je suis lourd, certes

Il y a des moments (qui peuvent durer des mois) où je pars dans une idée et j’oublie qu’en prenant du recul on peut avoir une vue d’ensemble plus gratifiante. Et je tombe dans le même travers que je reproche à d’autres, de se promener avec des oeillères.

Le gag dans le cas présent, qui mérite d’être sur un blog qui cause de science de temps en temps, est que j’ai adopté les oeillères de mon interlocuteur en discutant avec lui. Ce n’est pas glorieux mais c’est comme ça.

Comme ça vient de faire tilt je profite pour commenter une assertion qui date du 9-01-2007 :

L’influence de l’environnement sur le développement de UN animal est égal à ZERO, et l’influence sur les mutations est égale à ZERO. ZERO fois ZERO= ZERO. 

Si le fil de discussion n’était pas fermé et si je n’avais pas quitté le forum en général, j’aurais couru pour y poster. En suivant le lien vous la trouverez en contexte. Pour ne pas penser que malgré l’emphase ce n’était qu’un moment de faiblesse, vous en aurez confirmation ici du même point de vue (ou ici d’ailleurs).

Mon problème a été de m’embringuer dans une discussion qui tournait autour non pas simplement des facteurs physiques, mais plus spécifiquement mécaniques. Et à chaque fois que je pensais physique les oeillères mécanique et mécanique des fluides me limitaient la vue.

En crachant mon café (dont la derrière gorgée est venue avec une espèce d’héxapode qui a pris mon mug pour une piscine chauffée) tout en frottant mon genoux que j’avais cogné dans ma précipitation vers l’évier, les oeillères ont bougé. Je laisserai aux psy ou aux cognitivistes qui passent par là le soin de tenter d’expliquer pourquoi cela a abouti à ceci (ne pas négliger les deux heures passées sur JoVE) : “mais t’es con ! les mutants thermosensibles par la barbe de Charles !!!1! lol rofl“, puis je me suis calmé. Ou, comment montrer simplement que l’environnement influence le développement d’un individu de façon différentielle, suivant les allèles (mutations) qu’il porte En évitant les facteurs “chimiques”

Pourquoi la “température” et les “thermosesibles” ne me sont pas immédiatement venus à l’esprit en lisant la citation ci-dessus ? Parce que je pensais “mécanique”.

Quelques clics plus loin, muni d’une tasse de café frais, j’étais en train de lire :

Rumi Is a CAP10 Domain Glycosyltransferase that Modifies Notch and Is Required for Notch Signaling
Melih Acar, Hamed Jafar-Nejad, Hideyuki Takeuchi, Akhila Rajan, Dafina Ibrani, Nadia A. Rana, Hongling Pan, Robert S. Haltiwanger, Hugo J. Bellen
Cell, Volume 132, Issue 2, 25 January 2008, Pages 247-258

 

Notch signaling is broadly used to regulate cell-fate decisions. We have identified a gene, rumi, with a temperature-sensitive Notch phenotype. At 28°C–30°C, rumi clones exhibit a full-blown loss of Notch signaling in all tissues tested. However, at 18°C only a mild Notch phenotype is evident. In vivo analyses reveal that the target of Rumi is the extracellular domain of Notch. Notch accumulates intracellularly and at the cell membrane of rumi cells but fails to be properly cleaved, despite normal binding to Delta. Rumi is an endoplasmic reticulum-retained protein with a highly conserved CAP10 domain. Our studies show that Rumi is a protein O-glucosyltransferase, capable of adding glucose to serine residues in Notch EGF repeats with the consensus C1-X-S-X-P-C2 sequence. These data indicate that by O-glucosylating Notch in the ER, Rumi regulates its folding and/or trafficking and allows signaling at the cell membrane. 

Après avoir satisfait ma curiosité au sujet de Notch (qui a à faire avec mon nouveau pote VEGF), j’ai cherché le plus vieux pdf accessible sur le Net qui présente des mutants thermosensibles et le mieux que je peux proposer pour l’instant est :

Recherches sur le role de la temperature dans la realisation du phenotype chez des embryons de l’Amphibien Pleurodeles waltlii homozygotes pour la mutation thermosensible ac (ascite caudale)
Par MARIA FERNANDEZ et JEAN-CLAUDE BEETSCHEN
J. Embryol. exp. Morph. Vol. 34, 1, pp. 221-252, 1975

 

1. At the feeding stage (st. 38), a high percentage (79 %) of Pleurodeles homozygous ac/ac larvae show bent tails after a persistent ascitic blister in the dorsal part of the fin, when embryonic development occurred at 12°C; about only 25 % of them are affected by abdominal and pericardic ascites; about 40 % can feed and survive. The larval phenotype is very different when embryonic development occurred at 23 °C, in which case tail growth appears to be normal, but 95 % larvae die, due to ascitic fluid collection in the abdominal and heart regions, marked anaemia and microcephaly.
2. The exchange of posterior neural plates and dorso-lateral epidermis between normal and mutant neurulae has shown that the localization of the blister in the dorsal fin is not dependent on autonomous properties of the mutant dorsal tissues, but should be considered as resulting from general disturbances in the mutant organism.
3. Experiments were performed, involving a temperature shift from 12 to 23°C or 23 to 12°C, occurring at various developmental stages from the end of gastrulation (stage 13) to the stage of spontaneous embryonic muscle contractions (stage 26). When the temperature shift was applied after the end of neurulation (stage 21), the caudal phenotype was statistically similar to that of larvae which had been bred continuously at the first temperature. Thus temperature-sensitive phases can be characterized between neurula stages 15 and 18 (for a 12-23° shift) or 15 and 21 (for a 23-12° shift). Similarly, abdominal ascites can be induced when embryos are kept at 23 °C till stage 23 (early tail-bud) only, and occurs much less frequently when embryos are kept at 12°C till stage 23 and then transferred to 23°C.
4. It could be concluded from these experiments that the caudal mutant phenotype is already temperature-determined during neurulation, before stage 21. Nevertheless, double temperature-shift experiments showed that the second shift could modify the results which would be obtained if the first shift only occurred. Paradoxical results were obtained, more than 90 % of the tail phenotypes being of the ‘warm type’ when the embryos were first kept at 12°C, then shifted up to 23 °C between stages 22 and 26, and shifted down again to 12°C. Such a treatment markedly lowers the percentage of bent tails (‘cold type’) from the percentage which would occur if acjac embryos were constantly kept at 23 °C after stage 21, but this longer warm treatment is of no effect of itself as compared to the case when the whole development occurs at 12°C (bent tails are predominant in this latter case). Thus, whereas the early determination of the position of the caudal blister can be considered as a stable phenomenon under given temperature conditions, it is not irreversible.
5. As compared to cold-bred larvae, thrice as many completely anaemic larvae (66 %) were obtained from ac/ac embryos kept at 23 °C between stages 21 and 26; this offers an opportunity for the experimental study of this anaemia.
6. Implications of these results for further analysis of temperature-sensitive mutations in cold-blooded vertebrates are suggested. 

Bien entendu il y a eu plein de travaux avant et après ceux là. Avec la disponibilité des knockout et des knockdown l’utilisation des mutants thermosensibles est devenue un peu désuète, mais elle persiste toujours, surtout pour l’étude des mutants spontanés.

Nous avons ainsi disponible une chiée d’exemples où un facteur environnemental, physique, la température ambiante, influence le développement individuel en fonction de leur génotype; dans le dernier cas présenté, porter où non à l’état homozygote un allèle récessif (ac), affecte en partie la morphologie, le phénotype, et plus important, la viabilité.

 

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J’en tire au moins trois enseignements :

éviter les oeillères de son interlocuteur quand on essaie de lui montrer qu’il en porte,

persévérer, quite à être traité de lourd, les biais peuvent disparaître à des moments inattendus et lointains dans le temps,

regarder s’il n’y a pas un invité dans son mug avant de boire. 

A mon avis, n’importe quelle construction intellectuelle, que ce soit une simple hypothèse, une hypothèse de travail, ou une théorie, ayant comme élément de base la citation ci-dessus, se heurtant à une réfutation aussi flagrante, devrait être retirée de la circulation et entièrement revue pour intégrer, si possible, l’influence de facteurs environnementaux sur le développement des individus en fonction de leur génotype.

Tout d’un coup je me sens plus léger.