Il semble qu’on soit d’accord sur un point que je vais exprimer de façon un peu plus colorée : “Biologie de merde au début, modèle à chier à la fin”. Quels que soient les outils qui soient utilisés pur bâtir le modèle.
Personne ne met en doute les besoins pour des outils venant de tout horizon pour les biologistes.
Les “grosses cartes” à la Davidson ont un avantage que tu sous-estimes. Hier on en avait pas, aujourd’hui elles sont là. Les premiers pas sont faits, la voie est ouverte, les améliorations vont venir. Les limites sont posées dans l’article et leur formulation reprise par Hood. Clairement.
Je ne crie pas au génie (seulement), je crie à la bonne science surtout. Celle qui commence par clairement annoncer les limites de son investigation, donne le détail de sa réflexion, teste expérimentalement ses modèles in extenso, avant de présenter quoi que ce soit.
Les détails s’accumuleront dessus que ce soit l’influence des variations génétiques des protagonistes, ou de l’environnement (génique, chimique, physique), ou des caractéristiques biochimiques.

Quand à l’évolution dynamique du système, qui est “mise à la main”, je suis bien aise. Elle est basée sur des observations, sur la connaissance aussi précise que possible techniquement du système, plutôt que des suppositions; sa modélisation n’en sera que meilleure. Sur la base des données disponibles elle n’est pas possible, il manquent des éléments, par exemple les constantes d’association/dissociation des facteurs de transcription à leurs séquence cibles. Tiens, voici une des choses que l’on ne connais pas encore et qu’il faudra aller regarder de près. Avant de s’asseoir pour modéliser plus finement. Franchement, ce n’est pas un théoricien qui ira chercher les données, n’est-ce pas ?

Tu voudrais mettre sur le tapis ce que l’on ne sait pas.
Dans ma pratique c’est du presque quotidien. Ca sert à poser des nouvelles questions, de programmer la façon de les aborder, de monter l’environnement nécessaire pour, de récolter les données, de les modéliser, de tester la validité du modèle etc. Je ne vois pas sur quel autre tapis tu voudrais mettre ce que l’on ne sais pas, qui ne peut être formulé que sous forme de question. Et encore moins “ce qu’on ne sait pas qu’on ne sait pas” qui est un ensemble vide, qui nous laisserait juste avec le tapis. Personnellement je ne joue pas sur un tapis vide. Choix personnel, critiquable peut-être, mais je ne changerai pas d’option, sinon je pense que ce qui me guetterait serait de partir sur des délires à la Mickael Denton.

“Je ne savais pas que les hystérésis étaient un outil théorique. A mon souvenir elles ont été d’abord observées et puis modélisées. Mauvais souvenir ?
Il en va de même des systèmes bistables. Mauvais souvenir ?”

Je n’en sais rien, il faudrait faire un peu d’histoire des sciences des systèmes dynamiques, ce qui est sûr c’est que c’est bien antérieur à la systems biology, et que ce sont biens les concepts théoriques qui ont été appliqués à la biologie. Et je ne m’avancerais pas trop à ta place sur l’antériorité théorie/expérience en général : Poincaré avait prévu théoriquement le chaos bien avant qu’il soit observé .

Sinon, c’est comme tout, tout est une question d’équilibre.

“Les approches informatiques sophistiquées auraient pu rester au stade du développement des jeux vidéo.”

Je ne suis pas vraiment sûr qu’on en soit si éloigné aujourd’hui à vrai dire quand il s’agit des grosses cartes à la Davidson.

Une critique personnelle : le temps est complètement absent, la dynamique est mise à la main. Rien que ça montre qu’il faut des théoriciens pour faire le tri et voir si la description biologique est auto-cohérente. Elle ne l’est sans aucun doute pas, je peux t’assurer pour avoir travaillé dessus que même des réseaux hypers bien décrits type segmentation de la drosophile ont des lacunes. Le problème de ce genre d’approche de mon point de vue, c’est qu’on a tendance à se focaliser sur ce que l’on sait en criant au génire et à mettre sous le tapis ce qu’on ne sait pas (ou, ce qui est particulièrement agaçant dans ces polémiques, ce qu’on ne sait pas qu’on ne sait pas).

Je n’ai pas écris et je ne sous-entends pas que la “théorie” est de la branlette intellectuelle ! Certaines théories le sont par contre.

Si tu penses que le travail de Davidson commence avec des outils théoriques je te propose de te plonger dans la définition des interactions protéine/protéine et proteines/DNA qui caractérisent les complexes de régulation d’expression des gènes. Là, se trouve le début de la chose. Et c’est ça la “good biology” que Hood mentionne. Si les outils théoriques disponibles ne sont pas applicables à une situation donnée ils ne sont d’aucune utilité.

Je ne savais pas que les hystérésis étaient un outil théorique. A mon souvenir elles ont été d’abord observées et puis modélisées. Mauvais souvenir ?
Il en va de même des systèmes bistables. Mauvais souvenir ?
Pour la bifurcation de Hopf rien à dire, je ne sais même pas ce que c’est Ainsi effectivement, je ne la reconnaîtrais certainement pas, même si je l’avais en pleine figure.

Je pense que “dans le vide” que tu évoques n’était pas si vide que ça. Vide de biologie peut-être, mais plein de résultats expérimentaux quand même. Non ?

Pour revenir à la phrase de Hood.
Essayer d’isoler les gènes participant aux GRN sans une solide connaissance des facteurs de transcription et des séquences régulatrices (good biologie) n’aurait aucun sens.
Les approches informatiques sophistiquées auraient pu rester au stade du développement des jeux vidéo 3D.
Et une fois la théorie mise en place, la vérification est obligatoire. On ne s’en va pas publier des modèles bidon qui ne respectent même pas la description de l’objet étudié.
Ou alors un jour ou l’autre on se retrouve devant des papiers comme celui d’Oliveri et al et on regrette (si on s’en rend compte) d’avoir négligé le déterminisme génétique.

Tu dois le savoir, mais je vais le répéter quand même : la biologie emploie des techniques de tous les domaines qui en produisent. Tous. Ca aurait été étonnant que des physiciens théoriciens n’y soient pas impliqués.
Mon hebdomadaire est fait d’interactions avec des chimistes du solide, des polyméristes, de physiciens, d’informaticiens et d’ici quelques semaines j’y ajouterai des électroniciens. So what?

Pourquoi cette phrase agace-t-elle ? Parce que justement elles
sous-entend que la théorie est de la “branlette intellectuelle” comme tu dis. Penser cela, c’est assez insultant pour les théoriciens. Poutant, pour donner un exemple concret, ce n’est pas un hasard si tout le domaine de la systems biology et de la biologie synthétique est rempli d’anciens physiciens théoriciens : c’est parce qu’ils sont les seuls à avoir le background théorique pour reconnaître et caractériser une bifurcation de Hopf, un système bistable, une hystérèse, … tout un tas de choses qui sont très importantes pour comprendre ce qu’est un système dynamique mais que les biologistes n’ont jamais regardé car ils ne savent même pas ce que c’est.
Davidson lui-même n’aurait rien fait sur les GRN sans des outils théoriques développés “dans le vide” bien avant la “good biology”.