du soft au hard

J’ai eu une micro-discussion hier avec deux p’tites collègues, qui a commencé avec la mention de la biologie synthétique à la Venter, dérivé vers le déterminisme génétique et interrompue par l’arrivée du tram que je ne devais pas louper. J’ai profité de l’intermède du WE pour leur trouver deux références à lire avant de continuer la discussion :

La première est vieillotte, elle date de l’époque où j’étais au secondaire : Assembly of Bacteriophage OX174: Identification of a Virion Capsid Precursor and Proposal of a Model for the Functions of Bacteriophage Gene Products During Morphogenesis, HISAO FUJISAWA AND MASAKI HAYASHI, JOURNAL OF VIROLOGY, Oct. 1977, p. 303-313.
Juste pour leur rappeler que les études dans le domaine ne datent pas de hier, même si la terminologie utilisée a changé.

Ici les auteurs rapportent les résultats de leur étude sur l’assemblage d’un bactériophage, d’abord de la capside, puis l’insertion du génome et enfin la maturation du virion. Et proposent un modèle que la plupart des biomol de ma génération au moins, se sont farci en cours.

De la particule virale, via le génome, à la particule virale, le cycle du bactériophage schématisé.

La deuxième n’est pas toute fraîche, mais elle est de la période où elles avaient déjà commencé leur études : Generating a synthetic genome by whole genome assembly: φX174 bacteriophage from synthetic oligonucleotides, Hamilton O. Smith, Clyde A. Hutchison III, Cynthia Pfannkoch, and J. Craig Venter, PNAS, Dec. 2003, p. 15440 –15445

Ici les auteurs rapportent les résultats obtenus avec un génome synthétisé à partir des données de séquence déjà informatisées, jusqu’au séquençage du génome des virions obtenus après infection d’un hôte adéquat. De l’information, transposée à un objet physique (molécule ADN, génome viral), via l’objet (virion ), à l’information à nouveau numérisée, le cycle du bactériophage étant encapsulé dans une enveloppe synthétique.

Dans les deux cas la boucle est bouclée, mais les point de départ sont différents et dans le deuxième cas une étape supplémentaire a été ajoutée, celle de la conservation de l’information génétique dans un support non biologique. Indépendamment des objets biologiques, porteurs de l’information déterminant l’espèce φX174, il existe maintenant un mème qui peut reproduire l’espèce, moyennant un hôte adéquat. Disposant bien entendu de la possibilité d’altérer cette information au gré des autres mèmes que nous portons.

Deux éléments que j’aimerais souligner :

d’une part le déterminisme génétique de la morphogenèse des virions dont l’auto-assemblage est strictement déterminé par l’information portée par le génome, même s’il nécessite des conditions physico-chimiques particulières qui sont celles d’une bactérie-hôte,

d’autre part la différence qualitative entre biologie et biologie synthétique, qui est souvent oubliée au profit des prouesses de synthèse chimique, la transformation du génome en mème, le transfert (aller/retour) de l’information génétique sur un support non-vivant.

Ce dernier point est devenu si banal, avec le séquençage frénétique de tout acide nucléique auquel on porte un quelconque intérêt, qu’on oublie que l’on produit des mèmes à partir de gènes et que l’on est maintenant capables d’inverser le processus, produire des gènes à partir de mèmes.
C’est de ce point particulier que j’aurais démarré une discussion sur la mémétique et de ses relations avec la génétique… Ou une autre sur les relations de la génétique/mémétique avec la morphogenèse…
Pour bien mettre les choses à plat.