéré que par l’impossibilité de trinquer avec Timothée, aujourd’hui, pour la fête de Charlie.
Happy Darwin’s birthday
Publié par Oldcola dans Charles Darwin le février 12, 2009
For he’s a jolly good fellow, for he’s a jolly good fellow
For he’s a jolly good fellow … and so say all of us
And so say all of us, and so say all of us
An Ancient Gene Network Is Co-opted for Teeth on Old and New Jaws
Publié par Oldcola dans development, evolution le février 10, 2009
An Ancient Gene Network Is Co-opted for Teeth on Old and New Jaws.
Fraser GJ, Hulsey CD, Bloomquist RF, Uyesugi K, Manley NR, et al. (2009)
PLoS Biol 7(2): e1000031 doi:10.1371/journal.pbio.1000031
Espèces d’espèces

Vu, aimé et si vous l’avez raté il y a une prochaine diffusion le Jeudi 12 février 2009 (France 5, 15h35).
Si jamais vous le ratez encore… eh bien, je l’ai enregistré
Réalisé par Denis van Waerebeke avec la collaboration de Vincent Gaullier

Espèce d’Espèces nous donne une vision renouvelée de l’arbre du vivant, permettant de préciser nos liens de parenté (parfois
surprenants) avec les autres espèces vivantes. Il permet ainsi de visualiser de façon claire et ludique l’état de la science du vivant aujourd’hui.
De l’étude de l’évolution du monde vivant, aux amusantes inventions de la nature, nous comprenons enfin les termes et les enjeux des débats qui secouent le monde scientifique à propos de l’apparition de la vie sur terre et de son évolution.
Avec le concours de Ex nihilo, France 5, Arte, CNRS et du MNHN
[source]
Oh ! le MNHN et le CNRS y ont participé ! Ah, je me demande, est-ce que Anne Dambricourt-Malassé et Vincent Fleury sont de la fête ? (je suis moqueur par moments)
Va falloir attendre le Lundi 09 février 2009 (France 5, 20h35) pour le savoir. Une deuxième diffusion prévue pour le Jeudi 12 février 2009 (France 5, 15h35)
HT à aredius, dont le message a failli rester dans les spams, va falloir que je relâche la sécurité un peu, faut par perdre des perles pour éviter quelques merdes.
Avis général quand même, essayez le mail si vous avez des belles choses comme celle-ci à me proposer.





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