Tom avait laissé un commentaire et j’ai failli commencé à répondre avant que je ne vois pas le deuxième, qui demandait de l’éliminer. J’ai fait comme il demandait. Dommage.
En le relisant, je me dis que je pourrais clarifier certains points, qui semblent avoir souffert du nettoyage massif que j’ai fait avant de poster, pour ne pas être trop offensif.
Ainsi, en disant
Woese a dû oublier que ses ancêtres ont bossé dur pour changer le monde vivant sans toujours avoir envie de le comprendre, trop habitué à trouver son steack sans être obligé de le chasser. Tom aussi.
Je ne parle pas des objectifs de la biologie, mais des objectifs des sociétés humaines indépendantes de la Science. Je pourrais en rajouter en rappelant les applications pratiques tout droit sortis de l’activité de quelqu’un que Woese semble apprécier particulièrement, parmi d’autres, Pasteur.
Au sujet de
Il y a une tendance à récolter le maximum de données avant de commencer à proposer des modèles. Chaque élément de connaissance ainsi accumulé fait partie de ce que les modèles doivent intégrer, expliquer, avant qu’ils commencent à être sérieusement examinés.
je ne prône pas un réductionnisme qui se focaliserait sur les éléments uniquement. Pour sortir un peu du domaine de la biologie, je préfère et de loin les modèles de prédictions météorologiques à petits voxels d’aujourd’hui, qui travaillent à partir d’un peu plus de données que ceux d’il y a 20 ans, qui étaient comment dire, unpeu moins intéressants pour programmer son WE.
De toute façon, un modèle à la noix même pas foutu de décrire proprement l’objet sensé être modélisé, du genre je décris un sandwich quand il s’agit d’une tartine ,’est pas le genre de visions qui pourraient être intéressantes, n’est-ce pas ?
Je parlais aussi du besoin d’aide
Et il faut pour la maîtrise de cette masse d’information et sa transformation en modèles utiles pour progresser en termes de compréhension des mécanismes en jeu dans le sujet traité, des compétences externes. Par exemple de celles que l’on trouve dans un département de physique.
Il semble que le données disponibles soient un vrai boxon. Ca s’arrange peu à peu. Et il faut faire avec ce qu’on a en essayant de l’améliorer. Plutôt que de rester sur l’idée que c’est le bordel il faut essayer de proposer de les ordonner, comment les ordonner pour qu’elles soeint mieux exploitées.
Au sujet de
Ce qu’il ne semble pas prendre en compte est que les biologistes n’ont pas ses préoccupations à lui en tête, mais plutôt celles de leur sujet. Que ce soit un gène, une voie de signalisation ou métabolique, les équilibres d’un écosystème, la somitogenèse, la gastrulation, une maladie, une approche thérapeutique, ou autre, ils n’ont absolument rien à branler de ce que Machin veut faire.
une précision. J’ai proposé des systèmes de complexité diverse. J’ai évité d’y ajouter les divers sujets de la biologie des systèmes ou de la biologie synthétique qui me préoccupent pas mal même quand je traîne avec des jolies jeunes filles. Parce que leur statut de vision globale de la biologie est débattu.
Il semble que dans la tête de Tom la préexistence des modèles est nécessaire pour modéliser une situation. Il n’en est rien, les modélisation habituellement suivent les observations. Il n’y a pas un placard de modèles d’où on sort ceux qui collent le mieux avec les observations. On peut certes partir d’un modèle existant et l’adapter, mais on peut aussi bien en produire un de novo pour expliquer une situation donnée. Sachant qu’il est modifiable, améliorable et qu’il pourrait par la suite servir à autre chose.
Que je me répète pour que ce soit clair
Du boulot fourni de la part de ces réductionnistes fondamentalistes de biologistes moléculaires, sans qui les théoriciens auraient pu se carrer leur modèle là ou je pense, avec les autres, les modèles qui ont échoué, à commencer par le plus ancien de tous, God did it.
Je n’ai rien contre les théoriciens et/ou les modélisateurs en général. Par contre j’en ai plein cotre certains théoriciens modélisateurs du dimanche, du genre de ceux qui ne savent pas de quoi ils parlent par exemple, ou de ceux qui voient midi à leur porte, essayant de casser tout et n’importe quoi dans leur domaine de compétences. Je n’ai pas mentionné Newman et Weijer au hasard. Newman est le genre de physiciens qui a une approche réaliste du problème qu’il traite et qui a trouvé associé en physiologie du développement; ils semblent bosser à partir de données et non pas d’observations méditatives de leur chat et quand ils parlent de quelque chose ils arrivent de le montrer et de le modéliser plutôt pas mal.
Si on peut trouver outrancier mon propos, que dire de ceux de certains physiciens dont Tom semble apprécier la contribution en biologie ?
Et maintenant : vive le vin 
