Synthetic biology

Je suis fan de Biologie Synthétique. Si je démarrais dans le métier j’aurais laissé toutes les autres options pour m’intéresser à ce domaine. Peut-être pas chez Creg Venter, quoique j’aime beaucoup le mec et son approche des sujets.

J’étais en train de relire le billet de Timothée en me disant qu’une des vertus de Venter est qu’il horripile les gens. Une qualité majeure à mon avis. S’il en horripile certains il intéresse forcement d’autres et c’est ce deuxième pan qui est sa cible probablement. Assembler les moyens nécessaire pour réaliser ses projets. Il a fait ses preuves et il ne semble pas être au bout des surprises qu’il nous prépare.

Néanmoins Venter est loin de représenter la biologie synthétique à lui tout seul. Il y a d’autres efforts qui sont aussi intéressants que de bâtir de novo un organisme synthétique. iGEm est un des exemples que je suis de près depuis ses débuts. En 2007 j’ai vu partir en fumée une de mes idée pour un roman de science-fiction, par la réalisation de l’équipe de Slovénie. Ce n’est plus de la science-fiction, juste de la science.

Il y a des efforts académiques qui sont loin du génie génétique de papa. La différence majeure est le développement de nouvelles fonctions. Il ne s’agit pas simplement de réutiliser ou juste améliorer les existantes, mais d’en construire des nouvelles. Ce qui justifie un nouveau nom de discipline, dont le génie génétique n’est qu’un des outils.

Ainsi, Virotrap, en dehors de la livraison de 77 Biobricks, propose une nouvelle fonction, qui protège les cellules qui la possèdent des infections par le HIV et peut être adaptée à d’autres types viraux dans l’avenir. De quoi envisager une thérapie génique pour les personnes HIV séropositives. (ce qui place les bénéfices potentiels issus de la biologie synthétique à un niveau différent des OGM ou des SyntheticCells confinés).

Quels sont les autres outils de la biologie synthétique. L’évolution in vitro. Nous ne sommes pas encore capables de dessiner des molécules de façon efficace, malgré le progrès immense que le domaine a fait. Un petit coup d’évolution in vitro rend les intelligent designers des laboratoires plus compétitifs. Au point de se demander si ça vaut pas la peine de s’en servir dès le début pour résoudre certains problèmes.

La biologie des systèmes (quel que soit la définition fonctionnelle qu’on lui donne) est un autre des outils de la biologie synthétique. Et en sera probablement la principale bénéficiaire. En dehors des Biobricks, la possibilité de disposer de voies métaboliques complètes à greffer sur un organisme synthétique sera la prochaine étape à franchir. Moins spectaculaire que la conception d’une bactérie synthétique minimaliste, objectif de Venter, mais certainement la partie technologique qui sera la plus utilisée dans un deuxième temps pour réaliser les assemblages d’intérêt.

Ainsi, la biologie synthétique se sert des techniques/données d’au moins de trois domaines différents, liés à la génétique, pour proposer des éléments nouveaux qui constitueront certainement une forme de vie nouvelle, émergeant au laboratoire.

Le type d’évolution ne sera probablement pas complètement darwinien, quoique donner un petit coup d’évolution in vitro sera probablement utile pour aboutir à des produits finis.

La création à dessein ne se servant pas d’une séquence ayant déjà évolué en milieu biologique, nous y sommes. Mais, ce dessein est largement différent de celui que les créationnistes prêtent à leurs fantasmes. Nos desseins sont le résultat d’évolution des mèmes qui constituent notre pensée, eux mêmes les produits d’un processus évolutionnaire, non-biologique, mais plutôt darwinien. C’est dommage qu’on doive se servir du même mot dessein/design pour signaler cette étape de transduction de mèmes en gènes, qui finalise une symbiose : les mèmes émergeant d’un support ayant évolué grâce au gènes, devenant à leur tour de gènes. Il y a un an j’avais laissé sur le Net quelques notes maladroites sur le sujet. Je pense qu’il est temps que je les reprenne pour les formuler mieux et pouvoir les discuter.